CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   5 # David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6 # others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7 # directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34 #
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
  36 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
  37 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
  38
  39 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
  40 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
  41 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
  42
  43 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
  44 if(APPLE)
  45     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
  46 endif(APPLE)
  47
  48 project(Gromacs C)
  49 include(Dart)
  50 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  51
  52 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  53 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  54 #
  55 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  56 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  57 # machine with no git.
  58 #
  59 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  60 set(PROJECT_VERSION "4.6-beta1")
  61 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  62     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  63 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  64 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  65     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  66 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  67 set(SOVERSION 6)
  68 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  69 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  70 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  71 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  72
  73 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  74 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  75 math(EXPR NUM_VERSION
  76     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  77 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  78     math(EXPR NUM_VERSION
  79          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  80 endif()
  81
  82 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  83 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  84 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  85 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  86 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  87 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  88
  89 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  90 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  91
  92 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  93 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  94 endif()
  95
  96 include(gmxBuildTypeReference)
  97
  98 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  99     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
 100 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 101
 102 enable_language(C)
 103
 104 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
 105 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 106
 107 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
 108 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
 109 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
 110 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 111     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
 112 endif()
 113 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
 114 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
 115 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
 116 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
 117 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
 118 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 119 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
 120 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 121
 122 #must come after all cpack settings!
 123 include(CPack)
 124
 125 ########################################################################
 126 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 127 ########################################################################
 128 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 129     execute_process(COMMAND hostname
 130                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 131                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 132     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 133         message(WARNING "
 134             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 135             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 136             recommended to regenerate the cache!")
 137     endif()
 138     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 139             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 140 endif()
 141
 142 ########################################################################
 143 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 144 ########################################################################
 145
 146 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 147 include(gmxManageGPU)
 148
 149 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 150 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 151 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 152
 153 if(GMX_GPU OR GMX_OPENMM OR GMX_FORCE_CXX)
 154     enable_language(CXX)
 155 endif()
 156 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 157
 158 ########################################################################
 159 # Fix stupid flags on Windows
 160 ########################################################################
 161 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 162 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 163   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 164     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 165     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 166     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 167   else()
 168     add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 169   endif()
 170
 171   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 172     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 173     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 174     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 175     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 176     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 177     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 178         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 179         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 180         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 181         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 182     endif()
 183   ENDIF()
 184
 185   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 186   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 187     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 188     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 189   ENDIF()
 190   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 191     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 192     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 193     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 194
 195     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 196     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 197   ENDIF()
 198 ENDIF()
 199
 200
 201 ########################################################################
 202 # User input options                                                   #
 203 ########################################################################
 204 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 205 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 206 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 207 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 208 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 209 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 210 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 211 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 212 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 213
 214 include(gmxDetectAcceleration)
 215 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 216     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 217         set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 218     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 219         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 220     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 221 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 222
 223 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 224     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene, Power6, Fortran")
 225
 226 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 227     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 228 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 229 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 230 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 231        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 232 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 233 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 234     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 235 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 236 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 237 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 238 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 239 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 240 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 241
 242 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 243
 244 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 245 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 246
 247 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 248
 249 if(UNIX)
 250     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 251     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 252 endif()
 253
 254 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 255 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 256
 257 ######################################################################
 258 # Compiler tests
 259 # These need to be done early (before further tests).
 260 #####################################################################
 261
 262 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 263 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 264 # invalid options with the Intel Compilers.
 265 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 266 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 267 include(CheckCCompilerFlag)
 268 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 269     include(CheckCXXCompilerFlag)
 270 endif()
 271
 272 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 273 if(GMX_OPENMP)
 274     find_package(OpenMP)
 275     if(OPENMP_FOUND)
 276         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 277         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 278         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 279             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 280                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 281                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 282             else()
 283                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 284                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 285                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 286                 endif()
 287                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 288                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 289                 endif()
 290             endif()
 291         endif()
 292     else(OPENMP_FOUND)
 293         message(WARNING
 294                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 295         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 296     endif(OPENMP_FOUND)
 297 endif()
 298
 299
 300 include(gmxCFlags)
 301 gmx_c_flags()
 302
 303 include(gmxGetCompilerInfo)
 304 get_compiler_version()
 305
 306 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 307 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 308 # on the affected files.
