limit fstBC to 30bp in Python3 ver.
[GalaxyCodeBases.git] / python / etc / nID / sites.txt
blob35c7a69aa26e0ea416343e2cb0241f2577e76f95
1 rsID    Chr     Pos     Alt1    Freq1   Alt2    Freq2   Alt3    Freq3   DP      TDP     PE (___)        CPE (___)       PE (___)        CPE (___)\r
2 rs1377902       chr4    32392102        C       0.1788  G       0.4025  T       0.4187  0.785258174     1-1E(-0.668083357852818)        0.37190873      1-1E(-0.201977242705236)        0.198900466     1-1E(-0.096313520860687)\r
3 rs9917605       chr22   27732798        C       0.5003  T       0.4997                  0.62499991      1-1E(-1.09405198589438) 0.218749932     1-1E(-0.309187174830061)        0.12499991      1-1E(-0.154305423168095)\r
4 rs6455989       chr6    165475684       C       0.4988  T       0.5012                  0.62499856      1-1E(-1.52001905046464) 0.21874892      1-1E(-0.416396544109076)        0.12499856      1-1E(-0.212296655423795)\r
5 rs10991211      chr9    107075196       A       0.4988  C       0.5012                  0.62499856      1-1E(-1.94598611503491) 0.21874892      1-1E(-0.523605913388091)        0.12499856      1-1E(-0.270287887679495)\r
6 rs17684347      chr4    28401977        A       0.0416  C       0.4888  G       0.4696  0.680344986     1-1E(-2.44130459388753) 0.267455757     1-1E(-0.658772053930983)        0.14516341      1-1E(-0.338404784459042)\r
7 rs2216802       chr2    53548539        A       0.2153  G       0.4699  T       0.3148  0.7924331       1-1E(-3.12414649504306) 0.378921987     1-1E(-0.865625898914501)        0.200813739     1-1E(-0.435756775136508)\r
8 rs13090964      chr3    19818481        A       0.0757  G       0.5012  T       0.4231  0.715083847     1-1E(-3.66942942303673) 0.299677651     1-1E(-1.02032791310191) 0.159078717     1-1E(-0.511001430854974)\r
9 rs2060337       chr15   70615407        G       0.5016  T       0.4984                  0.62499744      1-1E(-4.09539519048993) 0.21874808      1-1E(-1.12753681542715) 0.12499744      1-1E(-0.568992107219455)\r
10 rs8105430       chr19   49905029        C       0.4693  T       0.5307                  0.62405218      1-1E(-4.5202676199728)  0.218042688     1-1E(-1.23435377058165) 0.124059287     1-1E(-0.626517394548653)\r
11 rs412467        chr5    73680093        A       0.4997  G       0.5003                  0.62499991      1-1E(-4.94623624801436) 0.218749932     1-1E(-1.34156370270647) 0.12499991      1-1E(-0.684509296856061)\r
12 rs9541254       chr13   35134562        A       0.5016  T       0.4984                  0.62499744      1-1E(-5.37220201546756) 0.21874808      1-1E(-1.44877260503171) 0.12499744      1-1E(-0.742499973220542)\r
13 rs2022858       chr1    102608577       A       0.495   G       0.505                   0.624974996     1-1E(-5.79814179139678) 0.21873125      1-1E(-1.55597215156337) 0.124975001     1-1E(-0.800479512582123)\r
14 rs2826121       chr21   21644193        G       0.5016  T       0.4984                  0.62499744      1-1E(-6.22410755884998) 0.21874808      1-1E(-1.66318105388861) 0.12499744      1-1E(-0.858470188946604)\r
15 rs9943694       chr12   84222209        A       0.3855  C       0.4119  G       0.2025  0.79439006      1-1E(-6.91106345292721) 0.382235653     1-1E(-1.87235821389713) 0.205217501     1-1E(-0.958221893315105)\r
16 rs41446051      chr2    14046589        A       0.1856  C       0.3237  G       0.4907  0.781320336     1-1E(-7.57125505431044) 0.366159002     1-1E(-2.07037788710591) 0.192190365     1-1E(-1.05091286465558)\r
17 rs1861718       chr12   127516420       A       0.2202  C       0.4798  T       0.2999  0.791650903     1-1E(-8.25246343261357) 0.377613314     1-1E(-2.27631759333216) 0.199266078     1-1E(-1.14742463749101)\r
18 rs7157971       chr14   46384022        C       0.4125  G       0.3229  T       0.2646  0.807456746     1-1E(-8.96793512649105) 0.397708677     1-1E(-2.49651098682868) 0.214883508     1-1E(-1.25249053743214)\r
19 rs2829433       chr21   26227481        C       0.3999  G       0.1094  T       0.4907  0.743094705     1-1E(-9.55816207076888) 0.326957998     1-1E(-2.66846881940863) 0.17247541      1-1E(-1.33470962969601)\r
