c_cpp/lib/htslib/test/xx#tlen2.sam

   1 @CO     As per xx#tlen.sam but every read is unsorted with partner
   2 @CO
   3 @CO     xx has been encoded using the SAM spec; leftmost to rightmost
   4 @CO     yy has been encoded using bwa/picard methods; 5' to 3'
   5 @CO
   6 @CO     00000000011111111112
   7 @CO     12345678901234567890
   8 @CO     AAAAAAAAAATTTTTTTTTT
   9 @CO     1>>>>          <<<<2   x1
  10 @CO
  11 @CO           1>>>>            x2
  12 @CO              <<<<2
  13 @CO
  14 @CO              1>>>>         x3 (7..15 vs 10..11)
  15 @CO           <<<<2
  16 @CO
  17 @CO     <<<<2          1>>>>   x4 (1..20 vs 16..5)
  18 @CO
  19 @SQ     SN:xx   LN:20
  20 @SQ     SN:yy   LN:20
  21 x1      147     xx      16      1       5M      =       1       -20     TTTTT   *****
  22 x1      99      xx      1       1       5M      =       16      20      AAAAA   *****
  23 x2      147     xx      10      1       5M      =       7       -8      ATTTT   *****
  24 x2      99      xx      7       1       5M      =       10      8       AAAAT   *****
  25 x3      99      xx      10      1       5M      =       7       -8      ATTTT   *****
  26 x3      147     xx      7       1       5M      =       10      8       AAAAT   *****
  27 x4      99      xx      16      1       5M      =       1       -20     TTTTT   *****
  28 x4      147     xx      1       1       5M      =       16      20      AAAAA   *****
  29 y1      147     yy      16      1       5M      =       1       -20     TTTTT   *****
  30 y1      99      yy      1       1       5M      =       16      20      AAAAA   *****
  31 y2      147     yy      10      1       5M      =       7       -8      ATTTT   *****
  32 y2      99      yy      7       1       5M      =       10      8       AAAAT   *****
  33 y3      99      yy      10      1       5M      =       7       2       ATTTT   *****
  34 y3      147     yy      7       1       5M      =       10      -2      AAAAT   *****
  35 y4      99      yy      16      1       5M      =       1       -10     TTTTT   *****
  36 y4      147     yy      1       1       5M      =       16      10      AAAAA   *****