CXGN/Phenome/Locus.js

   1 /**
   2 * @class Locus
   3 * Function used in locus_display.pl
   4 * @author Naama Menda <nm249@cornell.edu>
   5 *
   6 */
   7
   8 JSAN.use('MochiKit.DOM');
   9 JSAN.use('MochiKit.Visual');
  10 JSAN.use('MochiKit.Async');
  11
  12 JSAN.use('CXGN.Effects');
  13 JSAN.use('CXGN.Phenome.Tools');
  14
  15
  16 var Locus = {
  17     //update the registry input box when an option is selected. Not sure if we should do this or not
  18     updateRegistryInput:  function() {
  19         var select_box = MochiKit.DOM.getElement('registry_select');
  20         for (i=0; i < select_box.length; i++){
  21             if(select_box.options[i].selected) {
  22                 MochiKit.DOM.getElement('associate_registry_button').disabled = false;
  23             }
  24         }
  25     },
  26
  27     //Make an ajax response that finds all the registries with names or symbols like the current value of the registry input
  28     getRegistries: function(str)  {
  29         if(str.length==0){
  30             var select = MochiKit.DOM.getElement('registry_select');
  31             select.length=0;
  32             MochiKit.DOM.getElement('associate_registry_button').disabled = true;
  33         } else{
  34             var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("registry_browser.pl", {registry_name: str});
  35             d.addCallbacks(this.updateRegistrySelect);
  36         }
  37     },
  38
  39     //Parse the ajax response and update the registry select box accordingly
  40     updateRegistrySelect: function(request) {
  41         var select =  MochiKit.DOM.getElement('registry_select');
  42         MochiKit.DOM.getElement('associate_registry_button').disabled = true;
  43         var responseText = request.responseText;
  44         var responseArray = responseText.split("|");
  45
  46         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
  47         responseArray.pop();
  48         select.length = responseArray.length;
  49         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
  50             var registryObject = responseArray[i].split("*");
  51             select[i].value = registryObject[0];
  52             if (typeof(registryObject[1]) != "undefined"){
  53                 select[i].text = registryObject[1];
  54             }
  55         }
  56     },
  57
  58     //Make an ajax response that associates the selected registry with this locus
  59     associateRegistry: function(locus_id, sp_person_id) {
  60         var registry_id =  MochiKit.DOM.getElement('registry_select').value;
  61         var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("associate_registry.pl", {registry_id: registry_id, locus_id: locus_id, sp_person_id: sp_person_id});
  62         d.addCallbacks(Tools.reloadPage);
  63     },
  64
  65
  66     //Make an ajax response that adds a registry to the database and associates it with this locus
  67     addRegistry: function(locus_id, sp_person_id) {
  68         var registry_name = MochiKit.DOM.getElement('registry_name').value;
  69         var registry_symbol = MochiKit.DOM.getElement('registry_symbol').value;
  70         var registry_description = MochiKit.DOM.getElement('registry_description').value;
  71
  72         if(registry_symbol == ""){
  73             MochiKit.DOM.getElement("add_registry_button").disabled=false;
  74             alert("You must enter a symbol for the new registry");
  75             return false;
  76         }else if(registry_name == ""){
  77             MochiKit.DOM.getElement("add_registry_button").disabled=false;
  78             alert("You must enter a name for the new registry");
  79             return false;
  80         }
  81         var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("add_registry.pl", {registry_symbol: registry_symbol, registry_name: registry_name, registry_description: registry_description, sp_person_id: sp_person_id, locus_id: locus_id});
  82         d.addCallbacks(this.registry_exists);
  83     },
  84
  85     //create an alert if the ajax request for adding a registry finds that the registry already exists
  86     registry_exists: function(request) {
  87         if(request.responseText == "already exists"){
  88             alert('That registry already exists');
  89         } else{
  90             this.associateRegistry();
  91         }
  92     },
  93
  94     addRegistryView: function()  {
  95         Effects.hideElement('registry_search');
  96         Effects.showElement('registry_add');
  97     },
  98
  99     searchRegistries: function() {
 100         Effects.showElement('registry_search');