 309 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 310 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 311
 312 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 313 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 314 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 315 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 316 #
 317 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 318 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 319 include(gmxDetectClang30)
 320 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 321 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 322     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 323 endif()
 324
 325 ########################################################################
 326 # Set up binary and library suffixing
 327 ########################################################################
 328 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 329 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 330   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 331 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 332   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 333   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 334   if (GMX_MPI)
 335     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 336     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 337   endif(GMX_MPI)
 338   if (GMX_DOUBLE)
 339     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 340     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 341   endif(GMX_DOUBLE)
 342   if (GMX_OPENMM)
 343     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 344     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 345   endif(GMX_OPENMM)
 346   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 347   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 348     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 349     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 350   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 351 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 352   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 353   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 354     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 355     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 356   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 357 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 358 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 359
 360 set(PKG_CFLAGS "")
 361 if(GMX_DOUBLE)
 362     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 363 endif(GMX_DOUBLE)
 364 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 365   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 366 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 367 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 368   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 369 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 370
 371 ########################################################################
 372 #Process MPI settings
 373 ########################################################################
 374 include(gmxManageMPI)
 375
 376 #######################################################################
 377 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 378 #######################################################################
 379 if(GMX_OPENMM)
 380     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 381     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 382     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 383         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 384         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 385                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 386     endif()
 387     if(GMX_MPI)
 388         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 389     endif(GMX_MPI)
 390     if(GMX_THREAD_MPI)
 391         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 392         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 393                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 394     endif(GMX_THREAD_MPI)
 395     if(GMX_OPENMP)
 396         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 397         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 398             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 399     endif()
 400     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 401         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 402                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 403     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 404     string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 405     if(NOT GMX_CPU_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 406         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 407         set(GMX_CPU_ACCELERATION "None" CACHE STRING
 408             "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 409     endif()
 410     if(GMX_FAHCORE)
 411         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 412     endif(GMX_FAHCORE)
 413     if(GMX_DOUBLE)
 414         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 415     endif()
 416     # mark as advanced the unused variables
 417     mark_as_advanced(FORCE GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 418         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 419 else(GMX_OPENMM)
 420      mark_as_advanced(CLEAR GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 421         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 422 endif(GMX_OPENMM)
 423
 424
 425 ########################################################################
 426 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 427 ########################################################################
 428 include(CheckIncludeFiles)
 429 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 430 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 431 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 432 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 433 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 434 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 435 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 436 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 437 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 438 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 439 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 440 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 441 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 442 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 443 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 444 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 445 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 446 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 447 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 448 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 449
 450 include(CheckFunctionExists)
 451 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 452 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 453 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 454 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 455 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 456 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 457 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 458 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 459 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 460 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 461 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 462 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 463 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 464 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 465 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 466 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 467 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 468 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 469 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 470 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 471 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 472
 473 include(CheckLibraryExists)
 474 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 475 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 476
 477
 478 include(CheckTypeSize)
 479
 480 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 481 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 482 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 483 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 484 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 485 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 486
 487 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 488     set(GMX_64_BIT TRUE)
 489 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 490     set(GMX_64_BIT FALSE)
 491 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 492
 493 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 494 check_type_size(uid_t uid_t)
 495 if(NOT uid_t)
 496   set(uid_t int)
 497 else(NOT uid_t)
 498   set(uid_t 0)
 499 endif(NOT uid_t)
 500
 501 check_type_size(gid_t gid_t)
 502 if(NOT gid_t)
 503   set(gid_t 1)
 504 else(NOT gid_t)
 505   set(gid_t 0)
 506 endif(NOT gid_t)
 507
 508 check_type_size(size_t size_t)
 509 if(NOT size_t)
 510   set(size_t int)
 511 else(NOT size_t)
 512   set(size_t 0)
 513 endif(NOT size_t)
 514
 515 check_type_size(off_t off_t)
 516 if(NOT off_t)
 517   set(off_t int)
 518 else(NOT off_t)
 519   set(off_t 0)
 520 endif(NOT off_t)
 521
 522 include(TestBigEndian)
 523 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 524
 525
 526
 527
 528 ########################################################################
 529 # Find external packages                                               #
 530 ########################################################################
 531 if(UNIX)
 532     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 533         # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 534         # be used, so we'll add both to the preference list.
