minor fixes in ditribution files
[gromacs/qmmm-gamess-us.git] / share / top / oplsaa.ff / aminoacids.rtp
blobca6f970c85510980843bac178193f5df2807bee6
1 ; New format introduced in Gromacs 3.1.4.
2 ; Dont use this forcefield with earlier versions.
4 ; This residue database includes new reparameterized sidechain dihedrals 
5 ; from Kaminski et al (JPCB, 2001) that override the default atomtype-based 
6 ; dihedrals. We use set 2 for SER and THR, set 2 for ASP, and the better 
7 ; separate dihedrals for LEU and VAL instead of the combined ones, since we
8 ; can specify them here without using introducing extra atom types.
9 ; (That was the reason they were combined in the paper).
11 ; NB: OPLS chargegroups are not strictly neutral, since we mainly
12 ; use them to optimize the neighborsearching. For accurate simulations
13 ; you should use PME.
15 [ bondedtypes ]
16 ; Col 1: Type of bond 
17 ; Col 2: Type of angles
18 ; Col 3: Type of proper dihedrals
19 ; Col 4: Type of improper dihedrals
20 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
21 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
22 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
23 ; Col 8: Remove propers over the same bond as an improper if it is 1
24 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
25      1       1          3          1        1         3      1     0
27 [ ACE ]
28  [ atoms ]
29    CH3    opls_135   -0.180     1
30   HH31    opls_140    0.060     1
31   HH32    opls_140    0.060     1
32   HH33    opls_140    0.060     1
33      C    opls_235    0.500     2
34      O    opls_236   -0.500     2
35  [ bonds ]
36    CH3  HH31
37    CH3  HH32
38    CH3  HH33
39    CH3     C
40      C     O
41 [ impropers ]
42   CH3    +N    C      O     improper_O_C_X_Y 
44 [ ALA ]
45  [ atoms ] 
46      N    opls_238   -0.500     1
47      H    opls_241    0.300     1 
48     CA    opls_224B   0.140     1 
49     HA    opls_140    0.060     1 
50     CB    opls_135   -0.180     2 
51    HB1    opls_140    0.060     2 
52    HB2    opls_140    0.060     2 
53    HB3    opls_140    0.060     2 
54      C    opls_235    0.500     3
55      O    opls_236   -0.500     3
56  [ bonds ]
57      N     H
58      N    CA
59     CA    HA
60     CA    CB
61     CA     C
62     CB   HB1
63     CB   HB2
64     CB   HB3
65      C     O
66     -C     N
67  [ impropers ]
68     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
69     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
72 [ AIB ]
73  [ atoms ]
74      N    opls_238   -0.500     1
75      H    opls_241    0.300     1 
76     CA    opls_225B   0.200     1 
77    CB1    opls_135   -0.180     2 
78   HB11    opls_140    0.060     2 
79   HB12    opls_140    0.060     2 
80   HB13    opls_140    0.060     2 
81    CB2    opls_135   -0.180     3 
82   HB21    opls_140    0.060     3 
83   HB22    opls_140    0.060     3 
84   HB23    opls_140    0.060     3 
85      C    opls_235    0.500     4
86      O    opls_236   -0.500     4
87  [ bonds ]
88      N     H
89      N    CA
90     CA   CB1
91     CA   CB2
92     CA     C
93    CB1  HB11
94    CB1  HB12
95    CB1  HB13
96    CB2  HB21
97    CB2  HB22
98    CB2  HB23
99      C     O
100     -C     N
101  [ impropers ]
102     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
103     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
106 [ ARG ]
107  [ atoms ]
108      N    opls_238   -0.500     1       
109      H    opls_241    0.300     1
110     CA    opls_224B   0.140     1 
111     HA    opls_140    0.060     1 
112     CB    opls_136   -0.120     2 
113    HB1    opls_140    0.060     2 
114    HB2    opls_140    0.060     2 
115     CG    opls_308   -0.050     3 
116    HG1    opls_140    0.060     3 
117    HG2    opls_140    0.060     3 
118     CD    opls_307    0.190     4 
119    HD1    opls_140    0.060     4 
120    HD2    opls_140    0.060     4 
121     NE    opls_303   -0.700     5 
122     HE    opls_304    0.440     5 
123     CZ    opls_302    0.640     5 
124    NH1    opls_300   -0.800     6
125   HH11    opls_301    0.460     6
126   HH12    opls_301    0.460     6
127    NH2    opls_300   -0.800     7
128   HH21    opls_301    0.460     7
129   HH22    opls_301    0.460     7
130      C    opls_235    0.500     8
131      O    opls_236   -0.500     8
132  [ bonds ]
133      N     H
134      N    CA
135     CA    HA
136     CA    CB
137     CA     C
138     CB   HB1
139     CB   HB2
140     CB    CG
141     CG   HG1
142     CG   HG2
143     CG    CD
144     CD   HD1
145     CD   HD2
146     CD    NE
147     NE    HE
148     NE    CZ
149     CZ   NH1
150     CZ   NH2
151    NH1  HH11
152    NH1  HH12
153    NH2  HH21
154    NH2  HH22
155      C     O
156     -C     N
157  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
158      N    CA    CB    CG    dih_ARG_chi1_N_C_C_C
159     CG    CB    CA     C    dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
160  [ impropers ]
161     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
162     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
163     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y 
164     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y  
165     CZ  HH11   NH1  HH12    improper_Z_N_X_Y  
166     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y  
168 [ ARGN ]
169  [ atoms ]
170      N    opls_238   -0.500     1
171      H    opls_241    0.300     1
172     CA    opls_224B   0.140     1
173     HA    opls_140    0.060     1
174     CB    opls_136   -0.120     2
175    HB1    opls_140    0.060     2
176    HB2    opls_140    0.060     2
177     CG    opls_308   -0.050     3
178    HG1    opls_140    0.060     3
179    HG2    opls_140    0.060     3
180     CD    opls_748    0.040     4
181    HD1    opls_140    0.060     4
182    HD2    opls_140    0.060     4
183     NE    opls_749   -0.620     5
184     HE    opls_304    0.350     5; guessed charge
185     CZ    opls_752    0.550     6
186    NH1    opls_750   -0.785     6
187    HH1    opls_301    0.340     6; guessed charge  
188    NH2    opls_751   -0.785     7
189   HH21    opls_301    0.360     7; guessed charge  
190   HH22    opls_301    0.360     7; guessed charge
191      C    opls_235    0.500     8
192      O    opls_236   -0.500     8
193  [ bonds ]
194      N     H
195      N    CA
196     CA    HA
197     CA    CB
198     CA     C
199     CB   HB1
200     CB   HB2
201     CB    CG
202     CG   HG1
203     CG   HG2
204     CG    CD
205     CD   HD1
206     CD   HD2
207     CD    NE
208     NE    HE
209     NE    CZ
210     CZ   NH1
211     CZ   NH2
212    NH1   HH1
213    NH2  HH21
214    NH2  HH22
215      C     O
216     -C     N
217  [ impropers ]
218     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
