validate_gff3_online.cfg

   1 # Configuration file for validate_gff3_online.pl
   2 # Author: Payan Canaran (canaran@cshl.edu)
   3 # Copyright (c) 2006-2007 Cold Spring Harbor Laboratory
   4 # $Id: validate_gff3_online.cfg,v 1.1 2007/12/03 14:20:23 canaran Exp $
   5
   6 # THIS IS THE CONFIG FILE FOR THE ONLINE IMPLEMENTATION OF THE
   7 # GFF3 VALIDATOR
   8
   9 # This online implementation of the validator, uses
  10 # the GFF3::Validator module as the command-line version.
  11 # This module requires a config file for database access parameters
  12 # and parameters that customize processing behavior.
  13 # This parameter specifies the location of this config file.
  14 #
  15 # If this is left blank, it defaults to $ENV{DOCUMENT_ROOT}/../conf/validate_gff3.cfg.
  16
  17   command_line_config
  18
  19 # Large files submitted online for analysis may cause problems.
  20 # The following parameters allow the size of the GFF3 file be restricted
  21 # by file size and number of lines.
  22 # The file size is specified in bytes.
  23
  24   gff3_file_size_limit      300000000
  25   gff3_file_length_limit    3000000
  26
  27 # The validator uses a temp directory for storing GFF3 files and validation
  28 # reports, a session directory for keeping session files. These parameters
  29 # specify these directories. The directories must be writable by the web user.
  30 # Both directories can point to the same location.
  31
  32   temp_dir                  /tmp/validate_gff3_online
  33   session_dir               /tmp/validate_gff3_online
  34
  35 # The validation report is displayed in pages. This parameter specifies
  36 # the number of lines each page contains.
  37
  38   page_size                 100
  39
  40 # A CSS (Cascading Style Sheet) can be specified using this parameter.
  41 # If no CSS is specified, this is ignored.
  42
  43   css                       /validate_gff3_online/formatting.css
  44
  45 # If this parameter is set, script provides debugging information in the footer.
  46
  47   debug 1
  48
  49 # Multiple footer lines can be specified. Text provided here is used to
  50 # generate a footer for the pages.
  51
  52   footer <font color="red"><b>*** This application is currently under development. Please report any problems. ***</font></b>
  53   footer &nbsp;
  54   footer <b>Please send comments/questions to Payan Canaran at canaran@cshl.edu</b>
  55
  56 # At every execution (object construction), temp_dir and session_dir
  57 # is checked for old files and cleaned. Files accessed before this many minutes
  58 # are cleaned.
  59
  60   expires_in_min            300
  61
  62 # When a GFF3 file is downloaded, the following specifies when the download_agent will
  63 # timeout.
  64 # *** This does not apply to ontology file downloads, for this option see validate_gff3.cfg ***
  65 # Timeout is specified in seconds.
  66
  67    max_ontology_download_size 256000
  68    download_agent_timeout_sec 10
  69
  70 # The images used for display are provided below. They can be provided relative to the
  71 # document root or URLs.
  72
  73    img_unchecked_box        /validate_gff3_online/unchecked_box.gif
  74    img_checked_box          /validate_gff3_online/checked_box.gif
  75    img_valid_gff3           /validate_gff3_online/gff3_validated.png
  76    img_invalid_gff3         /validate_gff3_online/invalid.png
  77
  78 # If a URL is provided below, a link to the installation package is provided.
  79
  80    url_software_package
  81
  82 # If a URL is provided below, a link to instructions is provided. This is intended for
  83 # the HTML version of the package POD (included).
  84
  85    url_instructions        /validate_gff3_online/validate_gff3.html
  86
  87 # The online implementation of the validator supports online selection of ontology file
  88 # to be used by the validation process. The following files are presented to the user for selection.
  89
  90     <ontology_files>
  91         <sofa-latest>
  92             display         SOFA latest (sofa.obo)
  93             file            http://song.cvs.sourceforge.net\/*checkout*\/song/ontology/sofa.obo
  94         </sofa-latest>
  95         <sofa-2.1>
  96             display         SOFA 2.1 (sofa.obo revision 1.14) - 8/16/2006 (default)
  97             file            http://song.cvs.sourceforge.net\/*checkout*\/song/ontology/sofa.obo?revision=1.14
  98         </sofa-2.1>
  99 #        <sofa-2.0>
 100 #            display         SOFA 2.0 (sofa.obo revision 1.12) - 5/16/2005
 101 #            file            http://song.cvs.sourceforge.net\/*checkout*\/song/ontology/sofa.obo?revision=1.12
 102 #        </sofa-2.0>
 103 #        <sofa-1.0>
 104 #            display         SOFA 1.0 (sofa.obo revision 1.6 ) - 5/12/2004
 105 #            file            http://song.cvs.sourceforge.net\/*checkout*\/song/ontology/sofa.obo?revision=1.6
 106 #        </sofa-1.0>
 107     </ontology_files>
 108
 109
 110