pkgs/applications/science/chemistry/autodock-vina/python-bindings.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , autodock-vina
   4 , boost
   5 , swig
   6 , setuptools
   7 , numpy
   8 }:
   9
  10 buildPythonPackage {
  11   inherit (autodock-vina) pname version src meta;
  12
  13   format = "pyproject";
  14
  15   sourceRoot = "${autodock-vina.src.name}/build/python";
  16
  17   postPatch = ''
  18     # wildcards are not allowed
  19     # https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/issues/176
  20     substituteInPlace setup.py \
  21       --replace "python_requires='>=3.5.*'" "python_requires='>=3.5'"
  22
  23     # setupPyBuildFlags are not applied with `format = "pyproject"`
  24     substituteInPlace setup.py \
  25       --replace "= locate_boost()" "= '${lib.getDev boost}/include', '${boost}/lib'"
  26
  27     # this line attempts to delete the source code
  28     substituteInPlace setup.py \
  29       --replace "shutil.rmtree('src')" "..."
  30
  31     # np.int is deprecated
  32     # https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/pull/167 and so on
  33     substituteInPlace vina/vina.py \
  34       --replace "np.int" "int"
  35   '';
  36
  37   nativeBuildInputs = [
  38     setuptools
  39     swig
  40   ];
  41
  42   buildInputs = [
  43     boost
  44   ];
  45
  46   propagatedBuildInputs = [
  47     numpy
  48   ];
  49
  50   # upstrem has no tests
  51   doCheck = false;
  52
  53   pythonImportsCheck = [
  54     "vina"
  55   ];
  56 }