 101         Effects.hideElement('registry_add');
 102     },
 103
 104     //Logic on when to enable the add registry button
 105     enableButton: function() {
 106         var registry_name = MochiKit.DOM.getElement('registry_name').value;
 107         var registry_symbol = MochiKit.DOM.getElement('registry_symbol').value;
 108         if(registry_symbol != "" && registry_name != ""){
 109             MochiKit.DOM.getElement("add_registry_button").disabled=false;
 110         }
 111         else{
 112             MochiKit.DOM.getElement("add_registry_button").disabled=true;
 113         }
 114     },
 115
 116     //Make an ajax request that finds all the alleles related to the currently selected individual
 117     getAlleles: function(locus_id) {
 118         MochiKit.DOM.getElement("associate_individual_button").disabled=false;
 119         var individual_id = MochiKit.DOM.getElement('individual_select').value;
 120         var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("allele_browser.pl", {locus_id: locus_id, individual_id: individual_id});
 121         d.addCallbacks(this.updateAlleleSelect);
 122     },
 123
 124     //Parse the ajax response to update the allele select box
 125     updateAlleleSelect: function(request) {
 126         var select = MochiKit.DOM.getElement('allele_select');
 127         var responseText = request.responseText;
 128         var responseArray = responseText.split("|");
 129         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 130         responseArray.pop();
 131         select.length = 0;
 132         select.length = responseArray.length;
 133         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 134             var registryObject = responseArray[i].split("*");
 135             select[i].value = registryObject[0];
 136             if (typeof(registryObject[1]) != "undefined"){
 137                 select[i].text = registryObject[1];
 138             }
 139             else{
 140                 select[i].text = registryObject[0];
 141                 select[i].value = null;
 142             }
 143         }
 144         if(responseArray.length > 1){
 145             Effects.showElement('alleleSelect');
 146         }
 147         else{
 148             Effects.hideElement('alleleSelect');
 149         }
 150
 151     },
 152
 153     associateAllele: function(sp_person_id, allele_id) {
 154         // locus page does not call this function with an allele_id
 155         // allele page calls the function with the page object_id
 156         if (!allele_id) {  allele_id = $('allele_select').value; }
 157         var individual_id = $('individual_select').value;
 158
 159         new Ajax.Request("associate_allele.pl", {
 160                 parameters: {allele_id: allele_id, individual_id: individual_id, sp_person_id: sp_person_id},
 161                     onSuccess: function(response) {
 162                                 var json = response.responseText;
 163                                 MochiKit.Logging.log("associateAllele response:  " , json);
 164                                 var x = eval ("("+json+")");
 165                                 MochiKit.Logging.log("associateAllele response:  " , json);
 166                                 if (x.error) { alert(x.error); }
 167                                 else { Tools.reloadPage(); }
 168                 },
 169                     });
 170     },
 171
 172
 173     //Make an ajax request to find all the individuals with a name like the current value of of the accession name input box
 174     getIndividuals: function(str, locus_id) {
 175         var type = 'browse';
 176         if(str.length==0){
 177             var select = MochiKit.DOM.getElement('individual_select');
 178             select.length=0;
 179             MochiKit.DOM.getElement('associate_individual_button').disabled = true;
 180         }
 181         else{
 182             var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("individual_browser.pl", {individual_name: str, locus_id: locus_id, type: type});
 183             d.addCallbacks(this.updateIndividualsSelect);
 184         }
 185     },
 186
 187  //Make an ajax request to find all the individuals with a name like the current value of of the accession name input box
 188     getAlleleIndividuals: function(str, allele_id) {
 189         var type = 'browse_allele';
 190         if(str.length==0){
 191             var select = $('individual_select');
 192             select.length=0;
 193             $('associate_individual_button').disabled = true;
 194         }
 195         else{