219     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
220     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y 
221     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y 
222     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y 
225 [ ASN ]
226  [ atoms ]
227      N    opls_238   -0.500     0
228      H    opls_241    0.300     0
229     CA    opls_224B   0.140     1
230     HA    opls_140    0.060     1
231     CB    opls_136   -0.120     2
232    HB1    opls_140    0.060     2
233    HB2    opls_140    0.060     2
234     CG    opls_235    0.500     3
235    OD1    opls_236   -0.500     3
236    ND2    opls_237   -0.760     4
237   HD21    opls_240    0.380     4
238   HD22    opls_240    0.380     4
239      C    opls_235    0.500     5
240      O    opls_236   -0.500     5
241  [ bonds ]
242      N     H
243      N    CA
244     CA    HA
245     CA    CB
246     CA     C
247     CB   HB1
248     CB   HB2
249     CB    CG
250     CG   OD1
251     CG   ND2
252    ND2  HD21
253    ND2  HD22
254      C     O
255     -C     N
256  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
257      N    CA    CB    CG     dih_ASN_chi1_N_C_C_C
258     CG    CB    CA     C     dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
259     CA    CB    CG   ND2     dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
260  [ impropers ]
261     -C    CA     N     H     improper_Z_N_X_Y 
262     CA    +N     C     O     improper_O_C_X_Y 
263     CB   ND2    CG   OD1     improper_O_C_X_Y   
264     CG  HD21   ND2  HD22     improper_Z_N_X_Y   
266 [ ASP ]
267  [ atoms ]
268      N    opls_238   -0.500     1
269      H    opls_241    0.300     1
270     CA    opls_224B   0.140     1
271     HA    opls_140    0.060     1
272     CB    opls_274   -0.220     2
273    HB1    opls_140    0.060     2
274    HB2    opls_140    0.060     2
275     CG    opls_271    0.700     3
276    OD1    opls_272   -0.800     3
277    OD2    opls_272   -0.800     3
278      C    opls_235    0.500     4
279      O    opls_236   -0.500     4
280  [ bonds ]
281      N     H
282      N    CA
283     CA    HA
284     CA    CB
285     CA     C
286     CB   HB1
287     CB   HB2
288     CB    CG
289     CG   OD1
290     CG   OD2
291      C     O    
292     -C     N 
293  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
294      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
295     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
296  [ impropers ]
297     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
298     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
299     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y     
301 [ ASPH ]
302  [ atoms ]
303      N    opls_238   -0.500     0  
304      H    opls_241    0.300     0  
305     CA    opls_224B   0.140     1  
306     HA    opls_140    0.060     1  
307     CB    opls_136   -0.120     2
308    HB1    opls_140    0.060     2
309    HB2    opls_140    0.060     2
310     CG    opls_267    0.520     3
311    OD1    opls_269   -0.530     3
312    OD2    opls_268   -0.440     4
313    HD2    opls_270    0.450     4
314      C    opls_235    0.500     5
315      O    opls_236   -0.500     5
316  [ bonds ]
317      N     H
318      N    CA
319     CA    HA
320     CA    CB
321     CA     C
322     CB   HB1
323     CB   HB2
324     CB    CG
325     CG   OD1
326     CG   OD2
327    OD2   HD2
328      C     O
329     -C     N
330  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
331      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
332     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
333     CB    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
334    OD1    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
335  [ impropers ]
336     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
337     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
338     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y     
341 [ CYS2 ] ; aka CYX
342  [ atoms ]
343      N    opls_238   -0.500     1
344      H    opls_241    0.300     1
345     CA    opls_224B   0.140     1
346     HA    opls_140    0.060     1
347     CB    opls_214    0.0975    2
348    HB1    opls_140    0.060     2
349    HB2    opls_140    0.060     2
350     SG    opls_203   -0.2175    2
351      C    opls_235    0.500     3
352      O    opls_236   -0.500     3
353  [ bonds ]
354      N     H
355      N    CA
356     CA    HA
357     CA    CB
358     CA     C
359     CB   HB1
360     CB   HB2
361     CB    SG
362      C     O
363     -C     N
364  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
365      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
366      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
367  [ impropers ]
368     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
369     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
371 [ CYSH ]
372  [ atoms ]
373      N    opls_238   -0.500     1
374      H    opls_241    0.300     1
375     CA    opls_224B   0.140     1
376     HA    opls_140    0.060     1
377     CB    opls_206    0.060     2
378    HB1    opls_140    0.060     2
379    HB2    opls_140    0.060     2
380     SG    opls_200   -0.335     3
381     HG    opls_204    0.155     3
382      C    opls_235    0.500     4
383      O    opls_236   -0.500     4
384  [ bonds ]
385      N     H
386      N    CA
387     CA    HA
388     CA    CB
389     CA     C
390     CB   HB1
391     CB   HB2
392     CB    SG
393     SG    HG
394      C     O
395     -C     N
396  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
397      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
398      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
399  [ impropers ]
400     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
401     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
403 [ GLN ]
404  [ atoms ]
405      N    opls_238   -0.500     0
406      H    opls_241    0.300     0
407     CA    opls_224B   0.140     1
408     HA    opls_140    0.060     1
409     CB    opls_136   -0.120     2
410    HB1    opls_140    0.060     2
411    HB2    opls_140    0.060     2
412     CG    opls_136   -0.120     3
413    HG1    opls_140    0.060     3
414    HG2    opls_140    0.060     3
415     CD    opls_235    0.500     4
416    OE1    opls_236   -0.500     4
417    NE2    opls_237   -0.760     5
418   HE21    opls_240    0.380     5
419   HE22    opls_240    0.380     5
420      C    opls_235    0.500     6
421      O    opls_236   -0.500     6
422  [ bonds ]
423      N     H
424      N    CA
425     CA    HA
426     CA    CB
427     CA     C
428     CB   HB1
429     CB   HB2
430     CB    CG
431     CG   HG1
432     CG   HG2
433     CG    CD
434     CD   OE1
435     CD   NE2
436    NE2  HE21
437    NE2  HE22
