man/man1/g_filter.1

   1 .TH g_filter 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_filter - frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_filter\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ol" " lowpass.xtc "
  12 .BI "\-oh" " highpass.xtc "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-nf" " int "
  21 .BI "\-[no]all" ""
  22 .BI "\-[no]nojump" ""
  23 .BI "\-[no]fit" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&\fB g_filter\fR performs frequency filtering on a trajectory.
  26 \&The filter shape is cos(pi t/A) + 1 from \-A to +A, where A is given
  27 \&by the option \fB \-nf\fR times the time step in the input trajectory.
  28 \&This filter reduces fluctuations with period A by 85%, with period
  29 \&2*A by 50% and with period 3*A by 17% for low\-pass filtering.
  30 \&Both a low\-pass and high\-pass filtered trajectory can be written.
  31
  32
  33 \&Option \fB \-ol\fR writes a low\-pass filtered trajectory.
  34 \&A frame is written every \fB \-nf\fR input frames.
  35 \&This ratio of filter length and output interval ensures a good
  36 \&suppression of aliasing of high\-frequency motion, which is useful for
  37 \&making smooth movies. Also averages of properties which are linear
  38 \&in the coordinates are preserved, since all input frames are weighted
  39 \&equally in the output.
  40 \&When all frames are needed, use the \fB \-all\fR option.
  41
  42
  43 \&Option \fB \-oh\fR writes a high\-pass filtered trajectory.
  44 \&The high\-pass filtered coordinates are added to the coordinates
  45 \&from the structure file. When using high\-pass filtering use \fB \-fit\fR
  46 \&or make sure you use a trajectory that has been fitted on
  47 \&the coordinates in the structure file.
  48 .SH FILES
  49 .BI "\-f" " traj.xtc"
  50 .B Input
  51  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  52
  53 .BI "\-s" " topol.tpr"
  54 .B Input, Opt.
  55  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  56
  57 .BI "\-n" " index.ndx"
  58 .B Input, Opt.
  59  Index file
  60
  61 .BI "\-ol" " lowpass.xtc"
  62 .B Output, Opt.
  63  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  64
  65 .BI "\-oh" " highpass.xtc"
  66 .B Output, Opt.
  67  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  68
  69 .SH OTHER OPTIONS
  70 .BI "\-[no]h"  "no    "
  71  Print help info and quit
  72
  73 .BI "\-[no]version"  "no    "
  74  Print version info and quit
  75
  76 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  77  Set the nicelevel
  78
  79 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  80  First frame (ps) to read from trajectory
  81
  82 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  83  Last frame (ps) to read from trajectory
  84
  85 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  86  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  87
  88 .BI "\-[no]w"  "no    "
  89  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  90
  91 .BI "\-nf"  " int" " 10"
  92  Sets the filter length as well as the output interval for low\-pass filtering
  93
  94 .BI "\-[no]all"  "no    "
  95  Write all low\-pass filtered frames
  96
  97 .BI "\-[no]nojump"  "yes   "
  98  Remove jumps of atoms across the box
  99
 100 .BI "\-[no]fit"  "no    "
 101  Fit all frames to a reference structure
 102
 103 .SH SEE ALSO
 104 .BR gromacs(7)
 105
 106 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.