configure.ac

   1 #######################################################################
   2 # Process this file wth autoconf to produce a configure script.
   3 #######################################################################
   4
   5 AC_PREREQ(2.50)
   6 AC_INIT(gromacs, 4.0.99_development_20090927, [gmx-users@gromacs.org])
   7 AC_CONFIG_SRCDIR(src/gmxlib/3dview.c)
   8 AC_CONFIG_AUX_DIR(config)
   9 AC_CANONICAL_HOST
  10
  11 AM_INIT_AUTOMAKE(tar-ustar)
  12 AC_PREFIX_DEFAULT(/usr/local/gromacs)
  13
  14 AM_CONFIG_HEADER(src/config.h)
  15 dnl This is the version info according to the libtool versioning system.
  16 dnl It does *not* correspond to the release number.
  17 SHARED_VERSION_INFO="5:0:0"
  18 AC_SUBST(SHARED_VERSION_INFO)
  19
  20 AC_DISABLE_SHARED
  21
  22
  23 #######################################################################
  24 # Simple options and makefile variables
  25 #######################################################################
  26
  27
  28 ### Single/Double
  29 AC_ARG_ENABLE(float,
  30              [AC_HELP_STRING([--disable-float],
  31                              [Use double instead of single precision])],, enable_float=yes)
  32
  33 AC_ARG_ENABLE(double,
  34              [AC_HELP_STRING([--enable-double],
  35                              [Same effect as --disable-float])],, enable_double=no)
  36 if test "$enable_double" = "yes"; then
  37    enable_float=no;
  38 fi
  39 if test "$enable_float" = "no"; then
  40   AC_DEFINE(GMX_DOUBLE,,[Compile in double precision])
  41 fi
  42 AM_CONDITIONAL([GMX_DOUBLE],[test "$enable_float" = "no"])
  43
  44
  45
  46 ### Fortran or not
  47 AC_ARG_ENABLE(fortran,
  48              [AC_HELP_STRING([--enable-fortran],
  49                              [Use Fortran kernels])],,
  50 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
  51   sparc*-solaris* | alpha*-* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix* | mips*-irix*) enable_fortran=yes ;;
  52   *) enable_fortran=no ;;
  53  esac])
  54 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
  55   AC_DEFINE(GMX_FORTRAN,,[Enable Fortran support])
  56 fi
  57 # Generic fortran kernels will be turned off below if you enable power6-specific optimization!
  58 # always use CC for linking:
  59 AC_SUBST(F77LINK,"\$(LINK)")
  60
  61
  62
  63
  64
  65 ### MPI or not
  66 AC_ARG_ENABLE(mpi,
  67               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi],
  68                               [Compile for parallel runs using MPI])],,enable_mpi=no)
  69
  70
  71 ### MPI environment
  72 AC_ARG_ENABLE(mpi-environment,
  73               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi-environment=VAR],
  74                               [Only start parallel runs when VAR is set])],,
  75 [case "${host_cpu}" in
  76   mips*-irix*) enable_mpi_environment="MPI_ENVIRONMENT" ;;
  77   *) enable_mpi_environment=no ;;
  78 esac])
  79 if test "$enable_mpi_environment" != "no"; then
  80   AC_DEFINE_UNQUOTED(GMX_CHECK_MPI_ENV,"$enable_mpi_environment",[If defined, only start MPI runs when this variable is set])
  81 fi
  82
  83 ### MPI_IN_PLACE
  84 AC_ARG_ENABLE(mpi-in-place,
  85               [AC_HELP_STRING([--disable-mpi-in-place],
  86                               [Disable MPI_IN_PLACE. For MPI implementations that have broken support for it (some versions of MPICH, for example).])],, enable_mpi_in_place=yes)
  87
  88
  89
  90 AC_ARG_ENABLE(debug,
  91               [AC_HELP_STRING([--enable-debug],
  92                               [Add -g to other command line arguments])],,enable_debug=no)
  93
  94 ### IA32 assembly code
  95 AC_ARG_ENABLE(ia32_sse,
  96               [AC_HELP_STRING([--disable-ia32-sse],
  97                               [Don't build SSE/SSE2 assembly loops on ia32])],,enable_ia32_sse=yes)
  98
  99 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 100    i?86-*) ;;
 101    *) enable_ia32_sse=no ;;
 102 esac
 103
 104 ### AMD64 assembly code
 105 AC_ARG_ENABLE(x86_64_sse,
 106               [AC_HELP_STRING([--disable-x86-64-sse],
 107                               [Don't build SSE assembly loops on X86_64])],,enable_x86_64_sse=yes)
 108 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 109    x86_64-* | amd64-*) ;;
 110    i?86-apple) ;;
 111    *) enable_x86_64_sse=no ;;
 112 esac
 113
 114
 115 ### Altivec on powerpc (motorola)
 116 AC_ARG_ENABLE(ppc_altivec,
 117               [AC_HELP_STRING([--disable-ppc-altivec],
 118                               [Don't build Altivec loops on PowerPC])],,enable_ppc_altivec=undef)
 119 # Power3/4/5 running AIX does not support altivec. We identify this with vendor=IBM.
 120 # IBM powerpc 970 boxes run linux, and have vendor=unknown.