438      C     O
439     -C     N
440  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
441      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
442     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
443     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
444  [ impropers ]
445     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
446     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
447     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y  
448     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y        
450 ; Charged Glutamine
451 ; See. Patriksson et al. Int. J. Mass. Spectrom. 248 pp 124-135 (2006)
452 [ QLN ]
453  [ atoms ]
454      N    opls_238   -0.500     0
455      H    opls_241    0.300     0
456     CA    opls_224B   0.140     1
457     HA    opls_140    0.060     1
458     CB    opls_136   -0.120     2
459    HB1    opls_140    0.060     2
460    HB2    opls_140    0.060     2
461     CG    opls_136    0.054     3
462    HG1    opls_140    0.131     3
463    HG2    opls_140    0.131     3
464     CD    opls_235    0.544     4
465    OE1    opls_154   -0.496     4
466    HE1    opls_155    0.498     4
467    NE2    opls_237   -0.720     5
468   HE21    opls_240    0.429     5
469   HE22    opls_240    0.429     5
470      C    opls_235    0.500     6
471      O    opls_236   -0.500     6
472  [ bonds ]
473      N     H
474      N    CA
475     CA    HA
476     CA    CB
477     CA     C
478     CB   HB1
479     CB   HB2
480     CB    CG
481     CG   HG1
482     CG   HG2
483     CG    CD
484     CD   OE1
485    OE1   HE1
486     CD   NE2
487    NE2  HE21
488    NE2  HE22
489      C     O
490     -C     N
491  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
492      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
493     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
494     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
495     CG    CD    OE1  HE1    dih_GLN_chi4_C_C_O_H
496  [ impropers ]
497     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
498     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
499     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y  
500     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y        
501     HE1  OE1    CD   NE2    improper_O_C_X_Y  
504 [ GLU ]
505  [ atoms ]
506      N    opls_238   -0.500     1
507      H    opls_241    0.300     1
508     CA    opls_224B   0.140     1
509     HA    opls_140    0.060     1
510     CB    opls_136   -0.120     2
511    HB1    opls_140    0.060     2
512    HB2    opls_140    0.060     2
513     CG    opls_274   -0.220     3
514    HG1    opls_140    0.060     3
515    HG2    opls_140    0.060     3
516     CD    opls_271    0.700     4
517    OE1    opls_272   -0.800     4
518    OE2    opls_272   -0.800     4
519      C    opls_235    0.500     5
520      O    opls_236   -0.500     5
521  [ bonds ]
522      N     H
523      N    CA
524     CA    HA
525     CA    CB
526     CA     C
527     CB   HB1
528     CB   HB2
529     CB    CG
530     CG   HG1
531     CG   HG2
532     CG    CD
533     CD   OE1
534     CD   OE2
535      C     O
536     -C     N
537  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
538      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
539     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
540  [ impropers ]
541     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
542     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
543     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y   
546 [ PGLU ]
547  [ atoms ]
548      N    opls_238   -0.500     1
549      H    opls_241    0.300     1
550     CA    opls_224B   0.140     1
551     HA    opls_140    0.060     1
552     CB    opls_136   -0.120     2
553    HB1    opls_140    0.060     2
554    HB2    opls_140    0.060     2
555     CG    opls_274   -0.120     3
556    HG1    opls_140    0.060     3
557    HG2    opls_140    0.060     3
558     CD    opls_235    0.500     4
559     OE    opls_236   -0.500     4
560      C    opls_235    0.500     5
561      O    opls_236   -0.500     5
562  [ bonds ]
563      N     H
564      N    CA
565     CA    HA
566     CA    CB
567     CA     C
568     CB   HB1
569     CB   HB2
570     CB    CG
571     CG   HG1
572     CG   HG2
573     CG    CD
574     CD    OE
575     CD     N
576      C     O
577     -C     N
578  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
579      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
580     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
581  [ impropers ]
582     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
583     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
584 ;    CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y   
587 [ GLUH ]
588  [ atoms ]
589      N    opls_238   -0.500     1
590      H    opls_241    0.300     1
591     CA    opls_224B   0.140     1
592     HA    opls_140    0.060     1
593     CB    opls_136   -0.120     2
594    HB1    opls_140    0.060     2
595    HB2    opls_140    0.060     2
596     CG    opls_136   -0.120     3
597    HG1    opls_140    0.060     3
598    HG2    opls_140    0.060     3
599     CD    opls_267    0.520     4
600    OE1    opls_269   -0.440     4
601    OE2    opls_268   -0.530     5
602    HE2    opls_270    0.450     5
603      C    opls_235    0.500     6
604      O    opls_236   -0.500     6
605  [ bonds ]
606      N     H
607      N    CA
608     CA    HA
609     CA    CB
610     CA     C
611     CB   HB1
612     CB   HB2
613     CB    CG
614     CG   HG1
615     CG   HG2
616     CG    CD
617     CD   OE1
618     CD   OE2
619    OE2   HE2
620      C     O
621     -C     N
622  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
623      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
624     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
625     CG    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
626    OE1    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
627  [ impropers ]
628     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
629     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
630     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y   
633 [ GLY ]
634  [ atoms ]
635      N    opls_238   -0.500     1
636      H    opls_241    0.300     1
637     CA    opls_223B   0.080     1
638    HA1    opls_140    0.060     1
639    HA2    opls_140    0.060     1
640      C    opls_235    0.500     2
641      O    opls_236   -0.500     2
642  [ bonds ]
643      N     H
644      N    CA
645     CA   HA1
646     CA   HA2
647     CA     C
648      C     O
649     -C     N
650  [ impropers ]
651     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
652     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
