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   1 GROMACS 2016.2 Release Notes
   2 ----------------------------------------
   3
   4 This version was released on February 7, 2016. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since version
   6 2016.1 to fix known issues. It also incorporates all fixes made in
   7 version 5.1.4 and several since.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Add grompp check for equipartition violation risk for decoupled modes
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 When atoms involved in an angle with constrained bonds have very
  15 different masses, there can be very weakly coupled dynamics modes.
  16 Default mdp settings are often not sufficiently accurate to obtain
  17 equipartitioning. This change adds a grompp check for this issue.
  18
  19 Part of :issue:`2071`
  20
  21 Disallow overwriting of dihedral type 9
  22 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  23 It is no longer allowed to repeat blocks of parameter of multiple
  24 lines for dihedrals of type 9. It is also no longer allowed to
  25 override parameters or dihedrals of type 9. Both are too complex
  26 to properly check. It is still allowed to repeat parameters blocks
  27 consisting of a single line.
  28 Repeating a block with the same parameters would lead to incorrect
  29 dihedral potentials and forces.
  30
  31 :issue:`2077`
  32
  33 Fixed flat-bottom position restraints + DD + OpenMP
  34 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  35 A (re)allocation was missing, causing a crash.
  36
  37 :issue:`2095`
  38
  39 Fixed multi-domain reruns
  40 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41 Old code cleanup led multi-domain rerun to crash because it failed to
  42 consider logic separated over two places.
  43
  44 :issue:`2105`
  45
  46 Fixes for mdrun performance issues
  47 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  48
  49 Corrected CUDA sm_60 performance
  50 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  51 The kernel launch now suits the SM size of the GP100 architecture.
  52
  53 Fixes for ``gmx`` tools
  54 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  55
  56 Fixed some FFT handling in cross-corrrelation calculations
  57 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  58 An array of complex number was created as an array of pointers and
  59 then passed to gmx_fft_1d. This does not work.
  60
  61 :issue:`2109`
  62
  63 Fixed gmx rmsf -q -oq
  64 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  65 This led to the PDB file containing B-factors using coordinates based
  66 on those from the -s file, rather than -q file. gmx rmsf -oq was
  67 otherwise fine.
  68
  69 Fixed crash in gmx order
  70 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  71 gmx order used a cumbersome floating point method to compute
  72 a histogram, leading to an index value that could be negative.
  73
  74 :issue:`2104`
  75
  76 Fixed minor trjconv bug
  77 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  78 gmx trjconv -novel -f in.pdb -o out.pdb probably works better now.
  79
  80 Fixed time label print in gmx vanhove
  81 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  82
  83 Handled issuing warnings correctly in xpm2ps and membed
  84 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  85 The code should not (over)write the output file before checking for
  86 errors. For membed, it is useful to require the user to fix issues in
  87 their input file before we unilaterally over-write it.
  88
  89 Corrected documentation about eigenvalue handling
  90 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  91 Some file format docs were out of step with the implementation in
  92 eigio.cpp.
  93
  94 The behaviour of gmx anaeig -eig -eig2 was not properly documented.
  95
  96 Made editconf B-factor attachment more useful in practice
  97 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  98 B-factor values will be added to residues unless an index is larger
  99 than the number of residues or an option is specified. Protein residue
 100 indices can start from any number and, in case they start from a large
 101 number, there is no way to add B-factor values to residues.
 102
 103 This patch changes it to add B-factor values to residues unless the
 104 number of B-factor values is larger than the number of residues.
 105
 106 Fixed possible memory error with long selections
 107 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 108 If a selection was more than 1000 characters long and there was a
 109 whitespace exactly at the 1000 point, a buffer overflow could occur.
 110 Replaced the buffer with std::string, simplifying the code
 111 significantly.
 112
 113 :issue:`2086`
 114
 115 Fixed use of position variables with plus/merge
 116 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 117 If a selection contained a position variable (e.g., 'com of ...') that
 118 was used more than once, and at least one of those uses was with
 119 plus/merge, there were out-of-bounds memory writes.  This was caused by
 120 the internal position structure not getting fully initialized.