 121 if test "$enable_ppc_altivec" = "undef"; then
 122   case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 123     ppc*-ibm* | powerpc*-ibm*) enable_ppc_altivec=no ;;
 124     ppc*-* | powerpc*-*) enable_ppc_altivec=yes ;;
 125     *) enable_ppc_altivec=no ;;
 126   esac
 127 fi
 128
 129
 130
 131 ### ia64 assembly code
 132 AC_ARG_ENABLE(ia64_asm,
 133               [AC_HELP_STRING([--disable-ia64-asm],
 134                               [Don't build assembly loops on ia64])],,enable_ia64_asm=yes)
 135 case "${host_cpu}" in
 136    ia64) ;;
 137    *) enable_ia64_asm=no ;;
 138 esac
 139
 140
 141 # IBM Power6-specific optimization
 142 AC_ARG_ENABLE(power6,
 143              [AC_HELP_STRING([--enable-power6],
 144                              [Use IBM Pwr6/PPC440/PPC450-specific F77 kernels])],,enable_power6=no)
 145 # Turn off generic fortran loops if we are using power6-specific optimization
 146 if test "$enable_power6" = "yes"; then
 147   enable_fortran=no;
 148 fi
 149
 150 AC_ARG_ENABLE(bluegene,
 151               [AC_HELP_STRING([--enable-bluegene],
 152                               [Build assembly intrinsics kernels on bluegene])],,enable_bluegene=no)
 153
 154
 155 ### Optimize for host cpu version
 156 AC_ARG_ENABLE(cpu-optimization,
 157               [AC_HELP_STRING([--disable-cpu-optimization],
 158                               [No detection or tuning flags for cpu version])],, enable_cpu_optimization=yes)
 159
 160
 161 ### Do software 1/sqrt(x)
 162 AC_ARG_ENABLE(software-invsqrt,
 163               [AC_HELP_STRING([--disable-software-invsqrt],
 164                               [No software 1/sqrt (disabled on sgi,ibm,ia64)])],,
 165 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
 166   mips*-irix* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix | ia64*-*) enable_software_invsqrt=no ;;
 167   *) enable_software_invsqrt=yes ;;
 168 esac])
 169 if test "$enable_software_invsqrt" = "yes"; then
 170   AC_DEFINE(GMX_SOFTWARE_INVSQRT,,[Use the GROMACS software 1/sqrt(x)])
 171 fi
 172 AM_CONDITIONAL([GMX_SOFTWARE_INVSQRT],[test "$enable_software_invsqrt" = "yes"])
 173
 174 AC_ARG_ENABLE(fahcore,
 175               [AC_HELP_STRING([--enable-fahcore],
 176                               [Create a library with mdrun functionality])],, enable_fahcore=no)
 177
 178
 179
 180 # The four options below used to improve code scheduling, but the newest CPUs can usually rearrange
 181 # instructions dynamically at runtime, so they might not make much difference now:
 182
 183
 184 AC_ARG_ENABLE(all-static,
 185               [AC_HELP_STRING([--enable-all-static],
 186                               [Make completely static binaries])],, enable_all_static=no)
 187 # Dont add the -all-static flag until after the compiler test.
 188
 189
 190 # FFT libraries - only use one...
 191 AC_ARG_WITH(fft,
 192             [AC_HELP_STRING([--with-fft=@<:@fftw3/fftw2/mkl(>=6.0)/fftpack@:>@],
 193                             [FFT library to use. fftw3 is default, fftpack built in.])],,
 194                              with_fft=fftw3)
 195
 196 AC_ARG_ENABLE(fftw-measure,
 197             [AC_HELP_STRING([--disable-fftw-measure],
 198                             [Dont optimize FFTs. This produces binary exactly]
 199                             [reproducible runs (as the -reprod flag to mdrun),]
 200                             [and if you are using FFTW on x86 and specified its]
 201                             [--enable-sse/sse2 flag (NOT default in FFTW!) the]
 202                             [kernels used are close-to-optimal anyway.])],,
 203                              enable_fftw_measure=yes)
 204
 205
 206 AC_ARG_ENABLE(threads,
 207               [AC_HELP_STRING([--enable-threads],
 208                               [Compile for parallel runs using threads])],,enable_threads=no)
 209
 210 # if test "$enable_threads" = "yes"; then
 211 #   with_threads=pthreads;
 212 #fi
 213
 214
 215 ### Use external BLAS/LAPACK libraries if the user wants to.
 216 ###
 217 AC_ARG_WITH(external_blas,
 218             [AC_HELP_STRING([--with-external-blas],
 219                             [Use system BLAS library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 220 [
 221 # default action - check if we are on OS X
 222 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 223   apple-darwin*) with_external_blas="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 224   *)             with_external_blas="no"  ;;
 225 esac
 226 ])
 227 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_BLAS], [test "$with_external_blas" = "yes"])
 228
 229
 230 AC_ARG_WITH(external_lapack,
 231             [AC_HELP_STRING([--with-external-lapack],
 232                             [Use system LAPACK library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 233 [
 234 # default action - check if we are on OS X
 235 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 236   apple-darwin*) with_external_lapack="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 237   *)             with_external_lapack="no"  ;;
 238 esac
 239 ])
 240 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_LAPACK], [test "$with_external_lapack" = "yes"])
 241
 242
 243
 244
 245 AC_ARG_WITH(qmmm_gaussian,
 246               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gaussian],
 247                               [Use modified Gaussian0x for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gaussian=yes)
 248 if test "$with_qmmm_gaussian" = "yes"; then
 249   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAUSSIAN,,[Use (modified) Gaussian0x for QM-MM calculations])
 250 fi
 251
 252
 253 AC_ARG_WITH(qmmm_gamess,
 254               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gamess],
 255                               [Use modified Gamess-UK for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gamess=no)
 256 if test "$with_qmmm_gamess" = "yes"; then
 257   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAMESS,,[Use (modified) Gamess-UK for QM-MM calculations])
 258 fi
 259
 260
 261 AC_ARG_WITH(qmmm_mopac,
 262               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-mopac],
 263                               [Use modified Mopac 7 for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_mopac=no)
 264 if test "$with_qmmm_mopac" = "yes"; then
 265   AC_DEFINE(GMX_QMMM_MOPAC,,[Use (modified) Mopac 7 for QM-MM calculations])
 266 fi
 267
 268
 269 ############################################################
 270 # Add some debug info: Who is building, and on what machine?