655 [ HISA ]   ; HISD in OPLS terminology
656  [ atoms ]
657      N    opls_238   -0.500     1
658      H    opls_241    0.300     1
659     CA    opls_224B   0.140     1
660     HA    opls_140    0.060     1
661     CB    opls_505   -0.297     2 
662    HB1    opls_140    0.060     2 
663    HB2    opls_140    0.060     2 
664     CG    opls_508   -0.261     3
665    ND1    opls_503   -0.291     4
666    HD1    opls_504    0.326     4
667    CD2    opls_507    0.504     5
668    HD2    opls_146    0.183     5
669    CE1    opls_506    0.182     6
670    HE1    opls_146    0.098     6
671    NE2    opls_511   -0.564     7
672      C    opls_235    0.500     8
673      O    opls_236   -0.500     8
674  [ bonds ]
675      N     H
676      N    CA
677     CA    HA
678     CA    CB
679     CA     C
680     CB   HB1
681     CB   HB2
682     CB    CG
683     CG   ND1
684     CG   CD2
685    ND1   HD1
686    ND1   CE1
687    CD2   HD2
688    CD2   NE2
689    CE1   HE1
690    CE1   NE2
691      C     O
692     -C     N
693  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
694      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
695     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
696     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
697  [ impropers ]
698     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
699     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
700    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y 
701     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y  
702     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
703    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y 
706 [ HIS1 ]   ; Identical to HISA
707  [ atoms ]
708      N    opls_238   -0.500     1
709      H    opls_241    0.300     1
710     CA    opls_224B   0.140     1
711     HA    opls_140    0.060     1
712     CB    opls_505   -0.297     2 
713    HB1    opls_140    0.060     2 
714    HB2    opls_140    0.060     2 
715     CG    opls_508   -0.261     3
716    ND1    opls_503   -0.291     4
717    HD1    opls_504    0.326     4
718    CD2    opls_507    0.504     5
719    HD2    opls_146    0.183     5
720    CE1    opls_506    0.182     6
721    HE1    opls_146    0.098     6
722    NE2    opls_511   -0.564     7
723      C    opls_235    0.500     8
724      O    opls_236   -0.500     8
725  [ bonds ]
726      N     H
727      N    CA
728     CA    HA
729     CA    CB
730     CA     C
731     CB   HB1
732     CB   HB2
733     CB    CG
734     CG   ND1
735     CG   CD2
736    ND1   HD1
737    ND1   CE1
738    CD2   HD2
739    CD2   NE2
740    CE1   HE1
741    CE1   NE2
742      C     O
743     -C     N
744  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
745      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
746     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
747     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
748  [ impropers ]
749     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
750     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
751    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y 
752     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y  
753     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
754    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y 
757 [ HISB ]   ; HISE in OPLS terminology
758  [ atoms ]
759      N    opls_238   -0.500     1
760      H    opls_241    0.300     1
761     CA    opls_224B   0.140     1
762     HA    opls_140    0.060     1
763     CB    opls_505   -0.297     2
764    HB1    opls_140    0.060     2
765    HB2    opls_140    0.060     2
766     CG    opls_507    0.504     3
767    ND1    opls_511   -0.564     3
768    CD2    opls_508   -0.261     4
769    HD2    opls_146    0.183     4 
770    CE1    opls_506    0.182     5
771    HE1    opls_146    0.098     5
772    NE2    opls_503   -0.291     6
773    HE2    opls_504    0.326     6
774      C    opls_235    0.500     7
775      O    opls_236   -0.500     7
776  [ bonds ]
777      N     H
778      N    CA
779     CA    HA
780     CA    CB
781     CA     C
782     CB   HB1
783     CB   HB2
784     CB    CG
785     CG   ND1
786     CG   CD2
787    ND1   CE1
788    CD2   HD2
789    CD2   NE2
790    CE1   HE1
791    CE1   NE2
792    NE2   HE2
793      C     O
794     -C     N
795  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
796      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
797     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
798     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
799  [ impropers ]
800     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
801     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
802    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y  
803     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
804    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y        
805    ND1   CD2   CG     CB    improper_Z_CA_X_Y     
808 [ HISH ]  ; also known as HISP (or HIS+)
809  [ atoms ]
810      N    opls_238   -0.500     1
811      H    opls_241    0.300     1
812     CA    opls_224B   0.140     1
813     HA    opls_140    0.060     1
814     CB    opls_505   -0.005     2 
815    HB1    opls_140    0.060     2
816    HB2    opls_140    0.060     2
817     CG    opls_510    0.215     3 
818    ND1    opls_512   -0.540     4
819    HD1    opls_513    0.460     4 
820    CD2    opls_510    0.215     5 
821    HD2    opls_146    0.115     5 
822    CE1    opls_509    0.385     6 
823    HE1    opls_146    0.115     6 
824    NE2    opls_512   -0.540     7 
825    HE2    opls_513    0.460     7 
826      C    opls_235    0.500     8
827      O    opls_236   -0.500     8
828  [ bonds ]
829      N     H
830      N    CA
831     CA    HA
832     CA    CB
833     CA     C
834     CB   HB1
835     CB   HB2
836     CB    CG
837     CG   ND1
838     CG   CD2
839    ND1   HD1
840    ND1   CE1
841    CD2   HD2
842    CD2   NE2
843    CE1   HE1
844    CE1   NE2
845    NE2   HE2
846      C     O
847     -C     N
848  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
849      N    CA    CB    CG    dih_HIP_chi1_N_C_C_C
850     CG    CB    CA     C    dih_HIP_chi1_C_C_C_CO
851  [ impropers ]
852     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
853     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
854     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y       
855    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y  
856     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
857    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y 
858    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y     
861 [ HOH ] 
862 ; We believe SPC has slightly better properties than TIP3P...
