pkgs/applications/science/biology/samtools/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchurl,
   5   zlib,
   6   htslib,
   7   perl,
   8   ncurses ? null,
   9 }:
  10
  11 stdenv.mkDerivation rec {
  12   pname = "samtools";
  13   version = "1.19.2";
  14
  15   src = fetchurl {
  16     url = "https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${version}/${pname}-${version}.tar.bz2";
  17     hash = "sha256-cfYEmWaOTAjn10X7/yTBXMigl3q6sazV0rtBm9sGXpY=";
  18   };
  19
  20   # tests require `bgzip` from the htslib package
  21   nativeCheckInputs = [ htslib ];
  22
  23   nativeBuildInputs = [ perl ];
  24
  25   buildInputs = [
  26     zlib
  27     ncurses
  28     htslib
  29   ];
  30
  31   preConfigure = lib.optional stdenv.hostPlatform.isStatic ''
  32     export LIBS="-lz -lbz2 -llzma"
  33   '';
  34   makeFlags = lib.optional stdenv.hostPlatform.isStatic "AR=${stdenv.cc.targetPrefix}ar";
  35
  36   configureFlags =
  37     [ "--with-htslib=${htslib}" ]
  38     ++ lib.optional (ncurses == null) "--without-curses"
  39     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isStatic [ "--without-curses" ];
  40
  41   preCheck = ''
  42     patchShebangs test/
  43   '';
  44
  45   enableParallelBuilding = true;
  46
  47   doCheck = true;
  48
  49   meta = with lib; {
  50     description = "Tools for manipulating SAM/BAM/CRAM format";
  51     license = licenses.mit;
  52     homepage = "http://www.htslib.org/";
  53     platforms = platforms.unix;
  54     maintainers = with maintainers; [
  55       mimame
  56       unode
  57     ];
  58   };
  59 }