pkgs/development/python-modules/dipy/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5   pythonOlder,
   6   meson-python,
   7   packaging,
   8   cython,
   9   numpy,
  10   scipy,
  11   h5py,
  12   nibabel,
  13   tqdm,
  14   trx-python,
  15 }:
  16
  17 buildPythonPackage rec {
  18   pname = "dipy";
  19   version = "1.9.0";
  20   pyproject = true;
  21
  22   disabled = pythonOlder "3.6";
  23
  24   src = fetchFromGitHub {
  25     owner = "dipy";
  26     repo = "dipy";
  27     rev = "refs/tags/${version}";
  28     hash = "sha256-6cpxuk2PL43kjQ+6UGiUHUXC7pC9OlW9kZvGOdEXyzw=";
  29   };
  30
  31   postPatch = ''
  32     substituteInPlace pyproject.toml \
  33       --replace-fail "numpy==" "numpy>="
  34   '';
  35
  36   build-system = [
  37     cython
  38     meson-python
  39     numpy
  40     packaging
  41   ];
  42
  43   dependencies = [
  44     numpy
  45     scipy
  46     h5py
  47     nibabel
  48     packaging
  49     tqdm
  50     trx-python
  51   ];
  52
  53   # disable tests for now due to:
  54   #   - some tests require data download (see dipy/dipy/issues/2092);
  55   #   - running the tests manually causes a multiprocessing hang;
  56   #   - import weirdness when running the tests
  57   doCheck = false;
  58
  59   pythonImportsCheck = [
  60     "dipy"
  61     "dipy.core"
  62     "dipy.direction"
  63     "dipy.tracking"
  64     "dipy.reconst"
  65     "dipy.io"
  66     "dipy.viz"
  67     "dipy.data"
  68     "dipy.utils"
  69     "dipy.segment"
  70     "dipy.sims"
  71     "dipy.stats"
  72     "dipy.denoise"
  73     "dipy.workflows"
  74     "dipy.nn"
  75   ];
  76
  77   meta = with lib; {
  78     homepage = "https://dipy.org/";
  79     description = "Diffusion imaging toolkit for Python";
  80     changelog = "https://github.com/dipy/dipy/blob/${version}/Changelog";
  81     license = licenses.bsd3;
  82     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  83   };
  84 }