863  [ atoms ]
864     OW   opls_116   -0.82      0
865    HW1   opls_117    0.41      0
866    HW2   opls_117    0.41      0
867  [ bonds ]
868     OW   HW1
869     OW   HW2
871 [ HO4 ] 
872 ; TIP4P For software reasons, the MW particle should be called HW as well
873  [ atoms ]
874     OW   opls_113    0.00      0
875    HW1   opls_114    0.52      0
876    HW2   opls_114    0.52      0
877    HW3   opls_115   -1.04      0
878  [ bonds ]
879     OW   HW1
880     OW   HW2
881 ; Superfluous bonds are necessary to make pdb2gmx happy    
882     OW   HW3
884 [ HO5 ] 
885 ; TIP5P. For software reasons, the lone pairs should be called HW as well
886  [ atoms ]
887    HW1   opls_119    0.248     0
888    HW2   opls_119    0.248     0
889    HW3   opls_120   -0.248     0
890    HW4   opls_120   -0.248     0
891     OW   opls_118    0.00      0
892  [ bonds ]
893     OW   HW1
894     OW   HW2
895 ; Superfluous bonds are necessary to make pdb2gmx happy    
896     OW   HW3
897     OW   HW4
899 [ ILE ]
900  [ atoms ]
901      N    opls_238   -0.500     1
902      H    opls_241    0.300     1
903     CA    opls_224B   0.140     1
904     HA    opls_140    0.060     1
905     CB    opls_137   -0.060     2
906     HB    opls_140    0.060     2
907    CG1    opls_136   -0.120     3
908   HG11    opls_140    0.060     3
909   HG12    opls_140    0.060     3
910    CG2    opls_135   -0.180     4
911   HG21    opls_140    0.060     4
912   HG22    opls_140    0.060     4
913   HG23    opls_140    0.060     4
914     CD    opls_135   -0.180     5
915    HD1    opls_140    0.060     5
916    HD2    opls_140    0.060     5
917    HD3    opls_140    0.060     5
918      C    opls_235    0.500     6
919      O    opls_236   -0.500     6
920  [ bonds ]
921      N     H
922      N    CA
923     CA    HA
924     CA    CB
925     CA     C
926     CB    HB
927     CB   CG1
928     CB   CG2
929    CG1  HG11
930    CG1  HG12
931    CG1    CD
932    CG2  HG21
933    CG2  HG22
934    CG2  HG23
935     CD   HD1
936     CD   HD2
937     CD   HD3
938      C     O
939     -C     N
940  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
941      N    CA    CB   CG1    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
942      N    CA    CB   CG2    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
943    CG1    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
944    CG2    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
945  [ impropers ]
946     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
947     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
949 [ LEU ]
950  [ atoms ]
951      N    opls_238   -0.500     1
952      H    opls_241    0.300     1
953     CA    opls_224B   0.140     1
954     HA    opls_140    0.060     1
955     CB    opls_136   -0.120     2
956    HB1    opls_140    0.060     2
957    HB2    opls_140    0.060     2
958     CG    opls_137   -0.060     3
959     HG    opls_140    0.060     3
960    CD1    opls_135   -0.180     4
961   HD11    opls_140    0.060     4
962   HD12    opls_140    0.060     4
963   HD13    opls_140    0.060     4
964    CD2    opls_135   -0.180     5
965   HD21    opls_140    0.060     5
966   HD22    opls_140    0.060     5
967   HD23    opls_140    0.060     5
968      C    opls_235    0.500     6
969      O    opls_236   -0.500     6
970  [ bonds ]
971      N     H
972      N    CA
973     CA    HA
974     CA    CB
975     CA     C
976     CB   HB1
977     CB   HB2
978     CB    CG
979     CG    HG
980     CG   CD1
981     CG   CD2
982    CD1  HD11
983    CD1  HD12
984    CD1  HD13
985    CD2  HD21
986    CD2  HD22
987    CD2  HD23
988      C     O
989     -C     N
990  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
991      N    CA    CB    CG    dih_LEU_chi1_N_C_C_C
992     CG    CB    CA     C    dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
993  [ impropers ]
994     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
995     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
997 [ LYS ]
998  [ atoms ]
999      N    opls_238   -0.500     1
1000      H    opls_241    0.300     1
1001     CA    opls_224B   0.140     1
1002     HA    opls_140    0.060     1
1003     CB    opls_136   -0.120     2
1004    HB1    opls_140    0.060     2
1005    HB2    opls_140    0.060     2
1006     CG    opls_136   -0.120     3
1007    HG1    opls_140    0.060     3
1008    HG2    opls_140    0.060     3
1009     CD    opls_136   -0.120     4
1010    HD1    opls_140    0.060     4
1011    HD2    opls_140    0.060     4
1012     CE    opls_906    0.060     5
1013    HE1    opls_911    0.060     5
1014    HE2    opls_911    0.060     5
1015     NZ    opls_900   -0.900     6 
1016    HZ1    opls_909    0.360     6 
1017    HZ2    opls_909    0.360     6 
1018      C    opls_235    0.500     7
1019      O    opls_236   -0.500     7
1020  [ bonds ]
1021      N     H
1022      N    CA
1023     CA    HA
1024     CA    CB
1025     CA     C
1026     CB   HB1
1027     CB   HB2
1028     CB    CG
1029     CG   HG1
1030     CG   HG2
1031     CG    CD
1032     CD   HD1
1033     CD   HD2
1034     CD    CE
1035     CE   HE1
1036     CE   HE2
1037     CE    NZ
1038     NZ   HZ1
1039     NZ   HZ2
1040      C     O
1041     -C     N
1042  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1043      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1044     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1045     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1046     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1047  [ impropers ]
