Update instructions in containers.rst
[gromacs.git] / share / top / amber99sb.ff / aminoacids.arn
blob5da55eabf25023fb4b5f0db378918707db54aa94
1 ; atom renaming specification
2 ; residue   gromacs  forcefield
3   NALA       H               H1
4   NGLY       H               H1
5   NSER       H               H1
6   NTHR       H               H1
7   NLEU       H               H1
8   NILE       H               H1
9   NVAL       H               H1
10   NASN       H               H1
11   NGLN       H               H1
12   NARG       H               H1
13   NHID       H               H1
14   NHIE       H               H1
15   NHIP       H               H1
16   NTRP       H               H1
17   NPHE       H               H1
18   NTYR       H               H1
19   NGLU       H               H1
20   NASP       H               H1
21   NLYS       H               H1
22   NPRO       H               H1
23   NCYS       H               H1
24   NCYX       H               H1
25   NMET       H               H1
26   NGLH       H               H1
27   NASP       H               H1
28 ; This mapping of O->OC2 and OXT->OC1 might look a bit strange,
29 ; but when we rebuild an oxygen it will be placed directly after C, so
30 ; this mapping makes sure OC1 comes before OC2. The oxygens are anyway chemically
31 ; equivalent, and if you already had their coordinates present they will be kept intact.
32   CALA       O               OC2
33   CALA       OXT             OC1
34   CGLY       O               OC2
35   CGLY       OXT             OC1
36   CSER       O               OC2
37   CSER       OXT             OC1
38   CTHR       O               OC2
39   CTHR       OXT             OC1
40   CLEU       O               OC2
41   CLEU       OXT             OC1
42   CILE       O               OC2
43   CILE       OXT             OC1
44   CVAL       O               OC2
45   CVAL       OXT             OC1
46   CASN       O               OC2
47   CASN       OXT             OC1
48   CGLN       O               OC2
49   CGLN       OXT             OC1
50   CARG       O               OC2
51   CARG       OXT             OC1
52   CHID       O               OC2
53   CHID       OXT             OC1
54   CHIE       O               OC2
55   CHIE       OXT             OC1
56   CHIP       O               OC2
57   CHIP       OXT             OC1
58   CTRP       O               OC2
59   CTRP       OXT             OC1
60   CPHE       O               OC2
61   CPHE       OXT             OC1
62   CTYR       O               OC2
63   CTYR       OXT             OC1
64   CGLU       O               OC2
65   CGLU       OXT             OC1
66   CASP       O               OC2
67   CASP       OXT             OC1
68   CLYS       O               OC2
69   CLYS       OXT             OC1
70   CPRO       O               OC2
71   CPRO       OXT             OC1
72   CCYS       O               OC2
73   CCYS       OXT             OC1
74   CCYX       O               OC2
75   CCYX       OXT             OC1
76   CMET       O               OC2
77   CMET       OXT             OC1
78   CGLH       O               OC2
79   CGLH       OXT             OC1
80   CASH       O               OC2
81   CASH       OXT             OC1