pkgs/development/python-modules/cmdstanpy/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5   substituteAll,
   6   cmdstan,
   7   setuptools,
   8   pandas,
   9   numpy,
  10   tqdm,
  11   stanio,
  12   xarray,
  13   pytestCheckHook,
  14   stdenv,
  15 }:
  16
  17 buildPythonPackage rec {
  18   pname = "cmdstanpy";
  19   version = "1.2.4";
  20   pyproject = true;
  21
  22   src = fetchFromGitHub {
  23     owner = "stan-dev";
  24     repo = "cmdstanpy";
  25     rev = "refs/tags/v${version}";
  26     hash = "sha256-SKDqLvWbzaBcL13E87kcphBJNIZfdkPp2g4SIDEKA0U=";
  27   };
  28
  29   patches = [
  30     (substituteAll {
  31       src = ./use-nix-cmdstan-path.patch;
  32       cmdstan = "${cmdstan}/opt/cmdstan";
  33     })
  34   ];
  35
  36   postPatch = ''
  37     # conftest.py would have used git to clean up, which is unnecessary here
  38     rm test/conftest.py
  39   '';
  40
  41   nativeBuildInputs = [
  42     setuptools
  43   ];
  44
  45   propagatedBuildInputs = [
  46     pandas
  47     numpy
  48     tqdm
  49     stanio
  50   ];
  51
  52   optional-dependencies = {
  53     all = [ xarray ];
  54   };
  55
  56   pythonRelaxDeps = [ "stanio" ];
  57
  58   preCheck = ''
  59     export HOME=$(mktemp -d)
  60   '';
  61
  62   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ] ++ optional-dependencies.all;
  63
  64   disabledTestPaths = [
  65     # No need to test these when using Nix
  66     "test/test_install_cmdstan.py"
  67     "test/test_cxx_installation.py"
  68   ];
  69
  70   disabledTests =
  71     [
  72       "test_serialization" # Pickle class mismatch errors
  73       # These tests use the flag -DSTAN_THREADS which doesn't work in cmdstan (missing file)
  74       "test_multi_proc_threads"
  75       "test_compile_force"
  76       # These tests require a writeable cmdstan source directory
  77       "test_pathfinder_threads"
  78       "test_save_profile"
  79     ]
  80     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [
  81       "test_init_types" # CmdStan error: error during processing Operation not permitted
  82     ];
  83
  84   pythonImportsCheck = [ "cmdstanpy" ];
  85
  86   meta = {
  87     homepage = "https://github.com/stan-dev/cmdstanpy";
  88     description = "Lightweight interface to Stan for Python users";
  89     changelog = "https://github.com/stan-dev/cmdstanpy/releases/tag/v${version}";
  90     license = lib.licenses.bsd3;
  91     maintainers = with lib.maintainers; [ tomasajt ];
  92   };
  93 }