projects/recombineMap/sperm_by_fw/snp_calling/ReadMe.txt

   1 There are two softare in this package:
   2
   3 1. pkusnp, a univerval snp calling software, based on the bayes theory, and can be used to infer SNPs
   4   of diploid or haploid genome by comparing to a reference genome. The algorithm and function of pkusnp
   5   is similar to that of SOAPsnp.
   6
   7 2. spermsnp, a specialized software for inferring sperm genotype, which take the diploid heterozgyous
   8   SNPs (hetSNP) as prior information and only infer the genotype of sperms on the hetSNP sites. The
   9   usage can be found in shell file "cal_sperm_snp.sh" in this directory.
  10