pkgs/development/python-modules/nipype/default.nix

   1 { lib, stdenv
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , pythonOlder
   5 , pythonRelaxDepsHook
   6 # python dependencies
   7 , click
   8 , python-dateutil
   9 , etelemetry
  10 , filelock
  11 , funcsigs
  12 , future
  13 , looseversion
  14 , mock
  15 , networkx
  16 , nibabel
  17 , numpy
  18 , packaging
  19 , prov
  20 , psutil
  21 , pybids
  22 , pydot
  23 , pytest
  24 , pytest-xdist
  25 , pytest-forked
  26 , rdflib
  27 , scipy
  28 , simplejson
  29 , traits
  30 , xvfbwrapper
  31 , codecov
  32 # other dependencies
  33 , which
  34 , bash
  35 , glibcLocales
  36 , callPackage
  37 # causes Python packaging conflict with any package requiring rdflib,
  38 # so use the unpatched rdflib by default (disables Nipype provenance tracking);
  39 # see https://github.com/nipy/nipype/issues/2888:
  40 , useNeurdflib ? false
  41 }:
  42
  43 buildPythonPackage rec {
  44   pname = "nipype";
  45   version = "1.8.6";
  46   disabled = pythonOlder "3.7";
  47   format = "setuptools";
  48
  49   src = fetchPypi {
  50     inherit pname version;
  51     hash = "sha256-l3sTFej3D5QWPsB+MeVXG+g/Kt1gIxQcWgascAEm+NE=";
  52   };
  53
  54   postPatch = ''
  55     substituteInPlace nipype/interfaces/base/tests/test_core.py \
  56       --replace "/usr/bin/env bash" "${bash}/bin/bash"
  57   '';
  58
  59   nativeBuildInputs = [
  60     pythonRelaxDepsHook
  61   ];
  62
  63   pythonRelaxDeps = [ "traits" ];
  64
  65   propagatedBuildInputs = [
  66     click
  67     python-dateutil
  68     etelemetry
  69     filelock
  70     funcsigs
  71     future
  72     looseversion
  73     networkx
  74     nibabel
  75     numpy
  76     packaging
  77     prov
  78     psutil
  79     pydot
  80     rdflib
  81     scipy
  82     simplejson
  83     traits
  84     xvfbwrapper
  85   ];
  86
  87   nativeCheckInputs = [
  88     pybids
  89     codecov
  90     glibcLocales
  91     mock
  92     pytest
  93     pytest-forked
  94     pytest-xdist
  95     which
  96   ];
  97
  98   # checks on darwin inspect memory which doesn't work in build environment
  99   doCheck = !stdenv.isDarwin;
 100   # ignore tests which incorrect fail to detect xvfb
 101   checkPhase = ''
 102     LC_ALL="en_US.UTF-8" pytest nipype/tests -k 'not display and not test_no_et_multiproc'
 103   '';
 104   pythonImportsCheck = [ "nipype" ];
 105
 106   meta = with lib; {
 107     homepage = "https://nipy.org/nipype/";
 108     description = "Neuroimaging in Python: Pipelines and Interfaces";
 109     mainProgram = "nipypecli";
 110     license = licenses.bsd3;
 111     maintainers = with maintainers; [ ashgillman ];
 112   };
 113 }