docs/release-notes/2016/2016.5.rst

   1 GROMACS 2016.5 Release Notes
   2 ----------------------------
   3
   4 This version was released on February 16, 2018. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since version
   6 2016.4 to fix known issues. It also incorporates all fixes made in
   7 version 5.1.5 (which was the last planned release in that series).
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Fixed triclinic domain decomposition bug
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 With triclinic unit-cells with vectors a,b,c, the domain decomposition
  15 would communicate an incorrect halo along dimension x when b[x]!=0
  16 and vector c not parallel to the z-axis. The halo cut-off bound plane
  17 was tilted incorrect along x/z with an error approximately
  18 proportional to b[x]*(c[x] - b[x]*c[y]/b[y]).
  19 When c[x] > b[x]*c[y]/b[y], the communicated halo was too small, which
  20 could cause instabilities or silent errors.
  21 When c[x] < b[x]*c[y]/b[y], the communicated halo was too large, which
  22 could cause some communication overhead.
  23
  24 :issue:`2125`
  25
  26 Required -ntmpi with setting -ntomp with GPUs
  27 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  28 With GPUs and thread-MPI, setting only ``-ntomp`` could lead to
  29 oversubscription of the hardware threads.
  30 Now with GPUs and thread-MPI the user is required to set ``-ntmpi`` when
  31 using ``-ntomp``. Here we chose that to also require ``-ntmpi`` when the user
  32 specified both ``-nt`` and ``-ntomp``; here we could infer the number of
  33 ranks, but it's safer to ask the user to explicity set ``-ntmpi``.
  34 Note that specifying both ``-ntmpi`` and ``-nt`` has always worked correctly.
  35
  36 :issue:`2348`
  37
  38 Prevented dynamic load balancing activating immediately after exchange
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40 Turning on DLB right after exchanging replicas caused an assertion
  41 failure and is also useless.
  42
  43 :issue:`2298`
  44
  45 Avoided confusing message at end of non-dynamical runs
  46 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  47 EM, TPI, NM, etc. are not targets for performance optimization
  48 so we will not write performance reports. This commit fixes
  49 and oversight whereby we would warn a user when the lack of
  50 performance report is normal and expected.
  51
  52 :issue:`2172`
  53
  54 Changed to issue fewer messages when ``-cpi`` checkpoint file is not present
  55 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  56 Removed duplicated message.
  57
  58 :issue:`2173`
  59
  60 Disallowed combination of PME-user and Verlet cutoff
  61 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  62 :issue:`2332`
  63
  64 Added missing Ewald correction for pme-user
  65 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  66 With ``coulomb-type = pme-user``, the Ewald mesh energy was not subtracted
  67 leading to (very) incorrect Coulomb energies and forces.
  68
  69 :issue:`2286`
  70
  71 Fixed thread-MPI rank choice for orientation restraints
  72 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  73 Only a single rank is supported, so that must be what the thread-MPI
  74 code will choose. There's another check later on that catches the
  75 multi-rank MPI case.
  76
  77 Fixed nstlist increase warning print
  78 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  79 The log file warning message had a buggy conditional which this commit
  80 fixes.
  81
  82 Removed incorrect comment for CHARMM tips3p
  83 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  84
  85 Fixed incorrect dV/dlambda for walls
  86 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  87 The free-energy derivative dV/dlambda for walls, which can
  88 be perturbed by changing atom types of non-wall atoms, only
  89 contained the B-state contribution.
  90
  91 :issue:`2267`
  92
  93 Fixed warning for confout with periodic molecules
  94 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  95 With periodic molecules, ``gmx mdrun`` would incorrectly attempt to make
  96 molecules whole for writing the final state to confout.
  97
  98 :issue:`2275`
  99
 100 Fixed wrong megaflop accounting
 101 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 102 Some nrnb index entries were missing in the interaction_function
 103 array, leading to that wrong megaflops accounting printed.
 104
 105 :issue:`2274`
 106
 107 Fixes for ``gmx`` tools
 108 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 109
 110 Fixed ``gmx grompp`` net charge check
 111 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 112 The grompp check for the net charge would ignore molecule blocks
 113 at the end when molecule types are used in multiple, non consecutive
 114 molecule blocks.
 115
 116 :issue:`2407`
 117
 118 Extended ``gmx grompp`` missing energy term message
 119 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 120 :issue:`2301`
 121
 122 Fixed ``gmx genion`` charge summation accuracy
 123 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 124 ``gmx genion`` accumulated the charge is a float, which could cause
 125 underestimation of the net charge for highly charged systems.
 126
 127 :issue:`2290`
 128
 129 Fixed ``gmx check`` for tprs with different #atoms
 130 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 131 :issue:`2279`
 132
 133 Fixed ``gmx grompp`` with Andersen massive and no COM removal
 134 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 135 Fixed a floating point exception leading to a crash.
 136 Also fixed possible different rounding for the interval for
 137 Andersen massive in ``gmx grompp`` from ``gmx mdrun`` for
 138 the common case where ``tau_t`` is a multiple of ``delta_t``.
 139
 140 :issue:`2256`
 141
 142 Improved documentation
 143 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 144
 145 Updated documention of Nose-Hoover output
 146 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 147 The documentation of Nose-Hoover chain variable printing was
 148 (long) outdated.
 149
 150 :issue:`2301`
 151
 152 Clarified docs for Fmax in EM
 153 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""