 196             new Ajax.Request("individual_browser.pl", {parameters: {individual_name: str, allele_id: allele_id, type: type}, onSuccess: this.updateIndividualsSelect});
 197         }
 198     },
 199
 200     //Parse the ajax response to update the individuals select box
 201     updateIndividualsSelect: function(request) {
 202         var select = MochiKit.DOM.getElement('individual_select');
 203         MochiKit.DOM.getElement('associate_individual_button').disabled = true;
 204
 205         var responseText = request.responseText;
 206         var responseArray = responseText.split("|");
 207         //last element of array is empty. dont want this in select box
 208         responseArray.pop();
 209         select.length = 0;
 210         select.length = responseArray.length;
 211         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 212             var individualObject = responseArray[i].split("*");
 213             select[i].value = individualObject[0];
 214             if (typeof(individualObject[1]) != "undefined"){
 215                 select[i].text = individualObject[1];
 216             }
 217             else{
 218                 select[i].text = individualObject[0];
 219                 select[i].value = null;
 220             }
 221         }
 222     },
 223
 224
 225
 226     getEvidenceWith: function(locus_id)  {
 227         var type = 'evidence_with';
 228         var evidence_with_id = $('evidence_with_select').value;
 229         new Ajax.Request('evidence_browser.pl', {parameters:
 230     {type: type, locus_id: locus_id}, onSuccess:this.updateEvidenceWithSelect});
 231     },
 232
 233     updateEvidenceWithSelect: function(request) {
 234         var select = $('evidence_with_select');
 235
 236         var responseText = request.responseText;
 237         var responseArray = responseText.split("|");
 238         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 239         responseArray.pop();
 240         responseArray.unshift("*--Optional: select an evidence identifier--");
 241
 242         select.length = 0;
 243         select.length = responseArray.length;
 244         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 245             var evidenceWithObject = responseArray[i].split("*");
 246             select[i].value = evidenceWithObject[0];
 247             select[i].text = evidenceWithObject[1];
 248         }
 249     },
 250
 251
 252     getReference: function(locus_id) {
 253
 254         var type = 'reference';
 255         var reference_id = $('reference_select').value;
 256         new Ajax.Request('evidence_browser.pl', { parameters:
 257     {type: type, locus_id: locus_id}, onSuccess: this.updateReferenceSelect });
 258         MochiKit.Logging.log("Locus.js getReference is calling UpdateReferenceSelect with locus_id", locus_id);
 259     },
 260
 261     updateReferenceSelect: function(request) {
 262         var select = $('reference_select');
 263
 264         var responseText = request.responseText;
 265         var responseArray = responseText.split("|");
 266         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 267         responseArray.pop();
 268         responseArray.unshift("*--Optional: select supporting reference --");
 269
 270         select.length = 0;
 271         select.length = responseArray.length;
 272         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 273             var referenceObject = responseArray[i].split("*");
 274             select[i].value = referenceObject[0];
 275             select[i].text = referenceObject[1];
 276         }
 277     },
 278     /////////////////////////
 279     //MOVED TO LocusPage!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 280     ////////////////////////////////////////////
 281
 282     //Make an ajax response that associates the selected ontology term with this locus
 283     associateOntology: function(locus_id, sp_person_id) {
 284         if (this.isVisible('cvterm_list')) {
 285                 var dbxref_id = $('cvterm_list_select').value;
 286                 MochiKit.Logging.log("Locus.js: cvterm_list_select.dbxfref_id=...", dbxref_id);
 287         } else {
 288                 var dbxref_id = $('ontology_select').value;
 289                 MochiKit.Logging.log("Locus.js: ontology_select.dbxfref_id=...", dbxref_id);
 290         }
 291         var type = 'locus';
 292         var relationship_id = $('relationship_select').value;
 293         var evidence_code_id = $('evidence_code_select').value;
 294         var evidence_description_id = $('evidence_description_select').value;
 295         var evidence_with_id = $('evidence_with_select').value;
