ncbi-toolkit/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   2 # Contributor: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   3
   4 pkgname=ncbi-toolkit
   5 pkgver=2008.12.31
   6 origver=2008.12.31
   7 pkgrel=3
   8 pkgdesc="Applications, scripts and C++ libraries for the analysis of biological data"
   9 arch=('i686' 'x86_64')
  10 url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=toolkit.TOC&depth=2"
  11 license=('custom')
  12 depends=('python' 'pcre' 'sqlite3' 'lzo2' 'libtiff' 'giflib' 'libxpm' 'libmysqlclient' 'libpng' 'gnutls')
  13 makedepends=('gcc' 'make' 'autoconf')
  14 source=(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools++/2008/Dec_31_2008/ncbi_cxx--Dec_31_2008.tar.gz include_string_h.patch license)
  15 md5sums=('6ddac6c0b37fac2376626e918651f111' '4d179c874fa9cf7d5637ae6e3a69a1eb' '1e2d6a958f3a8adc8478215295146d7c')
  16
  17 build()
  18 {
  19   # patch the source so that libraries and binaries can be built using the latest gcc
  20   patch -p1 -d $srcdir/ncbi_cxx--Dec_31_2008 < include_string_h.patch || return 1
  21
  22   # configure and build release version
  23   cd $startdir/src/ncbi_cxx--Dec_31_2008
  24   if [ "${CARCH}" = "i686" ]; then
  25     ./configure --with-static --with-dll --without-debug --with-runpath=/opt/ncbi-toolkit/release/lib --with-optimization --with-mt --without-64 --with-build-root=release || return 1
  26   else
  27     ./configure --with-static --with-dll --without-debug --with-runpath=/opt/ncbi-toolkit/release/lib --with-optimization --with-mt --with-64 --with-build-root=release || return 1
  28   fi
  29   make || return 1
  30
  31   # configure and build debug version
  32   cd $startdir/src/ncbi_cxx--Dec_31_2008
  33   if [ "${CARCH}" = "i686" ]; then
  34     ./configure --with-static --with-dll --with-debug --with-runpath=/opt/ncbi-toolkit/debug/lib --with-mt --without-64 --with-build-root=debug || return 1
  35   else
  36     ./configure --with-static --with-dll --with-debug --with-runpath=/opt/ncbi-toolkit/debug/lib --with-mt --with-64 --with-build-root=debug || return 1
  37   fi
  38   make || return 1
  39
  40   # copy the entire tree into the opt directory
  41   mkdir -p $startdir/pkg/opt
  42   cp -r $startdir/src/ncbi_cxx--Dec_31_2008 $startdir/pkg/opt/$pkgname
  43
  44   # install binaries
  45   cd $startdir/src/ncbi_cxx--Dec_31_2008/release
  46   mkdir -p $startdir/pkg/usr/bin
  47   install -D -m755 bin/* $startdir/pkg/usr/bin/
  48
  49   cd $startdir/src/
  50   install -D -m644 license $startdir/pkg/usr/share/licenses/$pkgname/license
  51
  52   echo "The ncbi source tree is located at /opt/ncbi-toolkit."
  53   echo "Build roots are located at /opt/ncbi-toolkit/release/build and /opt/ncbi-toolkit/debug/build."
  54   echo "Static and dynamic libraries are located at /opt/ncbi-toolkit/release/lib and /opt/ncbi-toolkit/debug/lib."
  55   echo "Executables are located at /opt/ncbi-toolkit/release/bin and /opt/ncbi-toolkit/debug/bin."
  56   echo "Release executables are also copied into /usr/bin."
  57   echo "Scripts are located at /opt/ncbi-toolkit/scripts."
  58   echo "Include files are located at /opt/ncbi-toolkit/include."
  59   echo "The ncbi-toolkit source is located at /opt/ncbi-toolkit/src."
  60 }
  61