t/TribeMCL.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 24,
   9                -requires_modules => ['Algorithm::Diff', 'Bio::Cluster::SequenceFamily']);
  10     use_ok('Bio::Tools::Run::TribeMCL');
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my $blast_out = test_input_file("TribeMCL.bls");
  15
  16 #do from raw blast output
  17 my @params=('inputtype'=>'blastfile',I=>'3.0');
  18 my $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  19
  20 SKIP : {
  21     unless ($fact){
  22         skip("Couldn't create a TribeMCL wrapper",22);
  23     }
  24     my $desc = test_input_file("TribeMCL.desc");
  25     $fact->description_file($desc);
  26
  27     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
  28     unless ($fact->matrix_executable){
  29         skip("Tribe Matrix program not found. Skipping tests...", 21);
  30     }
  31     unless ($fact->mcl_executable){
  32         skip("Markov Clustering program not found. Skipping tests...",21);
  33     }
  34
  35     my $bequiet = 1 ;
  36     $fact->quiet($bequiet);
  37
  38     my ($fam) = $fact->run($blast_out);
  39     my @members = $fam->get_members;
  40     isa_ok $fam,"Bio::Cluster::SequenceFamily";
  41     isa_ok $members[0],"Bio::Seq";
  42     is ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
  43     is ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
  44     is ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
  45     is ($fam->description,'ubiquitin');
  46     is ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
  47     is ($fam->size,91);
  48
  49     #do from searchio
  50
  51     my $sio = Bio::SearchIO->new(-format=>'blast',
  52                                  -file=>$blast_out);
  53
  54     @params=('inputtype'=>'searchio',I=>'3.0');
  55     $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  56     $fact->description_file($desc);
  57
  58     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
  59     $bequiet =1 ;
  60     $fact->quiet($bequiet);
  61
  62     ($fam) = $fact->run($sio);
  63     isa_ok $fam,"Bio::Cluster::SequenceFamily";
  64     isa_ok $members[0],"Bio::Seq";
  65     is ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
  66     is ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
  67     is ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
  68     is ($fam->description,'ubiquitin');
  69     is ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
  70     is ($fam->size,91);
  71
  72     @params=('inputtype'=>'pairs',I=>'3.0');
  73     $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  74     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
  75     $bequiet =1 ;
  76     $fact->quiet($bequiet);
  77
  78     ($fam) = $fact->run( [[qw(ENSP00000257547 ENSP00000261659 1 50)],
  79                 [qw(O42187 ENSP00000257547 1 119)]]);
  80     @members = $fam->get_members;
  81     is ($members[0]->id, 'ENSP00000257547');
  82     is ($members[1]->id, 'ENSP00000261659');
  83     is ($members[2]->id, 'O42187');
  84 }