 271 ############################################################
 272 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_TIME],["`date`"],[Date and time for build])
 273 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_USER],["`whoami`@`hostname`"],[User doing build])
 274 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_MACHINE],["`uname -srm`"],[Hardware and OS version for build host])
 275
 276
 277
 278 ############################################################
 279 # Checks for programs
 280 ############################################################
 281
 282 # normally we use the default compiler, but on alpha/linux we try the compaq ones first
 283 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 284   alpha*-linux*)
 285     cc_names="ccc cc gcc"
 286     f77_names="fort f77 g77"
 287     ;;
 288   *)
 289     cc_names="cc icc xlc gcc"
 290     f77_names="f77 ifort xlf xlf77 cf77 fl32 g77 fort77 f90 xlf90 pgf77 cf77 fort fort77 pgf90"
 291     ;;
 292 esac
 293 # the (non-mpi) c compiler, which is also used for programs executed during build stage
 294 AC_PROG_CC( $cc_names )
 295 # Check for environment variable CC_FOR_BUILD before overwriting it
 296 if test -z "$CC_FOR_BUILD"; then
 297   CC_FOR_BUILD=$CC
 298 fi
 299 AC_SUBST(CC_FOR_BUILD)
 300
 301 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
 302   AC_PROG_F77( $f77_names )
 303   if test -z "$F77"; then
 304     AC_MSG_ERROR([No fortran compiler found])
 305   fi
 306 fi
 307
 308 AM_PROG_AS( $CC )
 309
 310 # if we are using mpi, also get an MPICC. We cannot set that in the PROG_CC macro
 311 # above, since autoconf checks that the created file can be executed. This would
 312 # fail on platforms where MPI executables can only be run through a batchqueue.
 313
 314 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 315   AC_CHECK_PROGS(MPICC, mpxlc mpicc mpcc hcc, $CC)
 316 # now change the normal cc to the MPI one - see the comment above.
 317   CC=$MPICC
 318   AC_MSG_CHECKING([whether the MPI cc command works]) # be paranoid
 319   AC_TRY_LINK([#include <mpi.h>],[int argc; char **argv; MPI_Init(&argc,&argv);],
 320 AC_MSG_RESULT([yes]),AC_MSG_ERROR([Cannot compile and link MPI code with $CC]))
 321   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 322   AC_DEFINE(GMX_LIB_MPI,,[Use a real MPI library])
 323
 324   if test "$enable_mpi_in_place" = "yes"; then
 325     # not all MPIs support MPI_IN_PLACE:
 326     AC_MSG_CHECKING([for MPI_IN_PLACE in collective operations])
 327     AC_TRY_COMPILE([
 328 #include <mpi.h>
 329 void test(void)
 330 {
 331     void *buf;
 332     MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, buf, 10, MPI_FLOAT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
 333 }
 334     ],,[
 335         AC_MSG_RESULT([yes])
 336         AC_DEFINE(MPI_IN_PLACE_EXISTS,[],[MPI_IN_PLACE available for collective operations])
 337     ],[
 338         AC_MSG_RESULT([no])
 339     ])
 340   fi
 341
 342 # on the cray xt3 we have to tell autoconf that we
 343 # are actually cross-compiling even if the architecture
 344 # of host and target are the same. so we enforce
 345 # cross-compilation if __QK_USER__ is defined
 346   AC_MSG_CHECKING([for catamount])
 347   AC_TRY_COMPILE([
 348 #if defined __QK_USER__
 349 #else
 350 #error not catamount
 351 #endif
 352 ],,[
 353   AC_MSG_RESULT([yes])
 354   cross_compiling=yes
 355   AC_DEFINE(GMX_CRAY_XT3,[],[Enable special hacks for Cray XT3])
 356   AC_DEFINE(GMX_NO_SYSTEM,[],[Ignore calls to system(3)])
 357   AC_DEFINE(GMX_NO_NICE,[],[Ignore calls to nice(3)])
 358   AC_DEFINE(GMX_BROKEN_CALLOC,[],[Don't use calloc(3)])
 359   extra_LDFLAGS="$extra_LDFLAGS -lgmalloc -lacml"
 360 ],[
 361   AC_MSG_RESULT([no])
 362 ])
 363 # end of "$enable_mpi" = "yes"
 364 fi
 365
 366
 367 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC],
 368             [Set to F77_FUNC(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 369 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC_],
 370             [Set to F77_FUNC_(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 371
 372
 373
 374 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
 375   AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS
 376   AC_F77_WRAPPERS
 377   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[F77_FUNC(name,NAME)])
 378   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[F77_FUNC_(name,NAME)])
 379 else
 380   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[name])
 381   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[name])
 382 fi
 383
 384
 385
 386 AC_PROG_CPP
 387 # Needed by libtool scripts?