20 rs5769852       chr22   49448476        C       0.4888  T       0.5112                  0.624874466     1-1E(-9.98398544363113) 0.218655912     1-1E(-2.77562648904835) 0.124874591     1-1E(-1.39263933629684)\r
21 rs387543        chr16   62685501        A       0.1417  C       0.3834  T       0.4749  0.764598118     1-1E(-10.6121755127561) 0.34902943      1-1E(-2.96206513407352) 0.184464671     1-1E(-1.48119655687415)\r
22 rs2813838       chr7    24149292        C       0.5003  G       0.4997                  0.62499991      1-1E(-11.0381441407977) 0.218749932     1-1E(-3.06927506619834) 0.12499991      1-1E(-1.53918845918156)\r
23 rs4425603       chr6    156301976       A       0.393   C       0.4944  T       0.1126  0.745000116     1-1E(-11.6316041575798) 0.328794494     1-1E(-3.24241955588294) 0.173131335     1-1E(-1.6217519247603)\r
24 rs200162        chr1    230614110       C       0.5     T       0.5                     0.625   1-1E(-12.0575728898521) 0.21875 1-1E(-3.3496295255308)  0.125   1-1E(-1.67974387173799)\r
25 rs4073212       chr8    80265468        C       0.2716  G       0.325   T       0.4035  0.80889908      1-1E(-12.7763101110805) 0.399679566     1-1E(-3.57124639943082) 0.216392333     1-1E(-1.78564519529036)\r
26 rs11659227      chr18   23069326        A       0.4963  T       0.5037                  0.624986309     1-1E(-13.2022629876961) 0.218739732     1-1E(-3.67845066139231) 0.12498631      1-1E(-1.84363034765986)\r
27 rs6063600       chr20   49743736        A       0.5     C       0.5                     0.625   1-1E(-13.6282317199683) 0.21875 1-1E(-3.78566063104018) 0.125   1-1E(-1.90162229463755)\r
28 rs35200965      chr5    43951695        A       0.4957  C       0.5043                  0.624981508     1-1E(-14.0541790367798) 0.218736132     1-1E(-3.89286289176067) 0.124981511     1-1E(-1.95960506478875)\r
29 rs4926703       chr1    56361223        A       0.4975  G       0.5025                  0.62499375      1-1E(-14.4801405305996) 0.218745312     1-1E(-4.0000702556386)  0.12499375      1-1E(-2.01759390971284)\r
30 rs7995018       chr13   112532803       A       0.2742  C       0.2435  G       0.4823  0.793765525     1-1E(-15.1657792655368) 0.379905233     1-1E(-4.20761218956551) 0.200286787     1-1E(-2.11465963826556)\r
31 rs10756250      chr9    11446771        C       0.5047  T       0.4953                  0.624977907     1-1E(-15.5917224123317) 0.218733432     1-1E(-4.3148129493529)  0.124977911     1-1E(-2.17264062179162)\r
32 rs6954149       chr7    153039799       A       0.4001  C       0.348   G       0.2519  0.806767971     1-1E(-16.3056432977499) 0.397047429     1-1E(-4.5345297978709)  0.214749925     1-1E(-2.27763263499763)\r
33 rs2310738       chr5    105809541       A       0.3614  G       0.2453  T       0.3933  0.805912244     1-1E(-17.0176451588943) 0.396065245     1-1E(-4.75353977465566) 0.214206763     1-1E(-2.3823243484751)\r
34 rs12638242      chr3    59240496        A       0.5009  C       0.4991                  0.62499919      1-1E(-17.4436129530869) 0.218749392     1-1E(-4.86074940659608) 0.12499919      1-1E(-2.44031589342102)\r
35 rs72671448      chr14   29639302        C       0.5     T       0.5                     0.625   1-1E(-17.8695816853592) 0.21875 1-1E(-4.96795937624395) 0.125   1-1E(-2.4983078403987)\r
36 rs4881174       chr10   3502520 A       0.3037  G       0.2134  T       0.4829  0.789728563     1-1E(-18.5468014034501) 0.375477878     1-1E(-5.17241154949742) 0.1978421       1-1E(-2.59404797566352)\r
37 rs308685        chr13   62677852        A       0.4888  C       0.4919  T       0.0192  0.65241108      1-1E(-19.0057354790426) 0.242398764     1-1E(-5.2929708750901)  0.13449666      1-1E(-2.6567792277232)\r
38 rs2386626       chr10   5721653 A       0.5043  C       0.4957                  0.624981508     1-1E(-19.431682795854)  0.218736132     1-1E(-5.40017313581059) 0.124981511     1-1E(-2.71476199787439)\r
39 rs438187        chr12   42075370        A       0.5016  G       0.4984                  0.62499744      1-1E(-19.8576485633072) 0.21874808      1-1E(-5.50738203813583) 0.12499744      1-1E(-2.77275267423887)\r