1048     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1049     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1052 [ LYSH ]
1053  [ atoms ]
1054      N    opls_238   -0.500     1
1055      H    opls_241    0.300     1
1056     CA    opls_224B   0.140     1
1057     HA    opls_140    0.060     1
1058     CB    opls_136   -0.120     2
1059    HB1    opls_140    0.060     2
1060    HB2    opls_140    0.060     2
1061     CG    opls_136   -0.120     3
1062    HG1    opls_140    0.060     3
1063    HG2    opls_140    0.060     3
1064     CD    opls_136   -0.120     4
1065    HD1    opls_140    0.060     4
1066    HD2    opls_140    0.060     4
1067     CE    opls_292    0.190     5
1068    HE1    opls_140    0.060     5
1069    HE2    opls_140    0.060     5
1070     NZ    opls_287   -0.300     6
1071    HZ1    opls_290    0.330     6
1072    HZ2    opls_290    0.330     6
1073    HZ3    opls_290    0.330     6
1074      C    opls_235    0.500     7
1075      O    opls_236   -0.500     7
1076  [ bonds ]
1077      N     H
1078      N    CA
1079     CA    HA
1080     CA    CB
1081     CA     C
1082     CB   HB1
1083     CB   HB2
1084     CB    CG
1085     CG   HG1
1086     CG   HG2
1087     CG    CD
1088     CD   HD1
1089     CD   HD2
1090     CD    CE
1091     CE   HE1
1092     CE   HE2
1093     CE    NZ
1094     NZ   HZ1
1095     NZ   HZ2
1096     NZ   HZ3
1097      C     O
1098     -C     N
1099  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1100      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1101     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1102     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1103     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1104     CD    CE    NZ   HZ3    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1105  [ impropers ]
1106     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1107     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1110 [ MET ]
1111  [ atoms ]
1112      N    opls_238   -0.500     1
1113      H    opls_241    0.300     1
1114     CA    opls_224B   0.140     1
1115     HA    opls_140    0.060     1
1116     CB    opls_136   -0.120     2
1117    HB1    opls_140    0.060     2
1118    HB2    opls_140    0.060     2
1119     CG    opls_210    0.048     3
1120    HG1    opls_140    0.060     3
1121    HG2    opls_140    0.060     3
1122     SD    opls_202   -0.335     4
1123     CE    opls_209   -0.013     5
1124    HE1    opls_140    0.060     5
1125    HE2    opls_140    0.060     5
1126    HE3    opls_140    0.060     5
1127      C    opls_235    0.500     6
1128      O    opls_236   -0.500     6
1129  [ bonds ]
1130      N     H
1131      N    CA
1132     CA    HA
1133     CA    CB
1134     CA     C
1135     CB   HB1
1136     CB   HB2
1137     CB    CG
1138     CG   HG1
1139     CG   HG2
1140     CG    SD
1141     SD    CE
1142     CE   HE1
1143     CE   HE2
1144     CE   HE3
1145      C     O
1146     -C     N
1147  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1148      N    CA    CB    CG    dih_MET_chi1_N_C_C_C
1149     CG    CB    CA     C    dih_MET_chi1_C_C_C_CO
1150   [ impropers ]
1151     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1152     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1155 [ NAC ] ; metylamide, a.k.a NMA.
1156  [ atoms ]
1157      N    opls_238   -0.500     1
1158      H    opls_241    0.300     1
1159    CH3    opls_242    0.020     2
1160   HH31    opls_140    0.060     2
1161   HH32    opls_140    0.060     2
1162   HH33    opls_140    0.060     2
1163  [ bonds ]
1164      N     H
1165      N   CH3
1166    CH3  HH31
1167    CH3  HH32
1168    CH3  HH33
1169     -C     N
1170  [ impropers ]
1171     -C    CH3     N    H      improper_Z_N_X_Y   
1174 [ NH2 ]
1175  [ atoms ]
1176      N     opls_237  -0.760     1
1177     H1     opls_240   0.380     1
1178     H2     opls_240   0.380     1
1179  [ bonds ]
1180     -C     N
1181      N     H1
1182      N     H2
1183  [ impropers ]
1184     -C     H1    N      H2       improper_Z_N_X_Y 
1186 [ NHE ] 
1187 ; same as NH2
1188  [ atoms ]
1189      N     opls_237  -0.760     1
1190     H1     opls_240   0.380     1
1191     H2     opls_240   0.380     1
1192  [ bonds ]
1193     -C     N
1194      N     H1
1195      N     H2
1196  [ impropers ]
1197     -C     H1     N     H2       improper_Z_N_X_Y 
1199 [ PHE ]
1200  [ atoms ]
1201      N    opls_238   -0.500     1
1202      H    opls_241    0.300     1
1203     CA    opls_224B   0.140     1
1204     HA    opls_140    0.060     1
1205     CB    opls_149   -0.005     2
1206    HB1    opls_140    0.060     2
1207    HB2    opls_140    0.060     2
1208     CG    opls_145   -0.115     2
1209    CD1    opls_145   -0.115     3
1210    HD1    opls_146    0.115     3
1211    CD2    opls_145   -0.115     4
1212    HD2    opls_146    0.115     4
1213    CE1    opls_145   -0.115     5
1214    HE1    opls_146    0.115     5
1215    CE2    opls_145   -0.115     6
1216    HE2    opls_146    0.115     6 
1217     CZ    opls_145   -0.115     7 
1218     HZ    opls_146    0.115     7
1219      C    opls_235    0.500     8
1220      O    opls_236   -0.500     8
1221  [ bonds ]
1222      N     H
1223      N    CA
1224     CA    HA