 388 AC_PROG_EGREP
 389
 390 if test "$enable_cpu_optimization" = "yes"; then
 391   ACX_DETECT_GMXCPU
 392 else
 393   gmxcpu=""
 394 fi
 395 ACX_COMPILER_MAXOPT
 396
 397
 398 # We've postponed the threads check because we need to check with the right
 399 # compilers/flags
 400 if test "$enable_threads" = "yes"; then
 401   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 402     AC_MSG_ERROR([Cannot use both threads and MPI - yet.])
 403   fi
 404   if test "$with_fft" = "fftw2"; then
 405     AC_MSG_ERROR([fftw2 can't be used with threads. Use fftw3 or mkl.])
 406   fi
 407   # for now we just assume pthreads
 408   ACX_PTHREAD(,AC_MSG_ERROR([Cannot find POSIX threads - required for thread    support using configure!]))
 409   LIBS="$PTHREAD_LIBS $LIBS"
 410   CFLAGS="$CFLAGS $PTHREAD_CFLAGS"
 411   CXXFLAGS="$CXXFLAGS $PTHREAD_CFLAGS"
 412   CC="$PTHREAD_CC "
 413   AC_DEFINE(THREAD_PTHREADS,,[Use pthreads for thread_mpi multithreading])
 414   AC_DEFINE(GMX_THREADS,,[Use threads for parallelization])
 415   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 416   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,true)
 417 else
 418   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,false)
 419 fi
 420
 421
 422
 423 #############
 424 # Check integer endian
 425 #############
 426 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
 427 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
 428 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
 429
 430 #############
 431 # Make sure size_t can hold pointers.
 432 # On some Nec machines, you reportedly need to specify a flag for size_t to be 64 bits wide.
 433 #############
 434 AC_MSG_CHECKING([that size_t can hold pointers])
 435 AC_TRY_COMPILE([
 436 #include <stdlib.h>
 437 #include <stddef.h>
 438 ],[int chk[sizeof(size_t)-sizeof(int *)+1];],AC_MSG_RESULT([yes]),[
 439    AC_MSG_ERROR([size_t is smaller than int*. Check if your compiler needs a flag to make it 64 bit.])])
 440
 441
 442 #############
 443 # Check that SIGUSR1 is defined
 444 #############
 445 AC_MSG_CHECKING([for SIGUSR1])
 446 AC_TRY_COMPILE([#include <signal.h>],[int i=SIGUSR1;],[
 447 AC_MSG_RESULT([yes])
 448 AC_DEFINE(HAVE_SIGUSR1,,[SIGUSR1 supported and defined])
 449 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 450
 451 #############
 452 # Check if pipes are supported
 453 #############
 454 AC_MSG_CHECKING([for pipes])
 455 AC_TRY_COMPILE([#include <stdio.h>],[
 456 FILE *pipe=popen("/tmp/pipe","r");
 457 ],[
 458 AC_MSG_RESULT([yes])
 459 AC_DEFINE(HAVE_PIPES,,[Pipes (popen/pclose) supported])
 460 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 461
 462
 463
 464 #############
 465 # Check floating-point format and endian
 466 #############
 467 ACX_FLOAT_FORMAT
 468
 469
 470 AC_PROG_INSTALL
 471 AC_PROG_LN_S
 472 AC_PROG_MAKE_SET
 473 AC_LIBTOOL_WIN32_DLL
 474 AC_PROG_LIBTOOL
 475 AC_SYS_LARGEFILE
 476 #
 477 # Use our own version of AC_FUNC_FSEEKO from autoconf 2.63 instead
 478 # of the broken one we might get from autoconf 2.61.
 479 ACX_FUNC_FSEEKO_FIXED
 480
 481
 482
 483
 484 ############################################################################
 485 # Checks for libraries.
 486 ############################################################################
 487 #
 488 # Don't add math library for intel compilers
 489 if $CC -V 2>&1 | grep 'Intel Corporation' > /dev/null 2>&1; then
 490   AC_MSG_NOTICE([Using built-in math library with intel compiler])
 491 else
 492   AC_CHECK_LIB(m,sqrt,,AC_MSG_ERROR([No math library found]))
 493 fi
 494
 495 #####
 496 # Disable MASS support for now.
 497 #####
 498
 499
 500 case "$with_fft" in
 501 fftw2)
 502   if test "$enable_float" = "yes"; then
 503     sizeof_real=4
 504   else
 505     sizeof_real=8
 506   fi
 507   ACX_CHECK_FFTW2(fftw,$sizeof_real)
 508   ACX_CHECK_FFTW2(rfftw,$sizeof_real)
 509
 510   case ${ac_fftw_savedprefix} in
 511    d) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_DFFTW,,[Use the d prefix on fftw2 includes]) ;;
 512    s) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_SFFTW,,[Use the s prefix on fftw2 includes]) ;;
 513    *) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_FFTW,,[Dont use any prefix on fftw2 includes]) ;;
 514   esac
 515
 516   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW2,,[Use FFTW2 FFT library])
 517
 518   ;; #  end of fftw2 check
 519
 520 fftw3) # Much simpler check than fftw2
 521 # Check for header <fftw3.h> AC_CHECK_HEADERS doesnt work, since we must
 522 # use mpicc to get includes - cpp isnt always the same compiler.
 523 AC_MSG_CHECKING([for fftw3.h])
 524 AC_TRY_COMPILE([#include<fftw3.h>],,[
 525 # ok, look for library file too
 526 AC_MSG_RESULT(yes)
 527 if test "$enable_float" = "yes"; then
 528   AC_CHECK_LIB([fftw3f],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3f library]))
 529 else
 530   AC_CHECK_LIB([fftw3],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3 library]))
 531 fi
 532   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW3,,[Use FFTW3 FFT library])
 533 ],[
 534 # not ok, echo a warning
 535 AC_MSG_ERROR(
 536 [Cannot find the default external FFT library (fftw3).
