pkgs/development/python-modules/ruffus/default.nix

   1 { gevent
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , hostname
   5 , pytest
   6 , lib, stdenv
   7 }:
   8
   9 buildPythonPackage rec {
  10   pname = "ruffus";
  11   version = "2.8.4";
  12   format = "setuptools";
  13
  14   src = fetchFromGitHub {
  15     owner = "cgat-developers";
  16     repo = pname;
  17     rev = "v${version}";
  18     sha256 = "0fnzpchwwqsy5h18fs0n90s51w25n0dx0l74j0ka6lvhjl5sxn4c";
  19   };
  20
  21   propagatedBuildInputs = [ gevent ];
  22
  23   nativeCheckInputs = [
  24     hostname
  25     pytest
  26   ];
  27
  28   # tests very flaky & hang often on darwin
  29   doCheck = !stdenv.isDarwin;
  30   # test files do indeed need to be executed separately
  31   checkPhase = ''
  32     pushd ruffus/test
  33     rm test_with_logger.py  # spawns 500 processes
  34     for f in test_*.py ; do
  35       HOME=$TMPDIR pytest -v --disable-warnings $f
  36     done
  37     popd
  38   '';
  39   pythonImportsCheck = [ "ruffus" ];
  40
  41   meta = with lib; {
  42     description = "Light-weight Python Computational Pipeline Management";
  43     homepage = "http://www.ruffus.org.uk";
  44     license = licenses.mit;
  45     maintainers = [ maintainers.kiwi ];
  46   };
  47 }
  48