src/contrib/scripts/ffambernb.itp

   1 ; Amber forcefield converted to Gromacs
   2 ; from file /usr/slocal/amber6/dat/parm98.dat
   3 ;
   4 ; PARM94 for DNA, RNA and proteins with TIP3P Water. USE SCEE=1.2 in energy progs
   5 ;
   6
   7 ; H-bond params not implemented
   8 ; NOTE: all H-bond (10-12) parameters are Zero
   9
  10 ; LJ 6-12 equivalent atom symbols
  11 ;  N   NA  N2  N*  NC  NB  N3  NP  NO (9)
  12 ;  C   C*  CA  CB  CC  CN  CM  CK  CQ  CW  CV  CR  CA  CX  CY  CD (16)
  13
  14 ; Define LJ 6-12 parameter types:
  15 #define alj_H        0.06  0.0657328
  16 #define alj_HO          0          0
  17 #define alj_HS       0.06  0.0657328
  18 #define alj_HC     0.1487  0.0657328
  19 #define alj_H1     0.1387  0.0657328
  20 #define alj_H2     0.1287  0.0657328
  21 #define alj_H3     0.1187  0.0657328
  22 #define alj_HP       0.11  0.0657328
  23 #define alj_HA     0.1459   0.062802
  24 #define alj_H4     0.1409   0.062802
  25 #define alj_H5     0.1359   0.062802
  26 #define alj_HW          0          0
  27 #define alj_O     0.16612   0.879228
  28 #define alj_O2    0.16612   0.879228
  29 #define alj_OW    0.17683   0.636394
  30 #define alj_OH     0.1721   0.880903
  31 #define alj_OS    0.16837   0.711756
  32 #define alj_CT     0.1908   0.458036
  33 #define alj_CA     0.1908   0.360065
  34 #define alj_CM     0.1908   0.360065
  35 #define alj_C      0.1908   0.360065
  36 #define alj_N      0.1824   0.711756
  37 #define alj_S         0.2     1.0467
  38 #define alj_SH        0.2     1.0467
  39 #define alj_P        0.21    0.83736
  40 #define alj_IM      0.247    0.41868
  41 #define alj_Li     0.1137  0.0766184
  42 #define alj_IP     0.1868  0.0115974
  43 #define alj_K      0.2658 0.00137327
  44 #define alj_Rb     0.2956 0.000711756
  45 #define alj_Cs     0.3395 0.000337456
  46 #define alj_I       0.235    1.67472
  47 #define alj_F       0.175   0.255395
  48 #define alj_IB        0.5    0.41868
  49
  50 [ atomtypes ]
  51 ;name      mass    q tp sigma/epsilon
  52   BR       79.9    0  A alj_BR  ; bromine
  53   C       12.01    0  A alj_C   ; sp2 C carbonyl group
  54   CA      12.01    0  A alj_C   ; sp2 C pure aromatic (benzene)
  55   CB      12.01    0  A alj_C   ; sp2 aromatic C, 5&6 membered ring junction
  56   CC      12.01    0  A alj_C   ; sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS
  57   CK      12.01    0  A alj_C   ; sp2 C 5 memb.ring in purines
  58   CM      12.01    0  A alj_C   ; sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6
  59   CN      12.01    0  A alj_C   ; sp2 C aromatic 5&6 memb.ring junct.(TRP)
  60   CQ      12.01    0  A alj_C   ; sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N
  61   CR      12.01    0  A alj_C   ; sp2 arom as CQ but in HIS
  62   CT      12.01    0  A alj_CT  ; sp3 aliphatic C
  63   CV      12.01    0  A alj_C   ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS)
  64   CW      12.01    0  A alj_C   ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS)
  65   C*      12.01    0  A alj_C   ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 subst. (TRP)
  66   C0      40.08    0  A alj_C0  ; calcium
  67   F          19    0  A alj_F   ; fluorine
  68   H       1.008    0  A alj_H   ; H bonded to nitrogen atoms
  69   HC      1.008    0  A alj_HC  ; H aliph. bond. to C without electrwd.group
  70   H1      1.008    0  A alj_H1  ; H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
  71   H2      1.008    0  A alj_H2  ; H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
  72   H3      1.008    0  A alj_H3  ; H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
  73   HA      1.008    0  A alj_HA  ; H arom. bond. to C without elctrwd. groups
  74   H4      1.008    0  A alj_H4  ; H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
  75   H5      1.008    0  A alj_H5  ; H arom. bond. to C with 2 electrwd. groups
  76   HO      1.008    0  A alj_HO  ; hydroxyl group
  77   HS      1.008    0  A alj_HS  ; hydrogen bonded to sulphur
  78   HW      1.008    0  A alj_HW  ; H in TIP3P water
  79   HP      1.008    0  A alj_HP  ; H bonded to C next to positively charged gr
  80   I       126.9    0  A alj_I   ; iodine
  81   IM      35.45    0  A alj_IM  ; assumed to be Cl-
  82   IP      22.99    0  A alj_IP  ; assumed to be Na+
  83   IB        131    0  A alj_IB  ; 'big ion w/ waters' for vacuum (Na+, 6H2O)
  84   MG     24.305    0  A alj_MG  ; magnesium
  85   N       14.01    0  A alj_N   ; sp2 nitrogen in amide groups
  86   NA      14.01    0  A alj_N   ; sp2 N in 5 memb.ring w/H atom (HIS)
  87   NB      14.01    0  A alj_N   ; sp2 N in 5 memb.ring w/LP (HIS,ADE,GUA)
  88   NC      14.01    0  A alj_N   ; sp2 N in 6 memb.ring w/LP (ADE,GUA)
  89   N2      14.01    0  A alj_N   ; sp2 N in amino groups
  90   N3      14.01    0  A alj_N   ; sp3 N for charged amino groups (Lys, etc)
  91   N*      14.01    0  A alj_N   ; sp2 N
  92   O          16    0  A alj_O   ; carbonyl group oxygen
  93   OW         16    0  A alj_OW  ; oxygen in TIP3P water
  94   OH         16    0  A alj_OH  ; oxygen in hydroxyl group
  95   OS         16    0  A alj_OS  ; ether and ester oxygen
  96   O2         16    0  A alj_O2  ; carboxyl and phosphate group oxygen
  97   P       30.97    0  A alj_P   ; phosphate
  98   S       32.06    0  A alj_S   ; sulphur in disulfide linkage
  99   SH      32.06    0  A alj_SH  ; sulphur in cystine
 100   CU      63.55    0  A alj_CU  ; copper
 101   FE         55    0  A alj_FE  ; iron
 102   Li       6.94    0  A alj_Li  ; lithium
 103   K        39.1    0  A alj_K   ; potassium
 104   Rb      85.47    0  A alj_Rb  ; rubidium
 105   Cs     132.91    0  A alj_Cs  ; cesium
 106
 107 ; Found:
 108 ; # atoms:           54
 109 ; # H-bonds (10-12): 1
 110 ; # equivalent 6-12: 2
 111 ; # LJ (6-12):       34