 535         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 536         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 537             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 538                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 539             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 540                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 541                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 542             endif()
 543         endif()
 544     endif()
 545 endif()
 546 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 547
 548 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 549 if (GMX_GSL)
 550   find_package(gsl)
 551   set(PKG_GSL "")
 552   if(GSL_FOUND)
 553     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 554     set(PKG_GSL gsl)
 555     set(HAVE_LIBGSL 1)
 556   endif(GSL_FOUND)
 557 endif (GMX_GSL)
 558
 559 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 560 if (GMX_X11)
 561         find_package(X11)
 562         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 563         if(X11_FOUND)
 564         set(HAVE_X11 1)
 565         endif(X11_FOUND)
 566 endif(GMX_X11)
 567
 568 include(ThreadMPI)
 569 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 570 if(GMX_THREAD_MPI)
 571     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 572     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 573     set(GMX_MPI 1)
 574 else(GMX_THREAD_MPI)
 575     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC NOMPI)
 576 endif(GMX_THREAD_MPI)
 577
 578 if(GMX_OPENMM)
 579     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 580     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 581     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 582     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 583         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 584     endif()
 585     find_package(OpenMM)
 586 endif(GMX_OPENMM)
 587
 588 if(GMX_GPU)
 589     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 590     gmx_gpu_setup()
 591 endif(GMX_GPU)
 592
 593 if(APPLE)
 594    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 595    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 596 endif(APPLE)
 597
 598 if(CYGWIN)
 599     set(GMX_CYGWIN 1)
 600 endif(CYGWIN)
 601
 602 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 603     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 604 endif()
 605
 606 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 607 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 608     if(USE_VERSION_H)
 609         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 610         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 611         find_package(Git)
 612
 613         # Find out the git version
 614         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 615           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 616             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 617             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 618           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 619           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 620           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 621         endif()
 622
 623         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 624           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 625           set(USE_VERSION_H OFF)
 626         endif()
 627     endif()
 628 else()
 629     set(USE_VERSION_H OFF)
 630 endif()
 631
 632 ########################################################################
 633 # Generate development version info for cache
 634 ########################################################################
 635 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 636 # include(gmxGenerateVersionString)
 637
 638 ########################################################################
 639 # Our own GROMACS tests
 640 ########################################################################
 641
 642 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 643 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 644 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 645 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 646
 647 include(gmxTestInlineASM)
 648 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 649
 650 include(gmxSetBuildInformation)
 651 gmx_set_build_information()
 652 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 653     # The timestep counter headers do not include config.h
 654     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 655 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 656
 657 include(gmxTestFloatFormat)
 658 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 659                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 660                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 661
 662 include(gmxTestLargeFiles)
 663 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 664
 665 include(gmxTestSignal)
 666 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 667
 668 include(gmxTestInline)
 669 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 670
 671 include(gmxTestRestrict)
 672 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 673
 674 include(gmxTestPipes)
 675 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 676
 677 include(gmxTestIsfinite)
 678 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 679 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 680 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 681
 682 include(gmxTestXDR)
 683 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 684 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 685     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 686     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 687 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 688
 689 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 690 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} ${GMX_CPU_ACCELERATION})
 691 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 692     # nothing to do
 693 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 694
 695     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 696     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 697         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 698     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 699
 700     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 701         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 702         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 703             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 704         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 705     endif()
 706
 707     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 708
 709     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 710     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 711
 712     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 713         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 714     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 715
 716     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 717     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 718     set(GMX_X86_SSE2 1)
 719     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 720       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 721     endif()
 722
 723 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 724
 725     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 726     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 727         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 728     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 729     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 730         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 731         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 732         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 733         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 734     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 735
 736     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 737         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 738         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 739             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 740         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 741         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 742             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 743             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 744             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 745             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 746         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 747     endif()
 748
 749     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 750     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 751
 752     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 753         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 754     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 755
 756     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 757     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 758     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 759     set(GMX_X86_SSE2   1)
 760     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 761       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 762     endif()
 763
 764 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 765
 766     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 767
 768     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 769     if (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 770         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 771     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 772     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 773         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 774     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 775
 776     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 777         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 778         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 779             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 780         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 781         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 782             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 783         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 784     endif()
 785
 786     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 787     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 788         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" GROMACS_C_FLAGS)
 789         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 790             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 791         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 792         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" GROMACS_C_FLAGS)
 793         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 794         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 795             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" GROMACS_CXX_FLAGS)
 796             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 797                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 798             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 799             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" GROMACS_CXX_FLAGS)
 800             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 801         endif()
 802     endif()
 803
 804     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 805     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 806
 807     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 808         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 809     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 810
 811     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 812         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 813             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 814             COMPILE_DEFINITIONS "${GROMACS_C_FLAGS}")
 815         if(NOT TEST_AVX)
 816             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 817         endif()
 818     endif()
 819
 820     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 821     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 822     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 823
 824     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 825     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 826     set(GMX_X86_SSE2   1)
 827
 828     # But just enable one of the choices internally...
