pkgs/development/python-modules/mne-python/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , numpy
   5 , scipy
   6 , pytestCheckHook
   7 , pytest-timeout
   8 , h5py
   9 , matplotlib
  10 , nibabel
  11 , pandas
  12 , scikit-learn
  13 , decorator
  14 , jinja2
  15 , pooch
  16 , tqdm
  17 , setuptools
  18 , pythonOlder
  19 }:
  20
  21 buildPythonPackage rec {
  22   pname = "mne-python";
  23   version = "1.5.1";
  24   format = "setuptools";
  25
  26   disabled = pythonOlder "3.7";
  27
  28   src = fetchFromGitHub {
  29     owner = "mne-tools";
  30     repo = pname;
  31     rev = "refs/tags/v${version}";
  32     hash = "sha256-djVQkj8ktIOxe1xmi+XuIvdS1WdDzozgTJNJhWAhuBo=";
  33   };
  34
  35   propagatedBuildInputs = [
  36     decorator
  37     jinja2
  38     matplotlib
  39     numpy
  40     pooch
  41     scipy
  42     setuptools
  43     tqdm
  44   ];
  45
  46   nativeCheckInputs = [
  47     h5py
  48     nibabel
  49     pandas
  50     pytestCheckHook
  51     scikit-learn
  52     pytest-timeout
  53   ];
  54
  55   preCheck = ''
  56     export HOME=$TMP
  57     export MNE_SKIP_TESTING_DATASET_TESTS=true
  58     export MNE_SKIP_NETWORK_TESTS=1
  59   '';
  60
  61   # All tests pass, but Pytest hangs afterwards - probably some thread hasn't terminated
  62   doCheck = false;
  63
  64   pythonImportsCheck = [
  65     "mne"
  66   ];
  67
  68   meta = with lib; {
  69     description = "Magnetoencephelography and electroencephalography in Python";
  70     homepage = "https://mne.tools";
  71     license = licenses.bsd3;
  72     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  73   };
  74 }