1225     CA    CB
1226     CA     C
1227     CB   HB1
1228     CB   HB2
1229     CB    CG
1230     CG   CD1
1231     CG   CD2
1232    CD1   HD1
1233    CD1   CE1
1234    CD2   HD2
1235    CD2   CE2
1236    CE1   HE1
1237    CE1    CZ
1238    CE2   HE2
1239    CE2    CZ
1240     CZ    HZ
1241      C     O
1242     -C     N
1243  [ impropers ]
1244     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
1245     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
1246     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
1247    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y 
1248    CE1   CE2    CZ    HZ    improper_Z_CA_X_Y 
1249    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y 
1250     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y 
1251    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y     
1254 [ PRO ]
1255  [ atoms ]
1256      N    opls_239   -0.140     1
1257     CA    opls_246    0.010     1
1258     HA    opls_140    0.060     1
1259     CB    opls_136   -0.120     2
1260    HB1    opls_140    0.060     2
1261    HB2    opls_140    0.060     2
1262     CG    opls_136   -0.120     3
1263    HG1    opls_140    0.060     3
1264    HG2    opls_140    0.060     3
1265     CD    opls_245   -0.050     4
1266    HD1    opls_140    0.060     4
1267    HD2    opls_140    0.060     4
1268      C    opls_235    0.500     5
1269      O    opls_236   -0.500     5
1270  [ bonds ]
1271      N    CA
1272     CA    HA
1273     CA    CB
1274     CA     C
1275     CB   HB1
1276     CB   HB2
1277     CB    CG
1278     CG   HG1
1279     CG   HG2
1280     CG    CD
1281     CD   HD1
1282     CD   HD2
1283     CD     N
1284      C     O
1285     -C     N
1286  [ impropers ]
1287     -C    CA     N    CD    improper_Z_N_X_Y 
1288     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1289      
1291 [ SER ]
1292  [ atoms ]
1293      N    opls_238   -0.500     1
1294      H    opls_241    0.300     1
1295     CA    opls_224B   0.140     1
1296     HA    opls_140    0.060     1
1297     CB    opls_157    0.145     2
1298    HB1    opls_140    0.060     2
1299    HB2    opls_140    0.060     2
1300     OG    opls_154   -0.683     3
1301     HG    opls_155    0.418     3
1302      C    opls_235    0.500     4
1303      O    opls_236   -0.500     4
1304  [ bonds ]
1305      N     H
1306      N    CA
1307     CA    HA
1308     CA    CB
1309     CA     C
1310     CB   HB1
1311     CB   HB2
1312     CB    OG
1313     OG    HG
1314      C     O
1315     -C     N
1316  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1317      N    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1318      C    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1319     CA    CB    OG    HG    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1320  [ impropers ]
1321     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1322     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1325 [ THR ]
1326  [ atoms ]
1327      N    opls_238   -0.500     1
1328      H    opls_241    0.300     1
1329     CA    opls_224B   0.140     1
1330     HA    opls_140    0.060     1
1331     CB    opls_158    0.205     2
1332     HB    opls_140    0.060     2
1333    OG1    opls_154   -0.683     2
1334    HG1    opls_155    0.418     2
1335    CG2    opls_135   -0.180     3
1336   HG21    opls_140    0.060     3
1337   HG22    opls_140    0.060     3
1338   HG23    opls_140    0.060     3
1339      C    opls_235    0.500     4
1340      O    opls_236   -0.500     4
1341  [ bonds ]
1342      N     H
1343      N    CA
1344     CA    HA
1345     CA    CB
1346     CA     C
1347     CB    HB
1348     CB   OG1
1349     CB   CG2
1350    OG1   HG1
1351    CG2  HG21
1352    CG2  HG22
1353    CG2  HG23
1354      C     O
1355     -C     N
1356  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1357      N    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1358      C    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1359     CA    CB   OG1   HG1    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1360  [ impropers ]
1361     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1362     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1364   
1365 [ TRP ]
1366  [ atoms ]
1367      N    opls_238   -0.500     1
1368      H    opls_241    0.300     1
1369     CA    opls_224B   0.140     1
1370     HA    opls_140    0.060     1
1371     CB    opls_136   -0.120     2
1372    HB1    opls_140    0.060     2
1373    HB2    opls_140    0.060     2
1374     CG    opls_500    0.075     3  
1375    CD1    opls_514   -0.115     4 
1376    HD1    opls_146    0.115     4  
1377    CD2    opls_501   -0.055     5
1378    NE1    opls_503   -0.570     6  
1379    HE1    opls_504    0.420     6  
1380    CE2    opls_502    0.130     6
1381    CE3    opls_145   -0.115     7  
1382    HE3    opls_146    0.115     7  
1383    CZ2    opls_145   -0.115     8  
1384    HZ2    opls_146    0.115     8   
1385    CZ3    opls_145   -0.115     9  
1386    HZ3    opls_146    0.115     9  
1387    CH2    opls_145   -0.115     10  
1388    HH2    opls_146    0.115     10 
1389      C    opls_235    0.500     11
1390      O    opls_236   -0.500     11
1391  [ bonds ]
1392      N     H
1393      N    CA
1394     CA    HA
1395     CA    CB
1396     CA     C
1397     CB   HB1
1398     CB   HB2
1399     CB    CG
1400     CG   CD1
1401     CG   CD2
1402    CD1   HD1
