c_cpp/lib/htslib/test/test-vcf-hdr-in.vcf

   1 ##fileformat=VCFv4.1
   2 ##fileDate=20150126
   3 ##reference=hs37d5
   4 ##phasing=partial
   5 ##FILTER=<ID=INDEL_SPECIFIC_FILTERS,Description="QD < 2.0 || ReadPosRankSum < -20.0 || InbreedingCoeff < -0.8 || FS > 200.0">
   6 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
   7 ##FILTER=<ID=VQSRTrancheSNP99.00to99.90,Description="Truth sensitivity tranche level for SNP model at VQS Lod: -6.6778 <= x < -0.6832">
   8 ##FILTER=<ID=VQSRTrancheSNP99.90to100.00+,Description="Truth sensitivity tranche level for SNP model at VQS Lod < -36469.5723">
   9 ##INFO=<ID=TRAILING,Number=.,Type=Integer,Description="This line contains trailing spaces for testing purposes">
  10 ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
  11 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
  12 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,EmptyWithSpace= ,Description="Genotype Quality">
  13 ##FORMAT=<ID=GATK,Number=1, Type  =   String    ,     Description="Genotype as called by GATK. Always a diploid call. All other genotype stats based on this genotype.">
  14 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype after Personalis post-processing to match detected chromosome counts.">
  15 #CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  NA00001
  16 1       12065947        PTV001  C       T,A     29      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:19
  17 1       109817590       PTV002  G       T       77      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:20
  18 1       153791300       PTV003  CTG     C       81      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:21
  19 1       156104666       PTV004  TTGAGAGCCGGCTGGCGGAT    TCC     30      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:22
  20 1       156108541       PTV005  G       GG      31      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:23
  21 1       161279695       PTV006  T       C,A     32      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:24
  22 1       169519049       PTV007  T       .       35      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:24
  23 1       226125468       PTV097  G       A       99      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:109
  24 16      2103394 PTV056  C       T       68      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:72
  25 4       31789170        PTV021  G       .       77      PASS    .       GT:GATK:AD:DP:GQ        0/1:0/1:3,2:5:38