share/top/charmm27.ff/aminoacids.c.tdb

   1 [ None ]
   2
   3 [ COO- ]
   4 [ replace ]
   5  C      C       CC              12.011  0.34
   6  O      OT1     OC              15.9994 -0.67
   7  OXT    OT2     OC              15.9994 -0.67
   8 [ add ]
   9  2      8       OT      C       CA      N
  10         OC      15.9994 -0.67   -1
  11 [ impropers ]
  12  C      CA      OT2     OT1
  13
  14
  15 [ COOH ]
  16 [ replace ]
  17  C      C       CD              12.011  0.72
  18  O      OT1     OB              15.9994 -0.55
  19  OXT    OT2     OH              15.9994 -0.61
  20 [ add ]
  21  2      8       OT      C       CA      N
  22         OB      15.9994 -0.55   -1
  23  1      2       HT2     OT2     C       CA
  24         H       1.008   0.44    -1
  25 [ replace ]
  26  OT2    OT2     OH1             15.9994 -0.61
  27 [ impropers ]
  28  C      CA      OT2     OT1
  29
  30
  31 [ CT2 ]
  32 [ replace ]
  33  C              CC              12.011  0.55
  34  O              O               15.9994 -0.55
  35 [ add ]
  36  1      2       NT      C       CA      N
  37         NH2     14.0027 -0.62   -1
  38  2      3       HT      NT      C       CA
  39         H       1.008   0.00    -1
  40 [ replace ]
  41  HT1            H               1.008   0.30    ; this one is trans to O
  42  HT2            H               1.008   0.32    ; this one is cis to O
  43 [ impropers ]
  44  C      NT      CA      O
  45  C      CA      NT      O
  46  NT     C       HT1     HT2
  47  NT     C       HT2     HT1
  48 [ CT3 ]
  49 ; N-Methylamide C-terminus
  50 ;
  51 ;      |
  52 ;      C=O
  53 ;      |
  54 ;      NT-HNT
  55 ;      |
  56 ; HT1-CAT-HT3
  57 ;      |
  58 ;     HT2
  59 ;
  60 [ delete ]
  61 OXT
  62 [ add ]
  63 1      8       NT       C      CA      N
  64         NH1    14.0027  -0.47  -1
  65 1      2       HNT      NT     C       O
  66         H       1.008   0.31   -1
  67 1      8       CAT      NT     C       O
  68         CT3   12.011  -0.11    -1
  69 3      4       HT       CAT    NT      C
  70         HA      1.008   0.09   -1
  71 [ bonds ]
  72 NT    CAT              ; otherwise CAT does not get bonded to other atoms...
  73 [ impropers ]
  74 NT     C       CAT      HNT
  75 C      CA      NT       O
  76 [ cmap ]
  77 -C     N       CA      C        NT