 296         var reference_id = $('reference_select').value;
 297
 298         new Ajax.Request('associate_ontology_term.pl', { parameters:
 299         {type: type, object_id: locus_id, dbxref_id: dbxref_id, sp_person_id: sp_person_id,  relationship_id: relationship_id, evidence_code_id: evidence_code_id, evidence_description_id: evidence_description_id, evidence_with_id: evidence_with_id, reference_id: reference_id}, onSuccess: this.ontologyResponse });
 300
 301     },
 302
 303     ontologyResponse: function(response) {
 304         var responseText = response.responseText;
 305         if (responseText) { alert(responseText); }
 306         else {
 307                 MochiKit.Logging.log("about to reload page...", response );
 308                 window.location.reload();
 309         }
 310     },
 311
 312     //
 313
 314
 315     //##########
 316     toggleAssociateRegistry: function()
 317     {
 318         MochiKit.Visual.toggle('associateRegistryForm', 'blind');
 319     },
 320
 321
 322     //#####################################LOCUS RELATIONSHIPS
 323
 324     getLocusReference: function(locus_id) {
 325
 326         var type = 'reference';
 327         var reference_id = $('locus_reference_select').value;
 328         new Ajax.Request('evidence_browser.pl', { parameters:
 329         {type: type, locus_id: locus_id}, onSuccess: this.updateLocusReferenceSelect });
 330          MochiKit.Logging.log("Locus.js getLocusReference is calling UpdateReferenceSelect with locus_id", locus_id);
 331     },
 332
 333     updateLocusReferenceSelect: function(request) {
 334         var select = $('locus_reference_select');
 335
 336         var responseText = request.responseText;
 337         var responseArray = responseText.split("|");
 338         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 339         responseArray.pop();
 340         responseArray.unshift("*--Optional: select supporting reference --");
 341
 342         select.length = 0;
 343         select.length = responseArray.length;
 344         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 345             var referenceObject = responseArray[i].split("*");
 346             select[i].value = referenceObject[0];
 347             select[i].text = referenceObject[1];
 348         }
 349     },
 350
 351     getLocusRelationship: function() {
 352         //MochiKit.DOM.getElement("associate_locus_button").disabled=false;
 353         var type = 'locus_relationship';
 354         var locus_relationship_id = MochiKit.DOM.getElement('locus_relationship_select').value;
 355         var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("locus_browser.pl", {type: type} );
 356         d.addCallbacks(this.updateLocusRelationshipSelect);
 357     },
 358
 359     updateLocusRelationshipSelect: function(request) {
 360         var select = MochiKit.DOM.getElement('locus_relationship_select');
 361
 362         var responseText = request.responseText;
 363         var responseArray = responseText.split("|");
 364         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 365         responseArray.pop();
 366         select.length = 0;
 367         select.length = responseArray.length;
 368         for (i=0; i < responseArray.length; i++)
 369         {
 370             var locusRelationshipObject = responseArray[i].split("*");
 371
 372             select[i].value = locusRelationshipObject[0];
 373             if (typeof(locusRelationshipObject[1]) != "undefined"){
 374                 select[i].text = locusRelationshipObject[1];
 375             }
 376             else{
 377                 select[i].text = locusRelationshipObject[0];
 378                 select[i].value = null;
 379             }
 380         }
 381     },
 382
 383     getLocusEvidenceCode: function() {
 384         //MochiKit.DOM.getElement("associate_locus_button").disabled=false;
 385         var type = 'locus_evidence_code';
 386         var locus_evidence_code_id = MochiKit.DOM.getElement('locus_evidence_code_select').value;
 387         var d = new MochiKit.Async.doSimpleXMLHttpRequest("locus_browser.pl", {type: type}  );
 388         d.addCallbacks(this.updateLocusEvidenceCodeSelect);
 389     },
 390
 391     updateLocusEvidenceCodeSelect: function(request) {
 392         var select = MochiKit.DOM.getElement('locus_evidence_code_select');
 393
 394         var responseText = request.responseText;
 395         var responseArray = responseText.split("|");
 396         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 397         responseArray.pop();
 398         responseArray.unshift("*--please select an evidence code--");