 537 Other alternatives are 'fftw2', or 'mkl' for Intel MKL.
 538 You are STRONGLY recommended to use one of these - fftw is free.
 539
 540 Use CPPFLAGS and LDFLAGS if the library is installed in a
 541 non-standard location. (see FAQ at http://www.gromacs.org)
 542
 543 If you dont care about performance you can also specify 'fftpack'
 544 to use a slower set of FFTs built into Gromacs.
 545 (Just install FFTW3 unless you really know what you are doing).
 546 ])
 547 ])
 548   ;;
 549
 550 mkl*)
 551 ###########
 552 # Intel Math Kernel Library version 6 and later.
 553 ##########
 554 AC_MSG_CHECKING([for mkl_dfti.h])
 555 AC_TRY_COMPILE([#include<mkl_dfti.h>],,AC_MSG_RESULT(yes),AC_MSG_ERROR([Cannot find mkl_dfti.h header from Intel Math Kernel Library>=6.0.]\
 556 ))
 557 ## Check for library
 558 #  AC_CHECK_LIB([guide],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find libguide (Intel MKL)]))
 559   AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,
 560     AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0]))
 561
 562   AC_DEFINE(GMX_FFT_MKL,,[Use Intel MKL FFT library])
 563   ;;
 564
 565 fftpack | no)
 566   AC_MSG_WARN([The built-in FFTPACK routines are slow.
 567 Are you sure you don't want to use FFTW? It is free and much faster...])
 568   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTPACK,,[Use Built-in FFTPACK FFT library])
 569   ;;
 570 *)
 571   AC_MSG_ERROR([Unknown FFT library])
 572   ;;
 573 esac
 574
 575
 576 if test "$enable_fftw_measure" != "yes"; then
 577    AC_DEFINE(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE,,[Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE FFT kernels)])
 578 fi
 579
 580 ######
 581 # check for xtc headers
 582 case "${host_os}" in
 583 cygwin* | mingw*)   # use our own xdr stuff for cygwin/mingw
 584   ;;
 585 *)
 586   AC_CHECK_HEADERS([rpc/rpc.h])
 587   AC_CHECK_HEADERS([rpc/xdr.h],,,
 588 [#if HAVE_RPC_RPC_H
 589 # include <rpc/rpc.h>
 590 #endif
 591 ])
 592   AC_CHECK_LIB(nsl,xdr_float)
 593   AC_TRY_LINK([
 594 #if HAVE_RPC_RPC_H
 595 #include<rpc/rpc.h>
 596 #else
 597 #error NO rpc.h header
 598 #endif
 599 #if HAVE_RPC_XDR_H
 600 #include<rpc/xdr.h>
 601 #else
 602 #error No xdr.h header
 603 #endif
 604 ],[ XDR *xd; float f; xdr_float(xd,&f);],[have_xdr="yes"])
 605
 606   if test "$have_xdr" != "yes"; then
 607     AC_DEFINE(GMX_INTERNAL_XDR,,[Use our own instead of system XDR libraries])
 608     AC_MSG_WARN([Couldn't find XDR headers and/or libraries - using our own])
 609   fi
 610   ;;
 611 esac
 612
 613
 614 ########################################################################
 615 # Checks for header files and types
 616 ########################################################################
 617
 618 AC_CHECK_HEADERS([limits.h unistd.h],,AC_MSG_ERROR([Include headers not found]))
 619 AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
 620 AC_CHECK_HEADERS(sys/types.h)
 621 AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
 622 AC_CHECK_HEADERS(regex.h,,[AC_MSG_WARN(
 623 [No regex.h found.
 624 Regular expression matching in selections will be disabled.
 625 Selections still work, but the default groups can differ from
 626 those obtained with regular expressions enabled.
 627 Consider installing the regular expression library from GNU libc.])])
 628
 629 #####
 630 # Checks for additional and/or optional functions or libraries.
 631 #AC_FUNC_MALLOC
 632 AC_FUNC_MEMCMP
 633 AC_TYPE_SIGNAL
 634 AC_TYPE_OFF_T
 635 AC_FUNC_VPRINTF
 636 AM_WITH_DMALLOC
 637 AC_CHECK_FUNCS(strcasecmp)
 638 AC_CHECK_FUNCS(strdup)
 639 AC_CHECK_FUNCS(gettimeofday)
 640 AC_CHECK_FUNCS(isnan)
 641 AC_CHECK_FUNCS(_isnan)
 642
 643 # check for bool (must come late, since CFLAGS/includes might affect it)
 644 AC_CHECK_TYPES([bool])
 645
 646
 647
 648
 649
 650 #############
 651 # Check integer sizes, set to zero if e.g. long long is not supported.
 652 # (Note: this must come *after* type checks for the corresponding types!)
 653 #############
 654 AC_CHECK_SIZEOF(int)
 655 AC_CHECK_SIZEOF(long int)
 656 AC_CHECK_SIZEOF(long long int)
 657 AC_CHECK_SIZEOF(off_t)
 658 AC_CHECK_SIZEOF(void*)
 659
 660
 661
 662 # Apple OS X is a bit strange/braindead in that it always reports itself as i386, both for
 663 # 32 and 64 bit builds (even with the 64 bit kernel!).
