pkgs/development/python-modules/cnvkit/default.nix

   1 { lib
   2 , fetchFromGitHub
   3 , fetchpatch
   4 , rPackages
   5 , buildPythonPackage
   6 , biopython
   7 , numpy
   8 , scipy
   9 , scikit-learn
  10 , pandas
  11 , matplotlib
  12 , reportlab
  13 , pysam
  14 , future
  15 , pillow
  16 , pomegranate
  17 , pyfaidx
  18 , python
  19 , pythonOlder
  20 , R
  21 }:
  22
  23 buildPythonPackage rec {
  24   pname = "cnvkit";
  25   version = "0.9.10";
  26   format = "setuptools";
  27
  28   disabled = pythonOlder "3.7";
  29
  30   src = fetchFromGitHub {
  31     owner = "etal";
  32     repo = "cnvkit";
  33     rev = "refs/tags/v${version}";
  34     hash = "sha256-mCQXo3abwC06x/g51UBshqUk3dpqEVNUvx+cJ/EdYGQ=";
  35   };
  36
  37   postPatch = ''
  38     # see https://github.com/etal/cnvkit/issues/589
  39     substituteInPlace setup.py \
  40       --replace 'joblib < 1.0' 'joblib'
  41     # see https://github.com/etal/cnvkit/issues/680
  42     substituteInPlace test/test_io.py \
  43       --replace 'test_read_vcf' 'dont_test_read_vcf'
  44   '';
  45
  46   propagatedBuildInputs = [
  47     biopython
  48     numpy
  49     scipy
  50     scikit-learn
  51     pandas
  52     matplotlib
  53     reportlab
  54     pyfaidx
  55     pysam
  56     future
  57     pillow
  58     pomegranate
  59     rPackages.DNAcopy
  60   ];
  61
  62   nativeCheckInputs = [ R ];
  63
  64   checkPhase = ''
  65     pushd test/
  66     ${python.interpreter} test_io.py
  67     ${python.interpreter} test_genome.py
  68     ${python.interpreter} test_cnvlib.py
  69     ${python.interpreter} test_commands.py
  70     ${python.interpreter} test_r.py
  71     popd # test/
  72   '';
  73
  74   pythonImportsCheck = [
  75     "cnvlib"
  76   ];
  77
  78   meta = with lib; {
  79     homepage = "https://cnvkit.readthedocs.io";
  80     description = "A Python library and command-line software toolkit to infer and visualize copy number from high-throughput DNA sequencing data";
  81     changelog = "https://github.com/etal/cnvkit/releases/tag/v${version}";
  82     license = licenses.asl20;
  83     maintainers = [ maintainers.jbedo ];
  84   };
  85 }