 399         select.length = 0;
 400         select.length = responseArray.length;
 401
 402         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 403             var locusevidenceCodeObject = responseArray[i].split("*");
 404
 405            select[i].value = locusevidenceCodeObject[0];
 406            select[i].text = locusevidenceCodeObject[1];
 407
 408            //document.evidence_code_select.options[i] = new Option(evidenceCodeObject[0], evidenceCodeObject[1]);
 409         }
 410     },
 411
 412
 413
 414     //#####################################
 415
 416
 417     //Make an ajax response that finds all the unigenes with unigene ids like the current value of the unigene id input
 418     getUnigenes: function(unigene_id, locus_id) {
 419         if(unigene_id.length==0){
 420             var select = MochiKit.DOM.getElement('unigene_select');
 421             select.length=0;
 422             MochiKit.DOM.getElement('associate_unigene_button').disabled = true;
 423         } else {
 424             var type = 'browse';
 425             new Ajax.Request('unigene_browser.pl', { parameters:
 426                     {type: type, locus_id: locus_id, unigene_id: unigene_id},
 427                         onSuccess: this.updateUnigeneSelect });
 428         }
 429     },
 430
 431     //Parse the ajax response and update the unigene  select box accordingly
 432     updateUnigeneSelect: function(response) {
 433         var select = MochiKit.DOM.getElement('unigene_select');
 434         //MochiKit.DOM.getElement('associate_unigene_button').disabled = true;
 435         var json  = response.responseText;
 436         var x = eval ("("+json+")");
 437         //var responseText = request.responseText;
 438         var responseArray = x.response.split("|");
 439
 440         //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 441         responseArray.pop();
 442
 443         select.length = responseArray.length;
 444         for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 445             var unigeneObject = responseArray[i].split("*");
 446
 447             select[i].value = unigeneObject[0];
 448             if (typeof(unigeneObject[1]) != "undefined"){
 449                 select[i].text = unigeneObject[1];
 450             }
 451         }
 452      },
 453
 454
 455         //Make an ajax response that obsoletes the selected individual-allele association
 456         obsoleteIndividualAllele: function(individual_allele_id)  {
 457                 var type= 'obsolete';
 458                 new Ajax.Request('individual_browser.pl', {parameters:
 459                 {type: type, individual_allele_id: individual_allele_id}, onSuccess: Tools.reloadPage });
 460         },
 461         //Make an ajax response that finds all loci  with names/synonyms/symbols like the current value of the locus input
 462         getMergeLocus: function(str, object_id) {
 463                 if(str.length == 0){
 464                         var select = MochiKit.DOM.getElement('locus_merge');
 465                         select.length=0;
 466                         $('associate_locus_button').disabled = true;
 467                 }else{
 468                         var type = 'browse locus';
 469                         var organism = $('common_name').value;
 470                         new Ajax.Request("locus_browser.pl", {parameters:
 471                 {type: type, locus_name: str,object_id: object_id, organism: organism}, onSuccess: this.updateLocusSelect });           }
 472         },
 473
 474         //Parse the ajax response and update the locus select box accordingly
 475         updateLocusSelect: function(request) {
 476                 var select = $('locus_list');
 477                 $('merge_locus_button').disabled = true;
 478
 479                 var responseText = request.responseText;
 480                 var responseArray = responseText.split("|");
 481
 482                 //the last element of the array is empty. Dont want this in the select box
 483                 responseArray.pop();
 484
 485                 select.length = responseArray.length;
 486                 for (i=0; i < responseArray.length; i++) {
 487                         var locusObject = responseArray[i].split("*");
 488
 489                         select[i].value = locusObject[0];
 490                         if (typeof(locusObject[1]) != "undefined"){
 491                                 select[i].text = locusObject[1];
 492                         }
 493                 }
 494         },
 495
 496         //Logic on when to enable the merge locus button
