pkgs/by-name/bo/bowtie/package.nix

   1 { lib, stdenv, fetchFromGitHub, fetchpatch, zlib }:
   2
   3 stdenv.mkDerivation rec {
   4   pname = "bowtie";
   5   version = "1.3.1";
   6
   7   src = fetchFromGitHub {
   8     owner = "BenLangmead";
   9     repo = pname;
  10     rev = "v${version}";
  11     sha256 = "sha256-mWItmrTMPst/NnzSpxxTHcBztDqHPCza9yOsZPwp7G4=";
  12   };
  13
  14   patches = [
  15     # Without this patch, compiling with clang on an M1 Mac fails because
  16     # 'cpuid.h' is included. It only works on x86 and throws an error.
  17     (fetchpatch {
  18       name = "fix_compilation_on_arm64";
  19       url = "https://github.com/BenLangmead/bowtie/commit/091d72f4cb69ca0713704d38bd7f9b37e6c4ff2d.patch";
  20       sha256 = "sha256-XBvgICUBnE5HKpJ36IHTDiKjJgLFKETsIaJC46uN+2I=";
  21     })
  22
  23     # Without this patch, compilation adds the current source directory to the
  24     # include search path, and #include <version> in standard library code can
  25     # end up picking the unrelated VERSION source code file on case-insensitive
  26     # file systems.
  27     (fetchpatch {
  28       name = "fix_include_search_path";
  29       url = "https://github.com/BenLangmead/bowtie/commit/c208b9db936eab0bc3ffdf0182b4f59a9017a1c4.patch";
  30       sha256 = "sha256-772EE+oWFWXssSMabPryb0AfIS1tC10mPTRCBm7RrUs=";
  31     })
  32   ];
  33
  34   buildInputs = [ zlib ];
  35
  36   installFlags = [ "prefix=$(out)" ];
  37
  38   meta = with lib; {
  39     description = "Ultrafast memory-efficient short read aligner";
  40     license = licenses.artistic2;
  41     homepage = "https://bowtie-bio.sourceforge.net";
  42     maintainers = with maintainers; [ prusnak ];
  43     platforms = platforms.all;
  44   };
  45 }