pkgs/development/ocaml-modules/phylogenetics/default.nix

   1 { lib
   2 , ocaml
   3 , buildDunePackage
   4 , fetchFromGitHub
   5 , ppx_deriving
   6 , bppsuite
   7 , alcotest
   8 , angstrom-unix
   9 , biocaml
  10 , core
  11 , gsl
  12 , lacaml
  13 , menhir
  14 , menhirLib
  15 , printbox-text
  16 }:
  17
  18 lib.throwIf (lib.versionAtLeast ocaml.version "5.0")
  19   "phylogenetics is not compatible with OCaml ${ocaml.version}"
  20
  21 buildDunePackage rec {
  22   pname = "phylogenetics";
  23   version = "unstable-2022-05-06";
  24
  25   src = fetchFromGitHub {
  26     owner = "biocaml";
  27     repo = pname;
  28     rev = "cd7c624d0f98e31b02933ca4511b9809b26d35b5";
  29     sha256 = "sha256:0w0xyah3hj05hxg1rsa40hhma3dm1cyq0zvnjrihhf22laxap7ga";
  30   };
  31
  32   minimalOCamlVersion = "4.08";
  33
  34   nativeCheckInputs = [ bppsuite ];
  35   checkInputs = [ alcotest ];
  36   nativeBuildInputs = [ menhir ];
  37   propagatedBuildInputs = [
  38     angstrom-unix
  39     biocaml
  40     core
  41     gsl
  42     lacaml
  43     menhirLib
  44     ppx_deriving
  45     printbox-text
  46   ];
  47
  48   checkPhase = ''
  49     runHook preCheck
  50     dune build @app/fulltest
  51     runHook postCheck
  52   '';
  53   doCheck = true;
  54
  55   meta = with lib; {
  56     description = "Algorithms and datastructures for phylogenetics";
  57     homepage = "https://github.com/biocaml/phylogenetics";
  58     license = licenses.cecill-b;
  59     maintainers = [ maintainers.bcdarwin ];
  60     mainProgram = "phylosim";
  61   };
  62 }