 497         enableMergeButton: function() {
 498                 MochiKit.DOM.getElement("merge_locus_button").disabled=false;
 499         },
 500
 501         //make an ajax response to merge locus x with the current locus
 502         mergeLocus: function(locus_id) {
 503                 var merged_locus_id = MochiKit.DOM.getElement('locus_list').value;
 504                 new Ajax.Request('merge_locus.pl', {
 505                         parameters: { merged_locus_id: merged_locus_id, locus_id: locus_id},
 506                             onSuccess: function(response) {
 507                             var json  = response.responseText;
 508                             var x = eval ("("+json+")");
 509                             MochiKit.Logging.log("mergeLocus response:  " , json);
 510                             if (x.error) { alert(x.error); }
 511                             else {  window.location.reload() ; }
 512                         },
 513                    });
 514
 515     },
 516
 517     toggleVisible:function(elem){
 518         MochiKit.DOM.toggleElementClass("invisible", elem);
 519         MochiKit.Logging.log("toggling visible element : " , elem);
 520     },
 521
 522     makeVisible: function(elem) {
 523         MochiKit.DOM.removeElementClass(elem, "invisible");
 524         MochiKit.DOM.addElementClass(elem, "visible");
 525
 526     },
 527
 528     makeInvisible: function(elem) {
 529         MochiKit.DOM.removeElementClass(elem, "visible");
 530         MochiKit.DOM.addElementClass(elem, "invisible");
 531     },
 532
 533     isVisible: function(elem) {
 534         // you may also want to check for
 535         // getElement(elem).style.display == "none"
 536         MochiKit.Logging.log("testing isVisible", elem);
 537         if (MochiKit.DOM.hasElementClass(elem, "invisible")) {
 538                 MochiKit.Logging.log("this element is invisible: ", elem);
 539         }else if  (MochiKit.DOM.hasElementClass(elem, "visible")) {
 540             MochiKit.Logging.log("this element is visible: ", elem);
 541         }else {  MochiKit.Logging.log("this element does not have a visible/invisible element set: ", elem); }
 542
 543         return MochiKit.DOM.hasElementClass(elem, "visible") ;
 544     },
 545
 546
 547
 548     searchCvterms: function()  {
 549         Effects.showElement('ontology_search');
 550         Effects.hideElement('cvterm_list');
 551         this.makeVisible('ontology_search');
 552         this.makeInvisible('cvterm_list');
 553     },
 554
 555     getCvtermsList: function(locus_id) {
 556         Effects.showElement('cvterm_list');
 557         Effects.hideElement('ontology_search');
 558         this.makeInvisible('ontology_search');
 559         this.makeVisible('cvterm_list');
 560
 561         new Ajax.Request("/phenome/locus_page/get_locus_cvterms.pl", {
 562                 parameters: {locus_id: locus_id },
 563                     onSuccess: function(response) {
 564                     var json = response.responseText;
 565                     var x = eval ("("+json+")");
 566                     MochiKit.Logging.log("getCvtermsList response:  " , json);
 567                     if (x.error) { alert(x.error); }
 568                     else {
 569                         var select = MochiKit.DOM.getElement('cvterm_list_select');
 570                         var keyCount=0;
 571                         //first count the # of hash keys. Need to declare first the length of the select menu
 572                         for (key in x) keyCount++;
 573                         select.length = keyCount;
 574
 575                         //now populate the select list from the hash. Need to iterate over the hash keys again...
 576                         var i=0;
 577                         for (dbxref_id in x) {
 578                             select[i].value = dbxref_id;
 579                             select[i].text =  x[dbxref_id];
 580                             i++;
 581                         }
 582                     }
 583                 }
 584         });
 585     },
 586
 587
 588     //make an ajax response to add a dbxref to the locus
 589     addLocusDbxref: function(locus_id, dbxref_id) {
 590         //var dbxref_id = $('dbxref_id').value;
 591         var type = 'locus';
 592         var validate = $(dbxref_id).value;
 593         if (validate) {
 594             new Ajax.Request('/phenome/add_dbxref.pl', {parameters:
 595                     { type: type, object_id: locus_id, dbxref_id: dbxref_id, validate: validate}, onSuccess:Tools.reloadPage} );
 596         }
 597     },
 598
 599 }//
 600