cufflinks/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Thiago Yukio Kikuchi Oliveira <stratust@gmail.com>
   2
   3 pkgname=cufflinks
   4 pkgver=1.3.0
   5 pkgrel=1
   6 pkgdesc="Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.."
   7 arch=("x86_64")
   8 url="http://cufflinks.cbcb.umd.edu"
   9 license=('Artistic')
  10 depends=('boost' 'python2' 'samtools' 'perl')
  11 source=(http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/$pkgname-$pkgver.tar.gz)
  12 md5sums=('6914059cf8c8f22eb388e1fde44deabe')
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  14 build() {
  15   cd $srcdir/$pkgname-$pkgver
  16
  17   # cufflinks use python2 but archlinux uses python3 as default python
  18   perl -i -pne '$_ =~ s/python/python2/ if $_ =~ /^#!\/usr/' src/cuffmerge
  19
  20   ./configure --prefix="$pkgdir/usr"
  21   make
  22   make install
  23
  24 }