40 rs1241304       chr14   25869209        A       0.4014  C       0.4187  G       0.1799  0.785720725     1-1E(-20.5266683947593) 0.372426831     1-1E(-5.70971767031668) 0.199209459     1-1E(-2.86923373988381)\r
41 rs8070506       chr17   51468026        C       0.4944  T       0.5056                  0.624968634     1-1E(-20.952600803117)  0.21872648      1-1E(-5.81691456519207) 0.124968642     1-1E(-2.92721012300239)\r
42 rs2057041       chr20   6921750 A       0.4358  G       0.4708  T       0.0934  0.731975674     1-1E(-21.5244265906169) 0.316165741     1-1E(-5.98196371102602) 0.168027297     1-1E(-3.0071010457477)\r
43 rs35637306      chr19   32688419        C       0.4869  G       0.5131                  0.624828213     1-1E(-21.9501964190688) 0.218621278     1-1E(-6.08910213027763) 0.124828449     1-1E(-3.06500785398994)\r
44 rs11076452      chr16   51374733        C       0.5009  T       0.4991                  0.62499919      1-1E(-22.3761642132615) 0.218749392     1-1E(-6.19631176221806) 0.12499919      1-1E(-3.12299939893586)\r
45 rs7928133       chr11   27843738        A       0.5006  G       0.4994                  0.62499964      1-1E(-22.8021325286103) 0.21874973      1-1E(-6.30352158177375) 0.12499964      1-1E(-3.18099116723255)\r
46 rs295886        chr17   35128715        C       0.5025  T       0.4975                  0.62499375      1-1E(-23.2280940224301) 0.218745312     1-1E(-6.41072894565168) 0.12499375      1-1E(-3.23898001215665)\r
47 rs1876456       chr6    98740230        A       0.3911  G       0.2534  T       0.3555  0.807437005     1-1E(-23.9435211909744) 0.397939895     1-1E(-6.63108909560847) 0.215462632     1-1E(-3.34436637784446)\r
48 rs8027868       chr15   98879825        A       0.0478  G       0.4767  T       0.4755  0.687572162     1-1E(-24.4487714678536) 0.274059216     1-1E(-6.77018789936403) 0.148170448     1-1E(-3.41401367517388)\r
49 rs4833043       chr4    38416416        A       0.4107  C       0.4237  G       0.1656  0.779251084     1-1E(-25.1048728877763) 0.365231047     1-1E(-6.96757222243997) 0.194925479     1-1E(-3.5081775930905)\r
50 rs4762175       chr12   97604246        C       0.3561  G       0.1576  T       0.4864  0.771224469     1-1E(-25.7454633157936) 0.355749226     1-1E(-7.15851727365071) 0.187176118     1-1E(-3.59818113763787)\r
51 rs10500915      chr11   21753388        A       0.2891  C       0.4467  G       0.2643  0.802500076     1-1E(-26.4498963838841) 0.39112158      1-1E(-7.3739866914506)  0.209365433     1-1E(-3.70020533950586)\r
52 rs2963129       chr5    164208108       A       0.498   C       0.502                   0.624996        1-1E(-26.8758604835954) 0.218747        1-1E(-7.48119499340642) 0.124996        1-1E(-3.75819530115777)\r
53 rs13279486      chr8    40140397        A       0.2509  C       0.4677  T       0.2813  0.797685324     1-1E(-27.5698330965738) 0.3847574       1-1E(-7.69214859429627) 0.204229012     1-1E(-3.85740719930524)\r
54 rs897756        chr19   28799140        C       0.4718  T       0.5282                  0.624200966     1-1E(-27.9948774366633) 0.218153254     1-1E(-7.79902696118644) 0.124206025     1-1E(-3.91500524606295)\r
55 rs1159311       chr2    107209687       A       0.5006  G       0.4994                  0.62499964      1-1E(-28.4208457520122) 0.21874973      1-1E(-7.90623678074213) 0.12499964      1-1E(-3.97299701435964)\r
56 rs2031420       chr13   22444015        A       0.371   C       0.348   G       0.281   0.811755378     1-1E(-29.1461231752104) 0.403414528     1-1E(-8.13056410772152) 0.219316671     1-1E(-4.0805221091019)\r
57 rs968975        chr8    58429851        C       0.2301  G       0.456   T       0.3139  0.797390853     1-1E(-29.8394641266585) 0.384919571     1-1E(-8.34163219877661) 0.20517443      1-1E(-4.18025027903422)\r
58 rs4620756       chr11   114901570       A       0.4972  G       0.3878  T       0.115   0.746354514     1-1E(-30.4352369896475) 0.330094121     1-1E(-8.51561840976409) 0.173565546     1-1E(-4.26304186463498)\r
59