 664 #
 665 # To get the SSE support right we check for the size of void * that we detected above...
 666 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 667   apple-darwin*)
 668   if test $ac_cv_sizeof_voidp = 8; then
 669      enable_ia32_sse=no;
 670   else
 671      enable_x86_64_sse=no;
 672   fi
 673   ;;
 674   *) ;;
 675 esac
 676
 677
 678
 679
 680 #####
 681 # Look for X
 682 AC_PATH_XTRA
 683 if test "$no_x" != "yes"; then
 684   LIBS="$X_LIBS $LIBS $X_PRE_LIBS -lX11 $X_EXTRA_LIBS"
 685   INCLUDES="$INCLUDES $X_CFLAGS"
 686   AM_CONDITIONAL(USE_X11,true)
 687 else
 688   AM_CONDITIONAL(USE_X11,false)
 689 fi
 690
 691 # GNU Scientific Library or not
 692 AC_ARG_WITH(gsl,
 693  [  --with-gsl                    Link to the GNU scientific library, enables extra functions in analysis],,with_gsl=no)
 694
 695 ######
 696 if test "$with_gsl" = "yes"; then
 697   ac_save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
 698   AC_CHECK_HEADERS([gsl/gsl_version.h],[
 699 # header found, check for libraries
 700   AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,[
 701   LDFLAGS="$ac_save_LDFLAGS -lgslcblas"
 702 # gslcblas library found, check main lib
 703   AC_CHECK_LIB(gsl,main)])])
 704 #
 705 fi
 706
 707
 708 AC_ARG_WITH(xml,
 709  [  --without-xml                 do not link to the xml2 library, disallows the use of certain file formats],,with_xml=yes)
 710
 711 #########
 712 # Check for libxml2, but it is optional, so dont stop
 713 # if it isnt there.
 714 if test "$with_xml" = "yes"; then
 715    ac_save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 716    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS -I/usr/include/libxml2"
 717    AC_CHECK_HEADERS([libxml/parser.h],AC_CHECK_LIB(xml2,main))
 718    if test "$ac_cv_lib_xml2_main" = "yes"; then
 719      INCLUDES="$INCLUDES -I/usr/include/libxml2"
 720    fi
 721 # restore CPPFLAGS
 722    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS"
 723 fi
 724
 725 ####
 726 # And collect the f77 libs to the linker - on Solaris, f77 stuff must go first,
 727 # and we need -L/usr/ucblib to find libucb... (stupid OS)
 728 # On e.g. ibm the mass libraries must come before -lm...
 729 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 730   *-solaris*)
 731     LIBS="$FLIBS $LIBS"
 732     LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/ucblib"
 733     ;;
 734   *) LIBS="$LIBS $FLIBS" ;;
 735 esac
 736
 737
 738 # add the Accelerate framework if enabled above.
 739 # LDFLAGS might have been set in the CPU optimization, so we cant assign it directly before that.
 740 LDFLAGS="$LDFLAGS $extra_LDFLAGS"
 741
 742
 743
 744
 745
 746
 747 #####
 748 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 749 AC_C_CONST
 750 AC_TYPE_SIZE_T
 751 AC_STRUCT_TM
 752 AC_C_INLINE
 753
 754 # AC_TYPE_UID_T is broken on Mac OS X, so use generic tests instead
 755 AC_CHECK_TYPES([uid_t],[],[AC_DEFINE(uid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 756 AC_CHECK_TYPES([gid_t],[],[AC_DEFINE(gid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 757
 758
 759
 760 # Test stuff for ia32 and x86_64 assembly, and add objects/libraries.
 761 if test "$enable_ia32_sse" = "yes" -o "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 762   AC_MSG_CHECKING([whether your compiler can handle assembly files (*.s)])
 763 #
 764 # Use 64-bit registers (rsp/rbp) on x86_64
 765 #
 766 if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 767 cat > conftestasm.s << EOF
 768 checkasm:
 769         mov     %rsp, %rbp
 770         ret
 771 EOF
 772 else
 773 cat > conftestasm.s << EOF
 774 checkasm:
 775         movl    %esp, %ebp
 776         ret
 777 EOF
 778 fi
 779   if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftestasm.s); then
 780     if test -f conftestasm.o; then
 781       AC_MSG_RESULT([yes])
 782     else
 783       AC_MSG_RESULT([no])
 784       AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
 785     fi
 786   else
 787     AC_MSG_RESULT([no])
 788     AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
 789   fi
 790
 791 # ok, cc understands assembly.
 792 #
 793 # If we are using double precision we need SSE2
 794   if test "$enable_float" = "no"; then
 795 #   test SSE2 on ia32:
 796     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
 797       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE2])
 798 cat > conftest.s << EOF
 799 checkasm:
 800         emms
 801         movapd 32(%esi,%edx,8),%xmm4
 802         emms
 803         ret
 804 EOF
 805       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 806         AC_MSG_RESULT([yes])
 807       else
 808         AC_MSG_RESULT([no])
 809         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 810       fi
 811       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on ia32])
 812     fi
 813 #   test SSE2 on X86_64:
 814     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 815       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE2])
 816 cat > conftest.s << EOF
 817 checkasm:
 818         emms
 819         movapd 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
 820         emms
 821         ret
 822 EOF
 823       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 824         AC_MSG_RESULT([yes])
 825       else
 826         AC_MSG_RESULT([no])
 827         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 828       fi
 829       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on X86_64])
 830     fi
 831   else
 832 # end of double precision testing, now do single.
