pkgs/by-name/rt/rtg-tools/package.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchFromGitHub,
   5   jdk,
   6   ant,
   7   git,
   8   unzip,
   9 }:
  10
  11 stdenv.mkDerivation rec {
  12   pname = "rtg-tools";
  13   version = "3.12.1";
  14
  15   src = fetchFromGitHub {
  16     owner = "RealTimeGenomics";
  17     repo = "rtg-tools";
  18     rev = version;
  19     hash = "sha256-fMrrjrgaGxBVxn6qMq2g0oFv6qtfhZcQlkvv1E9Os6Y=";
  20   };
  21
  22   nativeBuildInputs = [
  23     ant
  24     jdk
  25     git # Required by build.xml to manage the build revision
  26     unzip
  27   ];
  28
  29   buildPhase = ''
  30     runHook preBuild
  31     ant rtg-tools.jar
  32     runHook postBuild
  33   '';
  34
  35   installPhase = ''
  36     runHook preInstall
  37     mkdir -p $out/bin
  38     cp build/rtg-tools.jar $out/bin/RTG.jar
  39     cp installer/rtg $out/bin/
  40     runHook postInstall
  41   '';
  42
  43   postPatch = ''
  44     # Use a location outside nix (must be writable)
  45     substituteInPlace installer/rtg \
  46       --replace-fail  '$THIS_DIR/rtg.cfg' '$HOME/.config/rtg-tools/rtg.cfg'  \
  47       --replace-fail 'RTG_JAVA="java"' 'RTG_JAVA="${jdk}/lib/openjdk/bin/java"'
  48
  49     sed -i '/USER_JAVA_OPTS=$RTG_JAVA_OPTS/a mkdir -p $HOME/.config/rtg-tools'  installer/rtg
  50   '';
  51
  52   meta = with lib; {
  53     homepage = "https://github.com/RealTimeGenomics/rtg-tools";
  54     description = "Useful utilities for dealing with VCF files and sequence data, especially vcfeval";
  55     license = licenses.bsd2;
  56     platforms = [ "x86_64-linux" ];
  57     maintainers = with maintainers; [ apraga ];
  58   };
  59 }