docs/reference-manual/topologies.rst

   1 Topologies
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   4 |Gromacs| must know on which atoms and combinations of atoms the various
   5 contributions to the potential functions (see chapter :ref:`ff`) must act.
   6 It must also know what parameters must be applied to the various
   7 functions. All this is described in the *topology* file :ref:`top`, which
   8 lists the *constant attributes* of each atom. There are many more atom
   9 types than elements, but only atom types present in biological systems
  10 are parameterized in the force field, plus some metals, ions and
  11 silicon. The bonded and special interactions are determined by fixed
  12 lists that are included in the topology file. Certain non-bonded
  13 interactions must be excluded (first and second neighbors), as these are
  14 already treated in bonded interactions. In addition, there are *dynamic
  15 attributes* of atoms - their positions, velocities and forces. These do
  16 not strictly belong to the molecular topology, and are stored in the
  17 coordinate file :ref:`gro` (positions and velocities), or
  18 trajectory file :ref:`trr` (positions, velocities, forces).
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  20 This chapter describes the setup of the topology file, the :ref:`top` file and
  21 the database files: what the parameters stand for and how/where to
  22 change them if needed. First, all file formats are explained. Section
  23 :ref:`fffiles` describes the organization of the files in each force
  24 field.
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  26 **Note:** if you construct your own topologies, we encourage you to
  27 upload them to our topology archive at our `webpage`_! Just imagine how thankful
  28 you’d have been if your topology had been available there before you
  29 started. The same goes for new force fields or modified versions of the
  30 standard force fields - contribute them to the force field archive!
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  32 .. _homepage: `webpage`_
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  34 .. toctree::
  35    :maxdepth: 2
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  37    topologies/particle-type
  38    topologies/parameter-files
  39    topologies/molecule-definition
  40    topologies/constraint-algorithm-section
  41    topologies/pdb2gmx-input-files
  42    topologies/topology-file-formats
  43    topologies/force-field-organization
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