 833     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
 834       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE])
 835 cat > conftest.s << EOF
 836 checkasm:
 837         emms
 838         movaps 32(%esi,%edx,8),%xmm4
 839         emms
 840         ret
 841 EOF
 842       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 843         AC_MSG_RESULT([yes])
 844       else
 845         AC_MSG_RESULT([no])
 846         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 847       fi
 848       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE],,[Single-precision SSE instructions on ia32])
 849     fi
 850 #   test SSE2 on X86_64:
 851     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 852       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE instructions])
 853 cat > conftest.s << EOF
 854 checkasm:
 855         emms
 856         movaps 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
 857         emms
 858         ret
 859 EOF
 860       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 861         AC_MSG_RESULT([yes])
 862       else
 863         AC_MSG_RESULT([no])
 864         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 865       fi
 866       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE],,[Single-precision SSE instructions on X86_64])
 867     fi
 868   fi
 869 fi
 870
 871
 872 # Test stuff for ia64 assembly
 873 #
 874 # Nothing to test right now.
 875
 876
 877
 878
 879 #
 880 # Test altivec support.
 881 #
 882 if test "$enable_ppc_altivec" = "yes"; then
 883   if test "$enable_float" = "no"; then
 884     AC_MSG_WARN([PowerPC Altivec loops can only be used in single precision - disabling])
 885     enable_ppc_altivec=no
 886   else
 887     # On FSF (vanilla) GCC we must include altivec.h, and on apple we
 888     # should NOT do it after using -faltivec. Go figure...
 889     case "${host_os}" in
 890     darwin*)
 891         # do nothing on Apple systems
 892        ;;
 893     *)
 894         AC_CHECK_HEADERS([altivec.h])
 895        ;;
 896     esac
 897
 898     AC_MSG_CHECKING([whether the compiler supports altivec extensions])
 899     AC_TRY_COMPILE([],[
 900 #ifndef __VEC__
 901 choke_me
 902 #endif
 903 ],[
 904     AC_MSG_RESULT([yes])
 905     AC_DEFINE([GMX_PPC_ALTIVEC],,[Use PowerPC Altivec inner loops])],[
 906       AC_MSG_RESULT([no])
 907       AC_MSG_WARN([no altivec support found - On recent PowerPC CPUs]
 908 [you can get a huge performance gain by using an altivec-enabled compiler.]
 909 [On OS X, you need GCC>=3.3, or the IBM compilers. If you are using standard]
 910 [GCC, you need at least version 4.0])
 911       enable_ppc_altivec=no])
 912   fi
 913 fi
 914
 915 if test "$enable_ia64_asm" = "yes"; then
 916   AC_DEFINE(GMX_IA64_ASM,,[Use ia64 assembly tuned for Itanium2])
 917   AC_DEFINE(DISABLE_WATER_NLIST,,[Turn off all water neighborlist optimization])
 918   AC_DEFINE(DISABLE_WATERWATER_NLIST,,[Turn off water-water neighborlist optimization only])
 919 fi
 920
 921 if test "$enable_bluegene" = "yes"; then
 922   AC_DEFINE(GMX_BLUEGENE,,[Use assembly intrinsics kernels for BlueGene])
 923 fi
 924
 925 ##
 926 # Add the appropriate assembly loops
 927 #
 928 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
 929 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE2],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
 930 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
 931 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE2],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
 932 AM_CONDITIONAL([GMX_FORTRAN],[test "$enable_fortran" = "yes"])
 933 AM_CONDITIONAL([GMX_PPC_ALTIVEC],[test "$enable_ppc_altivec" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
 934 AM_CONDITIONAL([GMX_IA64_ASM],[test "$enable_ia64_asm" = "yes"])
 935 AM_CONDITIONAL([GMX_BLUEGENE],[test "$enable_bluegene" = "yes"])
 936 AM_CONDITIONAL([GMX_POWER6],[test "$enable_power6" = "yes"])
 937
 938
 939 #############
 940 # Check integer endian
 941 #############
 942 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
 943 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
 944 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
 945
 946
 947
 948 case "${host_cpu}" in
 949    i?86)
 950          # Check if inline assembly works
 951          AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports gcc inline assembly)
 952       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; asm("fld %1\nfistpl %0\n" : "=m" (*&i) : "f" (f));],[AC_MSG_RESULT(yes)
 953 AC_DEFINE(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM,,[Enable x86 gcc inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
 954          # Check for MSVC inline assembly
 955      AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports MSVC inline assembly)
 956       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; _asm { fld f } ; _asm { fistpl i };],[AC_MSG_RESULT(yes)
 957 AC_DEFINE(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM,,[Enable x86 MSVC inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
 958         ;;
 959    *) ;;
 960 esac
 961
 962
 963
 964
 965
 966
 967 ########################################################################
 968 # Final output stage
 969 ########################################################################
 970 AS="$CC"
 971 AC_SUBST(ASFLAGS)
 972 AC_SUBST(AS)
 973 AC_SUBST(INCLUDES)          # should be automatic, but doesnt seem to be?
 974
 975 # To tell libraries apart, we use four versions of the name. For instance, libgmx:
 976 # libgmx                single prec, no mpi.
 977 # libgmx_d              double prec, no mpi.
 978 # libgmx_mpi            single prec, mpi.
 979 # libgmx_mpi_d          double prec, mpi.
 980 # However, the non-suffixed names are linked to the _mpi and/or _d suffixed
 981 # ones upon installation if that is the only version available.
