Removed non-existent program and redundant information to clean up manual
[gromacs.git] / share / tutor / methanol / grompp.mdp
blob2ddab3e23f99f00ca5dc76f98f5f71799674a1c4
2 ;       File 'mdout.mdp' was generated
3 ;       By user: spoel (291)
4 ;       On host: chagall
5 ;       At date: Mon Dec 15 13:52:23 2003
8 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
9 title                    = Yo
10 cpp                      = /usr/bin/cpp
11 include                  = 
12 define                   = 
14 ; RUN CONTROL PARAMETERS
15 integrator               = md
16 ; Start time and timestep in ps
17 tinit                    = 0
18 dt                       = 0.002
19 nsteps                   = 10000
20 ; For exact run continuation or redoing part of a run
21 init_step                = 0
22 ; mode for center of mass motion removal
23 comm-mode                = Linear
24 ; number of steps for center of mass motion removal
25 nstcomm                  = 1
26 ; group(s) for center of mass motion removal
27 comm-grps                = 
29 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
30 ; Temperature, friction coefficient (amu/ps) and random seed
31 bd-temp                  = 300
32 bd-fric                  = 0
33 ld-seed                  = 1993
35 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
36 ; Force tolerance and initial step-size
37 emtol                    = 100
38 emstep                   = 0.01
39 ; Max number of iterations in relax_shells
40 niter                    = 20
41 ; Step size (1/ps^2) for minimization of flexible constraints
42 fcstep                   = 0
43 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
44 nstcgsteep               = 1000
45 nbfgscorr                = 10
47 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
48 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
49 nstxout                  = 0
50 nstvout                  = 0
51 nstfout                  = 0
52 ; Checkpointing helps you continue after crashes
53 nstcheckpoint            = 1000
54 ; Output frequency for energies to log file and energy file
55 nstlog                   = 50
56 nstenergy                = 50
57 ; Output frequency and precision for xtc file
58 nstxtcout                = 50
59 xtc-precision            = 1000
60 ; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can
61 ; select multiple groups. By default all atoms will be written.
62 xtc-grps                 = 
63 ; Selection of energy groups
64 energygrps               = 
66 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
67 ; nblist update frequency
68 nstlist                  = 5
69 ; ns algorithm (simple or grid)
70 ns_type                  = grid
71 ; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)
72 ; or full (infinite systems only)
73 pbc                      = xyz
74 ; nblist cut-off        
75 rlist                    = 0.9
76 domain-decomposition     = no
78 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
79 ; Method for doing electrostatics
80 coulombtype              = Cut-off
81 rcoulomb-switch          = 0
82 rcoulomb                 = 0.9
83 ; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field
84 epsilon-r                = 1
85 ; Method for doing Van der Waals
86 vdw-type                 = Cut-off
87 ; cut-off lengths       
88 rvdw-switch              = 0
89 rvdw                     = 0.9
90 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
91 DispCorr                 = EnerPres
92 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
93 table-extension          = 1
94 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
95 fourierspacing           = 0.12
96 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
97 fourier_nx               = 0
98 fourier_ny               = 0
99 fourier_nz               = 0
100 ; EWALD/PME/PPPM parameters
101 pme_order                = 4
102 ewald_rtol               = 1e-05
103 ewald_geometry           = 3d
104 epsilon_surface          = 0
105 optimize_fft             = no
107 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
108 ; Algorithm for calculating Born radii
109 gb_algorithm             = Still
110 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
111 nstgbradii               = 1
112 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
113 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
114 rgbradii                 = 2
115 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
116 gb_saltconc              = 0
118 ; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)
119 implicit_solvent         = No
121 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
122 ; Temperature coupling  
123 Tcoupl                   = berendsen
124 ; Groups to couple separately
125 tc-grps                  = System
126 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
127 tau_t                    = 0.1
128 ref_t                    = 300
129 ; Pressure coupling     
130 Pcoupl                   = berendsen
131 Pcoupltype               = isotropic
132 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
133 tau_p                    = 1.0
134 compressibility          = 4.5e-5
135 ref_p                    = 1.0
136 ; Random seed for Andersen thermostat
137 andersen_seed            = 815131
139 ; SIMULATED ANNEALING  
140 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
141 annealing                = no
142 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
143 annealing_npoints        = 
144 ; List of times at the annealing points for each group
145 annealing_time           = 
146 ; Temp. at each annealing point, for each group.
147 annealing_temp           = 
149 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
150 gen_vel                  = yes
151 gen_temp                 = 300
152 gen_seed                 = 1993
154 ; OPTIONS FOR BONDS    
155 constraints              = all-bonds
156 ; Type of constraint algorithm
157 constraint-algorithm     = Lincs
158 ; Do not constrain the start configuration
159 unconstrained-start      = no
160 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
161 Shake-SOR                = no
162 ; Relative tolerance of shake
163 shake-tol                = 1e-04
164 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
165 lincs-order              = 4
166 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
167 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
168 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
169 lincs-iter               = 1
170 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
171 ; rotates over more degrees than
172 lincs-warnangle          = 30
173 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
174 morse                    = no
176 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
177 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
178 energygrp_excl           = 
180 ; NMR refinement stuff 
181 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
182 disre                    = No
183 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
184 disre-weighting          = Conservative
185 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
186 disre-mixed              = no
187 disre-fc                 = 1000
188 disre-tau                = 0
189 ; Output frequency for pair distances to energy file
190 nstdisreout              = 100
191 ; Orientation restraints: No or Yes
192 orire                    = no
193 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
194 orire-fc                 = 0
195 orire-tau                = 0
196 orire-fitgrp             = 
197 ; Output frequency for trace(SD) to energy file
198 nstorireout              = 100
199 ; Dihedral angle restraints: No, Simple or Ensemble
200 dihre                    = No
201 dihre-fc                 = 1000
202 dihre-tau                = 0
203 ; Output frequency for dihedral values to energy file
204 nstdihreout              = 100
206 ; Free energy control stuff
207 free-energy              = no
208 init-lambda              = 0
209 delta-lambda             = 0
210 sc-alpha                 = 0
211 sc-sigma                 = 0.3
213 ; Non-equilibrium MD stuff
214 acc-grps                 = 
215 accelerate               = 
216 freezegrps               = 
217 freezedim                = 
218 cos-acceleration         = 0
220 ; Electric fields      
221 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)
222 ; and a phase angle (real)
223 E-x                      = 
224 E-xt                     = 
225 E-y                      = 
226 E-yt                     = 
227 E-z                      = 
228 E-zt                     = 
230 ; User defined thingies
231 user1-grps               = 
232 user2-grps               = 
233 userint1                 = 0
234 userint2                 = 0
235 userint3                 = 0
236 userint4                 = 0
237 userreal1                = 0
238 userreal2                = 0
239 userreal3                = 0
240 userreal4                = 0