pkgs/applications/science/chemistry/d-seams/default.nix

   1 { clangStdenv, fetchFromGitHub, fetchpatch, catch2, rang, fmt, yaml-cpp, cmake
   2 , eigen, lua, luaPackages, liblapack, blas, lib, boost, gsl }:
   3
   4 clangStdenv.mkDerivation rec {
   5   version = "1.0.1";
   6   pname = "d-SEAMS";
   7
   8   src = fetchFromGitHub {
   9     owner = "d-SEAMS";
  10     repo = "seams-core";
  11     rev = "v${version}";
  12     sha256 = "03zhhl9vhi3rhc3qz1g3zb89jksgpdlrk15fcr8xcz8pkj6r5b1i";
  13   };
  14
  15   patches = [
  16     (fetchpatch {
  17       name = "use_newer_cxxopts_which_builds_with_clang11.patch";
  18       url = "https://github.com/d-SEAMS/seams-core/commit/f6156057e43d0aa1a0df9de67d8859da9c30302d.patch";
  19       hash = "sha256-PLbT1lqdw+69lIHH96MPcGRjfIeZyb88vc875QLYyqw=";
  20     })
  21   ];
  22   nativeBuildInputs = [ cmake lua luaPackages.luafilesystem ];
  23   buildInputs = [ fmt rang yaml-cpp eigen catch2 boost gsl liblapack blas ];
  24
  25   meta = with lib; {
  26     description =
  27       "d-SEAMS: Deferred Structural Elucidation Analysis for Molecular Simulations";
  28     mainProgram = "yodaStruct";
  29     longDescription = ''
  30       d-SEAMS, is a free and open-source postprocessing engine for the analysis
  31       of molecular dynamics trajectories, which is specifically able to
  32       qualitatively classify ice structures in both strong-confinement and bulk
  33       systems. The engine is in C++, with extensions via the Lua scripting
  34       interface.
  35     '';
  36     homepage = "https://dseams.info";
  37     license = licenses.gpl3Plus;
  38     platforms = [ "x86_64-linux" ];
  39     maintainers = [ maintainers.HaoZeke ];
  40   };
  41 }