INSTALL-GPU

   1
   2                     Welcome to GROMACS-GPU!
   3
   4 Note: Detailed, step-by-step installation instructions as
   5 well as additional information are available on the website
   6 http://www.gromacs.org/gpu
   7
   8
   9 * INSTALLING FROM BINARY DISTRIBUTION:
  10
  11 0. Prerequisites:
  12     - OpenMM (included in the binary release)
  13     - NVIDIA CUDA libraries (version >=3.1);
  14     - NVIDIA driver (for details on compatiblity consult
  15           http://www.nvidia.com/Download/index5.aspx);
  16     - NVIDIA CUDA-enabled GPU (for compatiblity list see
  17           http://www.gromacs.org/gpu).
  18
  19
  20 1. Download and unpack the binary package for the respective
  21 OS and architecture. Copy the content of the package to your
  22 normal GROMACS installation directory (or to a custom location).
  23 Note that as the distributed Gromacs-GPU packages do not contain
  24 the entire set of tools and utilities included in a full GROMACS
  25 installation. Therefore, it is recommended to have a ≥v4.5
  26 standard Gromacs installation along the GPU accelerated one.
  27 e.g. on unix:
  28
  29 tar -xvf gromacs-4.5-GPU.tar.gz
  30 cp -R gromacs-4.5-GPU/* PATH_TO_GROMACS_INSTALLATION
  31
  32
  33 2. Add the openmm/lib directory to your library path, e.g. in bash:
  34
  35 export LD_LIBRARY_PATH=PATH_TO_GROMACS/openmm/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  36
  37 If there are other OpenMM versions installed, make sure that the
  38 supplied libraries have preference when running mdrun-gpu.
  39 Also, make sure that the installed CUDA libraries match the version
  40 of CUDA with which GROMACS-GPU has been compiled.
  41
  42
  43 3. Set the OPENMM_PLUGIN_DIR environment variable to contain the path
  44 to the openmm/lib/plugins directory, e.g. in bash:
  45
  46 export OPENMM_PLUGIN_DIR=PATH_TO_GROMACS/openmm/lib/plugins
  47
  48
  49 4. At this point, running the command:
  50
  51 PATH_TO_GROMACS/bin/mdrun-gpu -h
  52
  53 should display the standard mdrun help which means that all the
  54 necessary libraries are accessible.
  55
  56
  57
  58 * INSTALLING FROM SOURCE DISTRIBUTION:
  59
  60 GROMACS-GPU uses a cmake build-generator and makefiles on unix.
  61 All you have to do is run:
  62
  63 cmake PATH_TO_SOURCE_DIRECTORY -DGMX_OPENMM=ON -DGMX_THREADS=OFF
  64 make mdrun
  65 make install-mdrun
  66
  67
  68
  69 * ARE YOU STILL HAVING PROBLEMS?
  70
  71 Post it to the GROMACS mailing lists. We read these on a regular basis,
  72 and in many cases another user might already be familiar with the
  73 task you're trying to perform!