pkgs/applications/science/biology/blast/default.nix

   1 { lib, stdenv, buildPackages, fetchurl, zlib, bzip2, perl, cpio, gawk, coreutils, ApplicationServices }:
   2
   3 stdenv.mkDerivation rec {
   4   pname = "blast";
   5   version = "2.14.1";
   6
   7   src = fetchurl {
   8     url = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/${version}/ncbi-blast-${version}+-src.tar.gz";
   9     sha256 = "sha256-cSwtvfD7E8wcLU9O9d0c5LBsO1fpbf6o8j5umfWxZQ4=";
  10   };
  11
  12   sourceRoot = "ncbi-blast-${version}+-src/c++";
  13
  14   configureFlags = [
  15     # With flat Makefile we can use all_projects in order not to build extra.
  16     # These extra cause clang to hang on Darwin.
  17     "--with-flat-makefile"
  18     "--without-makefile-auto-update"
  19     "--with-dll"  # build dynamic libraries (static are default)
  20     ];
  21
  22   makeFlags = [ "all_projects=app/" ];
  23
  24   preConfigure = ''
  25     export NCBICXX_RECONF_POLICY=warn
  26     export PWD=$(pwd)
  27     export HOME=$PWD
  28
  29     # The configure scripts wants to set AR="ar cr" unless it is already set in
  30     # the environment. Because stdenv sets AR="ar", the result is a bad call to
  31     # the assembler later in the process. Thus, we need to unset AR
  32     unset AR
  33
  34     for awks in scripts/common/impl/is_log_interesting.awk \
  35         scripts/common/impl/report_duplicates.awk; do
  36
  37         substituteInPlace $awks \
  38               --replace /usr/bin/awk ${gawk}/bin/awk
  39     done
  40
  41     for mk in src/build-system/Makefile.meta.in \
  42         src/build-system/helpers/run_with_lock.c ; do
  43
  44         substituteInPlace $mk \
  45         --replace /bin/rm ${coreutils}/bin/rm
  46     done
  47
  48     for mk in src/build-system/Makefile.meta.gmake=no \
  49         src/build-system/Makefile.meta_l \
  50         src/build-system/Makefile.meta_r \
  51         src/build-system/Makefile.requirements \
  52         src/build-system/Makefile.rules_with_autodep.in; do
  53
  54         substituteInPlace $mk \
  55             --replace /bin/echo ${coreutils}/bin/echo
  56     done
  57     for mk in src/build-system/Makefile.meta_p \
  58         src/build-system/Makefile.rules_with_autodep.in \
  59         src/build-system/Makefile.protobuf.in ; do
  60
  61         substituteInPlace $mk \
  62             --replace /bin/mv ${coreutils}/bin/mv
  63     done
  64
  65
  66     substituteInPlace src/build-system/configure \
  67         --replace /bin/pwd ${coreutils}/bin/pwd \
  68         --replace /bin/ln ${coreutils}/bin/ln
  69
  70     substituteInPlace src/build-system/configure.ac \
  71         --replace /bin/pwd ${coreutils}/bin/pwd \
  72         --replace /bin/ln ${coreutils}/bin/ln
  73
  74     substituteInPlace src/build-system/Makefile.meta_l \
  75         --replace /bin/date ${coreutils}/bin/date
  76   '';
  77
  78   depsBuildBuild = [ buildPackages.stdenv.cc ];
  79   nativeBuildInputs = [ perl ];
  80
  81   # perl is necessary in buildInputs so that installed perl scripts get patched
  82   # correctly
  83   buildInputs = [ coreutils perl gawk zlib bzip2 cpio ]
  84     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ ApplicationServices ];
  85   hardeningDisable = [ "format" ];
  86
  87   postInstall = ''
  88     substituteInPlace $out/bin/get_species_taxids.sh \
  89         --replace /bin/rm ${coreutils}/bin/rm
  90   '';
  91   patches = [ ./no_slash_bin.patch ];
  92
  93   enableParallelBuilding = true;
  94
  95   # Many tests require either network access or locally available databases
  96   doCheck = false;
  97
  98   meta = with lib; {
  99     description = ''Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of similarity between biological sequences'';
 100     homepage = "https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi";
 101     license = licenses.publicDomain;
 102
 103     # Version 2.10.0 fails on Darwin
 104     # See https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/61430
 105     platforms = platforms.linux;
 106     maintainers = with maintainers; [ luispedro ];
 107   };
 108 }