 121 Incomplete initialization happens in all contexts with such variables,
 122 but only plus/merge (and possibly permute) actually use the values that
 123 remained uninitialized, which caused them to incorrectly compute the
 124 amount of memory required to store the result.
 125
 126 :issue:`2086`
 127
 128 Improved documentation
 129 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 130
 131 Made several minor improvements to documentation and messages to users
 132 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 133 In particular, for selections:
 134
 135 - Explained resindex and resnr keywords in selection help.
 136 - Explained how selection-enabled tools treat -s and -f input files.
 137
 138 :issue:`2083`
 139
 140 Clarified use of tau-p and pcoupltype
 141 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 142 grompp used to permit the erroneous "tau-p = 5 5". This does not
 143 reflect that only one time constant is permitted for pressure coupling
 144 (unlike group-based temperature coupling). The recent fix for
 145 :issue:`1893` leads to the user receiving a grompp warning, so this
 146 improves the docs to make clear that pressure coupling is different.
 147
 148 :issue:`1893`
 149
 150 Portability enhancements
 151 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 152
 153 Fixed x86 conditional on IBM s390x
 154 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 155 The CpuInfoTest.SupportLevel test fails on IBM s390x because wrong
 156 condition was used.
 157
 158 Fixes: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1390149
 159
 160 :issue:`2072`
 161
 162 Build system enhancements
 163 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 164
 165 Fixed compilation with CMAKE_CXX_FLAGS="-Wall -Werror"
 166 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 167 :issue:`2073`
 168
 169 Stopped trying to use objdump --reloc in the build system on Mac
 170 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 171 Recent Xcode objdump does not support --reloc.
 172
 173 The warning that is based on the output of running objdump was only
 174 implemented to work on Linux-like things, so should not spam the cmake
 175 output on other platforms.
 176
 177 Improved the support for plugin loading in the build system
 178 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 179 The mdrun-only and prefer-static-libs builds set the default for
 180 BUILD_SHARED_LIBS to off, which silently disabled plugin support
 181 for things like VMD-based I/O handling.
 182
 183 Converted GMX_LOAD_PLUGINS to tri-state ON/OFF/AUTO so that if the
 184 preconditions for support are not met we can have suitable behaviour
 185 in each case.
 186
 187 :issue:`2082`
 188
 189 Turn off hwloc support when static lib found
 190 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 191 Hwloc dependencies are not resolved at CMake time when static
 192 libwloc.a is detected and in most of these cases link-time
 193 errors will prevent building GROMACS. As it is hard for a user to know
 194 how to solve such cryptic errors and hwloc is not a required dependency,
 195 we turn off hwloc support when a static lib is detected. The user can
 196 override this on the cmake command line.
 197
 198 :issue:`1919`
 199
 200 Fixed build with GMX_EXTERNAL_TNG=ON
 201 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 202
 203 House-keeping that reduces users' problems
 204 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 205
 206 Mdrun prints invalid performance data less often
 207 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 208 If mdrun finished before a scheduled reset of the timing information
 209 (e.g. from mdrun -resetstep or mdrun -resethway), then misleading
 210 timing information should not be reported.
 211
 212 Related, the default reset step for gmx tune_pme was increased to 1500.
 213
 214 :issue:`2041`
 215
 216 Added a runtime check for number of threads in bonded code
 217 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 218 Replaced a debug assertion on the number of OpenMP threads not being
 219 larger than GMX_OPENMP_MAX_THREADS by fatal error.
 220 But since the listed-forces reduction is actually not required with
 221 listed forces, these are now conditional and mdrun can run with more
 222 than GMX_OPENMP_MAX_THREADS threads.
 223
 224 :issue:`2085`
 225
 226 Fixed integer narrowing in TNG reading for long trajectories
 227 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 228 Reading of TNG trajectories with sufficiently large numbers of frames
 229 could truncate integers used for frame numbers. Fixed to use 64-bit
 230 integers as originally intended.
 231
 232 Fixed logic of TRR reading
 233 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 234 When reading a trr file, reaching the end of the file was
 235 indistinguishable from a reading error or a magic-number error. This
 236 is now fixed, restoring the intended behaviour in each case.
 237
 238 :issue:`1926`