 982
 983 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 984   LIBSUFFIX="_mpi"
 985 fi
 986 if test "$enable_float" = "no"; then
 987   LIBSUFFIX="${LIBSUFFIX}_d"
 988 fi
 989 AC_SUBST(LIBSUFFIX)
 990
 991 # Unless the user has explicitly requested a prefix/suffix/transform, we
 992 # use _d on double precision files. Don't add anything for mpi, but at the
 993 # end we tell the user it is possible and smart to do in some cases!
 994 if test "$program_transform_name" = "s,x,x,"; then
 995   name_transform_provided=no;
 996   if test "$enable_float" = "no"; then
 997     program_transform_name="s,\$\$,_d,"
 998   fi
 999 else
1000   name_transform_provided=yes;
1001 fi
1002
1003
1004 # Use a variable for RPM - this way it can be
1005 # overridden with make RPM=rpm3 rpm
1006 RPM=rpm
1007 AC_SUBST(RPM)
1008
1009 if test "$enable_fahcore" = "yes"; then
1010   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I\$(top_srcdir)/../corewrap -include swindirect.h -DFULLINDIRECT -DUSE_FAH_XDR"
1011   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1012     CFLAGS="$CFLAGS -DMPI"
1013   fi
1014 fi
1015 AM_CONDITIONAL([GMX_FAHCORE],[test "$enable_fahcore" = "yes"])
1016
1017
1018 if test "$enable_all_static" = "yes"; then
1019   LDFLAGS="$LDFLAGS -all-static"
1020 fi
1021
1022 # we have asm source, so this is necessary for automake 1.6
1023 CCAS=$CC
1024 CCASFLAGS=$CFLAGS
1025
1026 AC_SUBST(CCAS)
1027 AC_SUBST(CCASFLAGS)
1028
1029 AC_CONFIG_FILES([ Makefile ])
1030 AC_CONFIG_FILES([ src/Makefile ])
1031 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/Makefile ])
1032 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_blas/Makefile ])
1033 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_lapack/Makefile ])
1034 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/selection/Makefile ])
1035 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/statistics/Makefile ])
1036 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/trajana/Makefile ])
1037 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/thread_mpi/Makefile ])
1038 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/Makefile ])
1039 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/Makefile ])
1040 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse/Makefile ])
1041 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse2/Makefile ])
1042 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse/Makefile ])
1043 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse2/Makefile ])
1044 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ppc_altivec/Makefile ])
1045 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_single/Makefile ])
1046 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_double/Makefile ])
1047 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_bluegene/Makefile ])
1048 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_power6/Makefile ])
1049 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_single/Makefile ])
1050 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_double/Makefile ])
1051 AC_CONFIG_FILES([ include/Makefile ])
1052 AC_CONFIG_FILES([ include/types/Makefile ])
1053 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/Makefile ])
1054 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/atomic/Makefile ])
1055 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/Makefile ])
1056 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/Makefile ])
1057 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/Makefile ])
1058 AC_CONFIG_FILES([ src/ngmx/Makefile ])
1059 AC_CONFIG_FILES([ src/contrib/Makefile ])
1060 AC_CONFIG_FILES([ scripts/Makefile ])
1061 AC_CONFIG_FILES([ admin/Makefile ])
1062 AC_CONFIG_FILES([ share/Makefile ])
1063 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/Makefile ])
1064 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/gmxdemo/Makefile ])
1065 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr1/Makefile ])
1066 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr2/Makefile ])
1067 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/water/Makefile ])
1068 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/mixed/Makefile ])
1069 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/methanol/Makefile ])
1070 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/speptide/Makefile ])
1071 AC_CONFIG_FILES([ share/template/Makefile ])
1072 AC_CONFIG_FILES([ share/top/Makefile ])
1073 AC_CONFIG_FILES([ share/html/Makefile ])
1074 AC_CONFIG_FILES([ share/html/images/Makefile ])
1075 AC_CONFIG_FILES([ share/html/online/Makefile ])
1076 AC_CONFIG_FILES([ man/Makefile man/man1/Makefile man/man7/Makefile ])
1077 AC_CONFIG_FILES([ Doxyfile ])
1078 AC_OUTPUT
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086 #########################################################
1087 # Echo some important info, to avoid stupid mistakes
1088 #
1089
1090 if test "$enable_float" = "no" -a "$name_transform_provided" = "no"; then
1091   echo ""
1092   echo "* You are compiling a double precision version of Gromacs -"
1093   echo "  program names will be suffixed with _d to avoid overwriting single"
1094   echo "  precision files. You can override it with --program-suffix"
1095 fi
1096
1097 if test "$name_transform_provided" = "no" -a "$enable_mpi" = "yes"; then
1098   echo ""
1099   echo "* Seems you are compiling with MPI support. You can install the MPI-"
1100   echo "  enabled programs with suffixed names to have both MPI and non-MPI"
1101   echo "  versions. This is useful e.g. on supercomputers where you usually"
1102   echo "  cannot run MPI-linked programs on the login node."
1103   echo "  Set a suffix with e.g. --program-suffix=_mpi (or _mpi_d for double)."
1104   echo "  You only need MPI for mdrun, so if you already have non-MPI stuff"
1105   echo "  installed you can issue make mdrun; make install-mdrun."
1106 fi
1107
1108 if test "$enable_shared" = "no"; then
1109   echo ""
1110   echo "* On most platforms you can save 10X space with dynamic libraries, although"
1111   echo "  the binaries might be less portable. Why not try --enable-shared ?"
1112 fi
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
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1124
1125
1126
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1130
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