pkgs/by-name/in/inormalize/package.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchFromGitHub,
   5   cmake,
   6   makeWrapper,
   7   perlPackages,
   8   libminc,
   9   ebtks,
  10 }:
  11
  12 stdenv.mkDerivation rec {
  13   pname = "inormalize";
  14   version = "unstable-2014-10-21";
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "BIC-MNI";
  18     repo = pname;
  19     rev = "79cea9cdfe7b99abfd40afda89ab2253b596ad2f";
  20     sha256 = "1ahqv5q0ljvji99a5q8azjkdf6bgp6nr8lwivkqwqs3jm0k5clq7";
  21   };
  22
  23   patches = [
  24     ./lgmask-interp.patch
  25     ./nu_correct_norm-interp.patch
  26   ];
  27
  28   postPatch = ''
  29     substituteInPlace inormalize.cc \
  30       --replace "clamp" "::clamp"
  31   '';
  32
  33   nativeBuildInputs = [
  34     cmake
  35     makeWrapper
  36   ];
  37   buildInputs = [
  38     libminc
  39     ebtks
  40   ];
  41   propagatedBuildInputs = with perlPackages; [
  42     perl
  43     GetoptTabular
  44     MNI-Perllib
  45   ];
  46
  47   cmakeFlags = [
  48     "-DLIBMINC_DIR=${libminc}/lib/cmake"
  49     "-DEBTKS_DIR=${ebtks}/lib/"
  50   ];
  51
  52   postFixup = ''
  53     for p in $out/bin/*; do
  54       wrapProgram $p --prefix PERL5LIB : $PERL5LIB
  55     done
  56   '';
  57
  58   meta = with lib; {
  59     homepage = "https://github.com/BIC-MNI/${pname}";
  60     description = "Program to normalize intensity of MINC files";
  61     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  62     platforms = platforms.unix;
  63     license = licenses.free;
  64   };
  65 }