t/Blat.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7   use Bio::Root::Test;
   8   test_begin(-tests => 39);
   9
  10   use_ok 'Bio::Tools::Run::Alignment::Blat';
  11   use_ok 'Bio::SeqIO';
  12   use_ok 'Bio::Seq';
  13 }
  14
  15 my $db    = test_input_file('blat_dna.fa');
  16 my $query = test_input_file('blat_dna.fa');
  17
  18 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Blat->new(-db => $db);
  19 ok $factory->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Blat');
  20
  21 SKIP: {
  22     test_skip(-requires_executable => $factory,
  23               -tests => 24);
  24
  25     my $searchio = $factory->align($query);
  26     isa_ok $searchio, 'Bio::SearchIO';
  27
  28     my $result = $searchio->next_result;
  29     my $hit    = $result->next_hit;
  30     my $hsp    = $hit->next_hsp;
  31     isa_ok($hsp, "Bio::Search::HSP::HSPI");
  32     is $hsp->query->start, 1;
  33     is $hsp->query->end, 1775;
  34     is $hsp->hit->start, 1;
  35     is $hsp->hit->end, 1775;
  36     is $hsp->hsp_length, 1775;
  37
  38     my $sio = Bio::SeqIO->new(-file => $query, -format => 'fasta');
  39     my $seq = $sio->next_seq ;
  40
  41     $searchio = $factory->align($seq);
  42     like $searchio, qr/psl/, 'PSL parser (default)';
  43     $result = $searchio->next_result;
  44     $hit    = $result->next_hit;
  45     $hsp    = $hit->next_hsp;
  46     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
  47     is $hsp->query->start, 1;
  48     is $hsp->query->end, 1775;
  49     is $hsp->hit->start, 1;
  50     is $hsp->hit->end, 1775;
  51
  52     # test alternate formats (not all of these work!)
  53     $factory->reset_parameters(#-quiet  => 1,
  54                                -db  => $db,
  55                                -out => 'blast');
  56     $searchio = $factory->align($query);
  57
  58     like $searchio, qr/blast/, 'BLAST parser';
  59
  60     $result = $searchio->next_result;
  61     $hit    = $result->next_hit;
  62     $hsp    = $hit->next_hsp;
  63     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
  64     is $hsp->query->start, 1;
  65     is $hsp->query->end, 1775;
  66     is $hsp->hit->start, 1;
  67     is $hsp->hit->end, 1775;
  68
  69     $factory->reset_parameters(#-quiet => 1,
  70                                -db  => $db,
  71                                -out => 'blast9');
  72     $searchio = $factory->align($query);
  73
  74     like $searchio, qr/blasttable/, 'Tabular BLAST parser';
  75
  76     $result = $searchio->next_result;
  77     $hit    = $result->next_hit;
  78     $hsp    = $hit->next_hsp;
  79     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
  80     is $hsp->query->start, 1;
  81     is $hsp->query->end, 1775;
  82     is $hsp->hit->start, 1;
  83     is $hsp->hit->end, 1775;
  84 }
  85
  86 # new wrapper; regions
  87
  88 $db = test_input_file('blat_dna.2bit');
  89
  90 $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Blat->new(
  91     -db       => $db,
  92     #-quiet   => 1,
  93     -qsegment => 'sequence_10:0-100',
  94     -tsegment => 'sequence_10:0-100',
  95     # 0-based, Blat-compatible coordinates (start, end]
  96     );
  97 ok $factory->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Blat');
  98
  99 SKIP: {
 100     skip("tests that require file named blat_dna.2bit and executable", 10) if ! -e $db;
 101
 102     test_skip(-requires_executable => $factory,
 103               -tests => 10);
 104
 105     my $searchio = $factory->align($db);
 106     my $result = $searchio->next_result;
 107     my $hit    = $result->next_hit;
 108     my $hsp    = $hit->next_hsp;
 109     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
 110     is $hsp->query->start, 1;
 111     is $hsp->query->end, 100;
 112     is $hsp->hit->start, 1;
 113     is $hsp->hit->end, 100;
 114
 115     # No on-the-fly conversion of Bio::Seq yet
 116     my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$query,-format=>'fasta');
 117     my $seq = $sio->next_seq ;
 118
 119     $searchio = $factory->align($seq);
 120     $result = $searchio->next_result;
 121     $hit    = $result->next_hit;
 122     $hsp    = $hit->next_hsp;
 123     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
 124     is $hsp->query->start, 1;
 125     is $hsp->query->end, 1775;
 126     is $hsp->hit->start, 1;
 127     is $hsp->hit->end, 1775;
 128 }
 129
 130 1;