 829     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 830         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 831         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 832         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 833           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 834         endif()
 835     else()
 836         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 837         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 838         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 839         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 840           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 841         endif()
 842     endif()
 843
 844 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 845
 846 #    Fortran is temporarily disabled while we push in nbNxN kernels.
 847 #    We need to fake it a bit here to avoid jenkins build errors!
 848 #    add_definitions(-DGMX_FORTRAN)
 849
 850 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 851 # GMX_CPU_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 852     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 853       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 854     endif()
 855     set(GMX_BLUEGENE 1)
 856     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 857         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 858         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 859     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 860     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 861     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 862     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 863     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 864     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 865 # Access to /etc/passwd is not available on the back end of BlueGene,
 866 # despite being detected by CMake. This can cause linker warnings
 867 # about harmless things in src/gmxlib/string2.h.
 868     set(HAVE_PWD_H OFF)
 869 # The automatic testing for endianness does not work for the BlueGene cross-compiler
 870     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP byte order (by default)" FORCE)
 871     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP word order (by default)" FORCE)
 872 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 873     set(GMX_POWER6 1)
 874     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 875     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 876 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 877     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, Fortran, BlueGene, Power6")
 878 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 879 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 880
 881 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 882     if (GMX_THREAD_MPI)
 883         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 884     endif(GMX_THREAD_MPI)
 885     enable_language(Fortran)
 886     include(FortranCInterface)
 887     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 888     if(extra_under_score)
 889         set(extrasuffix "_")
 890     endif(extra_under_score)
 891     if(prefix)
 892       set(prefix "${prefix} ##")
 893     endif(prefix)
 894     if(suffix)
 895       set(suffix "## ${suffix}")
 896       if(extrasuffix)
 897         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 898       endif(extrasuffix)
 899     else(suffix)
 900       if(extrasuffix)
 901         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 902         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 903       endif(extrasuffix)
 904     endif(suffix)
 905
 906     if(isupper)
 907         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 908         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 909     else(isupper)
 910         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 911         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 912     endif(isupper)
 913 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 914         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 915         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 916 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 917
 918 # Process QM/MM Settings
 919 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 920 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 921     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 922 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 923     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 924 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 925     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 926 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 927     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 928 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 929     # nothing to do
 930 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 931     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 932 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 933
 934 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 935 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 936 set(PKG_FFT "")
 937 set(PKG_FFT_LIBS "")
 938 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 939     if(GMX_DOUBLE)
 940         set(FFTW fftw)
 941     else()
 942         set(FFTW fftwf)
 943     endif()
 944
 945     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 946       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 947     else()
 948       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 949     endif()
 950
 951     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 952     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 953     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 954     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 955     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 956       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 957     endif()
 958
 959     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 960
 961     if (NOT ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE" AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 962       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 963     endif()
 964
 965     if(NOT ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE" AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 966         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 967         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 968     endif()
 969
 970 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 971 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 972     find_package(MKL REQUIRED)
 973     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 974     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 975     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 976
 977     set(GMX_FFT_MKL 1)
 978     set(HAVE_MKL 1)
 979
 980 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 981 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 982 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 983 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 984     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 985     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 986 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 987     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 988 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 989
 990 # enable threaded fftw3 if we've found it
 991 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
 992     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
 993 endif()
 994
 995 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 996 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 997 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 998 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 999   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1000     if (GMX_BLAS_USER)
1001         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
1002     else(GMX_BLAS_USER)
1003         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
1004         find_package(BLAS)
1005         if (BLAS_FOUND)
1006           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
1007         else()
1008           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
1009           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
1010         endif()
1011     endif(GMX_BLAS_USER)
1012   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1013   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1014     if (GMX_LAPACK_USER)
1015         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
1016     else(GMX_LAPACK_USER)
1017         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
1018         find_package(LAPACK)
1019         if (LAPACK_FOUND)
1020           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
1021         else()
1022           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
1023           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
1024         endif()
1025     endif(GMX_LAPACK_USER)
1026   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1027 endif()
1028 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1029 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1030
1031 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1032
1033 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1034   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1035     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1036     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1037     include(gmxTestdlopen)
1038     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1039   endif()
1040
1041   # so, should we use plug-ins?
