pkgs/by-name/fi/fiji/package.nix

   1 { stdenv
   2 , lib
   3 , fetchurl
   4 , makeWrapper
   5 , autoPatchelfHook
   6 , jdk11
   7 , makeDesktopItem
   8 , copyDesktopItems
   9 , runtimeShell
  10 , unzip
  11 , wrapGAppsHook3
  12 }:
  13
  14 stdenv.mkDerivation rec {
  15   pname = "fiji";
  16   version = "20240614-2117";
  17
  18   src = fetchurl {
  19     url = "https://downloads.imagej.net/fiji/archive/${version}/fiji-nojre.zip";
  20     sha256 = "sha256-OCNnN8CYniNEIfKRHRBoJ3Fo+u5AwXoPJAzUCc4P+f0=";
  21   };
  22
  23   dontBuild = true;
  24
  25   nativeBuildInputs = [
  26     autoPatchelfHook
  27     wrapGAppsHook3
  28     makeWrapper
  29     copyDesktopItems
  30     unzip
  31   ];
  32
  33   buildInputs = [ (lib.getLib stdenv.cc.cc) ];
  34
  35   desktopItems = [
  36     (makeDesktopItem {
  37       name = "fiji";
  38       exec = "fiji %F";
  39       tryExec = "fiji";
  40       icon = "fiji";
  41       mimeTypes = [ "image/*" ];
  42       comment = "Scientific Image Analysis";
  43       desktopName = "Fiji Is Just ImageJ";
  44       genericName = "Fiji Is Just ImageJ";
  45       categories = [ "Education" "Science" "ImageProcessing" ];
  46       startupNotify = true;
  47       startupWMClass = "fiji-Main";
  48     })
  49   ];
  50
  51   dontWrapGApps = true;
  52
  53   installPhase = ''
  54     runHook preInstall
  55
  56     mkdir -p $out/{bin,fiji,share/pixmaps}
  57
  58     cp -R * $out/fiji
  59     rm -f $out/fiji/jars/imagej-updater-*.jar
  60
  61     # Don't create a local desktop entry and avoid deprecated garbage
  62     # collection option
  63     cat <<EOF > $out/bin/.fiji-launcher-hack
  64     #!${runtimeShell}
  65     exec \$($out/fiji/ImageJ-linux64 --default-gc --dry-run "\$@")
  66     EOF
  67     chmod +x $out/bin/.fiji-launcher-hack
  68
  69     makeWrapper $out/bin/.fiji-launcher-hack $out/bin/fiji \
  70       --prefix PATH : ${lib.makeBinPath [ jdk11 ]} \
  71       --set JAVA_HOME ${jdk11.home} \
  72       ''${gappsWrapperArgs[@]}
  73
  74     ln $out/fiji/images/icon.png $out/share/pixmaps/fiji.png
  75
  76     runHook postInstall
  77   '';
  78
  79   meta = with lib; {
  80     homepage = "https://imagej.net/software/fiji/";
  81     description = "batteries-included distribution of ImageJ2, bundling a lot of plugins which facilitate scientific image analysis";
  82     mainProgram = "fiji";
  83     platforms = [ "x86_64-linux" ];
  84     sourceProvenance = with sourceTypes; [
  85       binaryBytecode
  86       binaryNativeCode
  87     ];
  88     license = with lib.licenses; [ gpl2Plus gpl3Plus bsd2 publicDomain ];
  89     maintainers = with maintainers; [ davisrichard437 ];
  90   };
  91 }