t/gmap-run.t

   1 #!perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 8);
   9     use_ok( 'Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap' );
  10 }
  11
  12 use Bio::SeqIO;
  13
  14 # load the slightly edited her2 sequence (don't expect exact match)
  15 my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>'t/data/her2-edited.fasta' ,-format=>'fasta');
  16 my @seq;
  17 while(my $seq = $sio->next_seq()){
  18     push @seq,$seq;
  19 }
  20
  21 my $gmapper = Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap->new();
  22
  23 SKIP: {
  24
  25 test_skip(-tests => 7, -requires_executable => $gmapper);
  26
  27 my $result_handle = $gmapper->run(\@seq);
  28
  29 my $result;
  30 $result .= $_ while (<$result_handle>);
  31
  32 like($result, qr|^>NM_004448 Homo sapiens|, 'Check query info line');
  33 like($result, qr|md5:a7f28cc6e121f649fa8eb2d44805100e|, 'Check md5 info');
  34 like($result, qr|1 E\t2 G\t\+17:\d+ \d+ G\tE|,
  35      'Does it look reasonable like -f 9 output');
  36
  37 $result = '';
  38 $gmapper->flags('-A -5 -e -n 100');
  39 $result_handle = $gmapper->run(\@seq);
  40 $result .= $_ while (<$result_handle>);
  41
  42 like($result, qr|^>NM_004448 Homo sapiens|, 'Check query info line');
  43 like($result, qr|md5:a7f28cc6e121f649fa8eb2d44805100e|, 'Check md5 info');
  44 like($result, qr|Paths \(\d+\)|, 'Does it look like -A output (I)');
  45 like($result, qr|Alignment for path \d+|, 'Does it look like -A output (II)');
  46
  47 }