t/Hyphy.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 10,
  11                -requires_module =>'IO::String');
  12
  13     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC');
  14     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL');
  15     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL');
  16     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest');
  17     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::BatchFile');
  18 }
  19
  20
  21 SKIP: {
  22         my $rel = Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL->new();
  23
  24         test_skip(-requires_executable => $rel,
  25                   -tests => 5);
  26
  27         my $alignio = Bio::AlignIO->new(-format => 'fasta',
  28                                         -file   => 't/data/hyphy1.fasta');
  29
  30         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick',
  31                                       -file   => 't/data/hyphy1.tree');
  32
  33         my $aln = $alignio->next_aln;
  34         my $tree = $treeio->next_tree;
  35         my $debug = test_debug();
  36         my ($rc,$results);
  37
  38         $rel->alignment($aln);
  39         $rel->tree($tree);
  40         ($rc,$results) = $rel->run();
  41         if (($rc == 0) && ($debug == 1)){
  42             warn("ERROR in REL module $rc:" . $rel->error_string() . "\n");
  43         }
  44         ok ($rc != 0, "REL module");
  45
  46         my $fel = Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL->new();
  47         $fel->alignment($aln);
  48         $fel->tree($tree);
  49         ($rc,$results) = $fel->run();
  50         if (($rc == 0) && ($debug == 1)){
  51             warn("ERROR in FEL module $rc:" . $fel->error_string() . "\n");
  52         }
  53         ok (defined($results->{'LRT'}), "FEL module");
  54
  55         my $modeltest = Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest->new();
  56         $modeltest->alignment($aln);
  57         $modeltest->tree($tree);
  58         ($rc,$results) = $modeltest->run();
  59         if (($rc == 0) && ($debug == 1)){
  60             warn("ERROR in Modeltest module $rc:" . $modeltest->error_string() . "\n");
  61         }
  62         ok (defined($results->{'AIC'}), "Modeltest module");
  63
  64         my $bf_exec = Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::BatchFile->new(
  65                       -params => {'bf' => "ModelTest.bf",
  66                                   'order' => [$aln, $tree, '4', 'AIC Test', ""]}
  67                       );
  68         $bf_exec->alignment($aln);
  69         $bf_exec->tree($tree);
  70         my ($tfh, $t) = $bf_exec->io->tempfile;
  71         $bf_exec->set_parameter(5, $t);
  72         $bf_exec->version();
  73         ($rc,$results) = $bf_exec->run();
  74         if (($rc == 0) && ($debug == 1)){
  75             warn("ERROR in Batchfile module $rc:" . $bf_exec->error_string() . "\n");
  76         }
  77         ok ($rc != 0, "Batchfile module");
  78
  79         my $slac = Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC->new();
  80         $slac->alignment($aln);
  81         $slac->tree($tree);
  82         ($rc,$results) = $slac->run();
  83         if (($rc == 0) && ($debug == 1)){
  84             warn("ERROR in SLAC module $rc:" . $slac->error_string() . "\n");
  85         }
  86         ok (defined($results->{'Observed NS Changes'}), "SLAC module");
  87 }