c_cpp/lib/htslib/test/fieldarith.sam

   1 @SQ     SN:one  LN:1000
   2 @SQ     SN:two  LN:500
   3 @CO     For each SAM record that has each listed aux field, performs these tests:
   4 @CO     XQ is the expected result for bam_cigar2qlen()
   5 @CO     XR is the expected result for bam_cigar2rlen()
   6 @CO     XE is the expected result for bam_endpos()
   7 @CO     (Note that these are all zero-based, while POS is one-based in SAM)
   8 r1      0       one     50      20      8M      *       0       0       ATGCATGC        qqqqqqqq        XQ:i:8  XR:i:8  XE:i:57
   9 r2      0       one     100     20      50M     *       0       0       ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT      qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq      XQ:i:50 XR:i:50 XE:i:149
  10 unmapped        5       two     200     0       *       two     200     0       ATGCATGC        qqqqqqqq        XQ:i:0  XR:i:0  XE:i:200
  11 hascigar        5       two     200     0       6M2S    two     200     0       ATGCATGC        qqqqqqqq        XQ:i:8  XR:i:6  XE:i:200
  12 s1      0       one     300     20      2M      *       0       0       AT      qq      XQ:i:2  XR:i:2  XE:i:301
  13 su1     4       *       0       0       *       *       0       0       AT      qq      XQ:i:0  XR:i:0  XE:i:0
  14 su2     5       two     400     0       *       two     400     0       AT      qq      XQ:i:0  XR:i:0  XE:i:400
  15 su3     4       one     500     0       2M      *       0       0       AT      qq      XQ:i:2  XR:i:2  XE:i:500