augustus/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Michael Schubert <mschu.dev at google mail>
   2 pkgname=augustus
   3 pkgver=2.5
   4 pkgrel=1
   5 pkgdesc="Augustus is a eucaryotic gene prediction program"
   6 arch=(i686 x86_64)
   7 url="http://augustus.gobics.de/"
   8 license=(Artistic-2.0)
   9 depends=()
  10 makedepends=(gcc)
  11 optdepends=()
  12 provides=()
  13 source=(http://augustus.gobics.de/binaries/$pkgname.$pkgver.tar.gz)
  14 md5sums=(1a94ac9b2138fb30c54e564e44af3739)
  15 options=(!strip)
  16
  17 build() {
  18   cd $pkgname.$pkgver
  19   make all
  20
  21   mkdir $pkgdir/usr
  22   mkdir $pkgdir/usr/share
  23   mkdir $pkgdir/usr/share/augustus
  24   mkdir $pkgdir/usr/share/augustus/scripts
  25   mkdir $pkgdir/etc
  26   mkdir $pkgdir/etc/augustus
  27   mkdir $pkgdir/etc/profile.d
  28
  29   cp -R bin $pkgdir/usr/
  30   cp -R config $pkgdir/etc/augustus/
  31   cp -R docs $pkgdir/usr/share/augustus/
  32   cp -R examples $pkgdir/usr/share/augustus/
  33   cp scripts/*.pl $pkgdir/usr/share/augustus/scripts/
  34   cp scripts/psl2wig/psl2wig $pkgdir/usr/bin/
  35   cp scripts/compileSpliceCands/compileSpliceCands $pkgdir/usr/bin/
  36
  37   echo export AUGUSTUS_CONFIG_PATH="/etc/augustus/config/" > $pkgdir/etc/profile.d/augustus.sh
  38   chmod a+rx $pkgdir/etc/profile.d/augustus.sh
  39 }
  40