t/Gerp.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 33);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp');
  12     use_ok('Bio::AlignIO');
  13     use_ok('Bio::TreeIO');
  14     use_ok('Bio::Root::Utilities');
  15 }
  16
  17 END {
  18     unlink(test_input_file('gerp', 'ENr111.mfa'));
  19 }
  20
  21 # setup input files etc
  22 my $alignfilename = test_input_file('gerp', 'ENr111.mfa.gz');
  23 my $treefilename  = test_input_file('gerp', 'ENr111.gerp.tree');
  24 ok (-e $alignfilename, 'Found input alignment file');
  25 ok (-e $treefilename, 'Found input tree file');
  26
  27 my $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp->new(-verbose => -1,
  28                                                 -quiet => 1);
  29 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp');
  30 ok $factory->can('e'), 'has a created method not in args supplied to new';
  31 is $factory->quiet, 1, 'quiet was set';
  32
  33 # test default factory values
  34 is ($factory->program_dir, $ENV{'GERPDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  35 is ($factory->program_name(), 'gerpcol', 'Correct exe default name');
  36
  37 # test the program itself
  38 SKIP: {
  39     test_skip(-requires_executable => $factory, -tests => 22);
  40
  41     my $util = Bio::Root::Utilities->new();
  42     $alignfilename = $util->uncompress(-file => $alignfilename,
  43                                        -tmp  => 1);
  44
  45     skip("Couldn't uncompress the alingment input file", 22) unless $alignfilename;
  46
  47     # using filename input
  48     ok my $parser = $factory->run($alignfilename, $treefilename), 'got results using filename input';
  49     my @result1;
  50     while (my $result = $parser->next_result) {
  51         push(@result1, $result);
  52     }
  53     ok close_enough(scalar(@result1), 121, 20), 'reasonable number of results using filename input';
  54
  55     # using SimpleAlign and Bio::Tree::Tree input
  56     my $alignio = Bio::AlignIO->new(-file => $alignfilename);
  57     my $aln = $alignio->next_aln;
  58     my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => -1, -file => $treefilename);
  59     my $tree = $treeio->next_tree;
  60     ok $parser = $factory->run($aln, $tree), 'got results using object input';
  61     my @result2;
  62     while (my $result = $parser->next_result) {
  63         push(@result2, $result);
  64     }
  65     ok close_enough(scalar(@result2), 121, 20), 'reasonable number of results using object input';
  66
  67     # spot-test the results
  68     my @spot_results = ($result1[0], $result1[1], $result1[2]);
  69
  70     foreach my $expected ([294576, 294688, 56.5, 1.76552e-57],
  71                           [337735, 337898, 50.9, 3.19063e-57],
  72                           [285430, 285608, 44.3, 1.41149e-54]) {
  73         my $feat = shift(@spot_results);
  74         isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  75         is $feat->source->value, 'GERP', 'correct source';
  76         ok close_enough($feat->start, shift(@{$expected}), 10), 'feature start close enough';
  77         ok close_enough($feat->end, shift(@{$expected}), 10), 'feature end close enough';
  78         ok close_enough($feat->score, shift(@{$expected}), 5), 'feature score close enough';
  79         my ($p_value) = $feat->get_Annotations('pvalue');
  80         ok close_enough(ref $p_value ? $p_value->value : $p_value, shift(@{$expected}), 100e-57), 'feature pvalue close enough';
  81     }
  82 }
  83
  84 sub close_enough {
  85     my ($actual, $expected, $variance) = @_;
  86     return 1 if $actual == $expected;
  87
  88     if ($actual >= ($expected - $variance) &&
  89         $actual <= ($expected + $variance)) {
  90         return 1;
  91     }
  92     return 0;
  93 }