pkgs/applications/science/biology/obitools/obitools3.nix

   1 {
   2   stdenv,
   3   lib,
   4   fetchurl,
   5   python3Packages,
   6   cmake,
   7   python3,
   8 }:
   9
  10 python3Packages.buildPythonApplication rec {
  11   pname = "obitools3";
  12   version = "3.0.1b11";
  13
  14   src = fetchurl {
  15     url = "https://git.metabarcoding.org/obitools/${pname}/repository/v${version}/archive.tar.gz";
  16     sha256 = "1x7a0nrr9agg1pfgq8i1j8r1p6c0jpyxsv196ylix1dd2iivmas1";
  17   };
  18
  19   nativeBuildInputs = [
  20     python3Packages.cython
  21     cmake
  22   ];
  23
  24   postPatch = lib.optionalString stdenv.hostPlatform.isAarch64 ''
  25     substituteInPlace setup.py \
  26     --replace "'-msse2'," ""
  27   '';
  28
  29   preBuild = ''
  30     substituteInPlace src/CMakeLists.txt --replace \$'{PYTHONLIB}' "$out/${python3.sitePackages}";
  31     export NIX_CFLAGS_COMPILE="-L $out/${python3.sitePackages} $NIX_CFLAGS_COMPILE"
  32   '';
  33
  34   dontConfigure = true;
  35
  36   doCheck = true;
  37
  38   meta = with lib; {
  39     description = "Management of analyses and data in DNA metabarcoding";
  40     mainProgram = "obi";
  41     homepage = "https://git.metabarcoding.org/obitools/obitools3";
  42     license = licenses.cecill20;
  43     maintainers = [ maintainers.bzizou ];
  44     platforms = platforms.all;
  45   };
  46 }