1042   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1043     if(NOT VMD_QUIETLY)
1044       MESSAGE(STATUS
1045           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1046           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1047           "formats).")
1048     endif()
1049     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1050       find_package(VMD)
1051     endif()
1052     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1053     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1054     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1055   else()
1056     set(PKG_DL_LIBS)
1057   endif()
1058 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1059 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1060
1061 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1062     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1063         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1064     else()
1065         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1066             "cross-compiling the developer version from git")
1067     endif()
1068 else()
1069     #make sure source package contains all man pages
1070     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1071         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1072     endif()
1073 endif()
1074 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1075
1076 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1077 if(HAVE_LIBM)
1078     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1079 endif(HAVE_LIBM)
1080
1081 if(GMX_FAHCORE)
1082   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1083       "Path to swindirect.h")
1084   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1085 endif(GMX_FAHCORE)
1086
1087 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1088 # these are set after everything else
1089 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1090     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
1091         FORCE)
1092     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
1093         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1094     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1095         set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
1096             "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1097     endif()
1098     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
1099         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
1100         CACHE STRING "Linker flags for creating executables" FORCE)
1101     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS
1102         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}"
1103         CACHE STRING "Linker flags for creating shared libraries" FORCE)
1104 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1105
1106 if(NOT GMX_OPENMP)
1107     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1108     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1109     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1110     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1111     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1112     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1113 endif()
1114
1115 ######################################
1116 # Output compiler and CFLAGS used
1117 ######################################
1118 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1119 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1120     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1121 endif ()
1122
1123 ########################################################################
1124 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1125 ########################################################################
1126 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1127     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1128     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1129 else()
1130     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1131 endif()
1132
1133 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1134     set(GMXLIB lib)
1135 endif()
1136 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1137 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1138 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1139 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1140 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1141
1142 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1143
1144 ##################################################################
1145 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1146 ##################################################################
1147 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1148     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1149     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1150     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1151     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1152 endif()
1153
1154 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1155 #Simpler to always install.
1156 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1157
1158 add_subdirectory(share)
1159 add_subdirectory(include)
1160 add_subdirectory(src)
1161 add_subdirectory(scripts)
1162
1163 # issue GPU acceleration/CUDA-related warning or error if GMX_GPU was set
1164 # Auto and NVIDIA GPUs were detected.
1165 if (CUDA_NOTFOUND_AUTO AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1166     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1167     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1168     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1169 endif()
1170 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1171
1172 #######################
1173 ## uninstall target
1174 #######################
1175     CONFIGURE_FILE(
1176                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1177                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1178                    IMMEDIATE @ONLY)
1179 ###########################
1180 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1181                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1182                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1183 ###########################
1184
1185 ########################################################################
1186 # Tests                                                                #
1187 ########################################################################
1188
1189 include(CTest)
1190 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1191 IF(BUILD_TESTING)
1192         enable_testing()
1193         add_subdirectory(tests)
1194 ENDIF()
1195