1403    CD1   NE1
1404    CD2   CE2
1405    CD2   CE3
1406    NE1   HE1
1407    NE1   CE2
1408    CE2   CZ2
1409    CE3   HE3
1410    CE3   CZ3
1411    CZ2   HZ2
1412    CZ2   CH2
1413    CZ3   HZ3
1414    CZ3   CH2
1415    CH2   HH2
1416      C     O
1417     -C     N
1418  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1419      N    CA    CB    CG    dih_TRP_chi1_N_C_C_C
1420     CG    CB    CA     C    dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
1421  [ impropers ]
1422     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
1423     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
1424    CD1   CE2   NE1   HE1    improper_Z_N_X_Y   
1425    CE2   CH2   CZ2   HZ2    improper_Z_CA_X_Y 
1426    CZ2   CZ3   CH2   HH2    improper_Z_CA_X_Y 
1427    CH2   CE3   CZ3   HZ3    improper_Z_CA_X_Y 
1428    CZ3   CD2   CE3   HE3    improper_Z_CA_X_Y 
1429     CG   NE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y 
1430    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y   
1433 [ TYR ]
1434  [ atoms ]
1435      N    opls_238   -0.500     1
1436      H    opls_241    0.300     1
1437     CA    opls_224B   0.140     1
1438     HA    opls_140    0.060     1
1439     CB    opls_149   -0.005     2
1440    HB1    opls_140    0.060     2
1441    HB2    opls_140    0.060     2
1442     CG    opls_145   -0.115     2
1443    CD1    opls_145   -0.115     4
1444    HD1    opls_146    0.115     4
1445    CD2    opls_145   -0.115     5
1446    HD2    opls_146    0.115     5
1447    CE1    opls_145   -0.115     6
1448    HE1    opls_146    0.115     6
1449    CE2    opls_145   -0.115     7
1450    HE2    opls_146    0.115     7
1451     CZ    opls_166    0.150     8
1452     OH    opls_167   -0.585     8
1453     HH    opls_168    0.435     8
1454      C    opls_235    0.500     9
1455      O    opls_236   -0.500     9
1456  [ bonds ]
1457      N     H
1458      N    CA
1459     CA    HA
1460     CA    CB
1461     CA     C
1462     CB   HB1
1463     CB   HB2
1464     CB    CG
1465     CG   CD1
1466     CG   CD2
1467    CD1   HD1
1468    CD1   CE1
1469    CD2   HD2
1470    CD2   CE2
1471    CE1   HE1
1472    CE1    CZ
1473    CE2   HE2
1474    CE2    CZ
1475     CZ    OH
1476     OH    HH
1477      C     O
1478     -C     N
1479  [ impropers ]
1480     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y  
1481     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y  
1482     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y 
1483    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y 
1484    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y 
1485     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y 
1486    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y 
1487    CE1   CE2    CZ    OH    improper_Z_CA_X_Y 
1490 [ VAL ]
1491  [ atoms ]
1492      N    opls_238   -0.500     1
1493      H    opls_241    0.300     1
1494     CA    opls_224B   0.140     1
1495     HA    opls_140    0.060     1
1496     CB    opls_137   -0.060     2
1497     HB    opls_140    0.060     2
1498    CG1    opls_135   -0.180     3
1499   HG11    opls_140    0.060     3
1500   HG12    opls_140    0.060     3
1501   HG13    opls_140    0.060     3
1502    CG2    opls_135   -0.180     4
1503   HG21    opls_140    0.060     4
1504   HG22    opls_140    0.060     4
1505   HG23    opls_140    0.060     4
1506      C    opls_235    0.500     5
1507      O    opls_236   -0.500     5
1508  [ bonds ]
1509      N     H
1510      N    CA
1511     CA    HA
1512     CA    CB
1513     CA     C
1514     CB    HB
1515     CB   CG1
1516     CB   CG2
1517    CG1  HG11
1518    CG1  HG12
1519    CG1  HG13
1520    CG2  HG21
1521    CG2  HG22
1522    CG2  HG23
1523      C     O
1524     -C     N
1525  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1526     N    CA    CB    CG1    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1527     N    CA    CB    CG2    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1528    CG1    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1529    CG2    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1530  [ impropers ]
1531     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y 
1532     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y 
1535 [ F ]
1536  [ atoms ]
1537     F    opls_400  -1.000     0
1539 [ CL ]
1540  [ atoms ]
1541     CL   opls_401  -1.000     0
1543 [ BR ]
1544  [ atoms ]
1545     BR   opls_402  -1.000     0
1548 ; Aqvists cation parameters
1550 [ LI ]
1551  [ atoms ]
1552     LI   opls_406   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_404
1554 [ NA ]
1555  [ atoms ]
1556     NA   opls_407   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_405
1558 [ K ]
1559  [ atoms ]
1560     K    opls_408   1.000     0
1562 [ RB ]
1563  [ atoms ]
1564     RB   opls_409   1.000     0
1566 [ CS ]
1567  [ atoms ]
1568     CS   opls_410   1.000     0
1570 [ MG ]
1571  [ atoms ]
1572     MG   opls_411   2.000     0
1574 [ CA ]
1575  [ atoms ]
1576     CA   opls_412   2.000     0
1578 [ SR ]
1579  [ atoms ]
1580     SR   opls_413   2.000     0
1582 [ BA ]
1583  [ atoms ]
1584     BA   opls_414   2.000     0
1586 ; Metal ions 
1587 [ CU ]
1588  [ atoms ]
1589     CU   Cu2+       2.000     0
1591 [ FE ]
1592  [ atoms ]
1593     FE   Fe2+       2.000     0
1595 [ ZN ]
1596  [ atoms ]
1597     ZN   Zn2+       2.000     0
1599 ; And argon...
1600 [ Ar ]
1601  [ atoms ]
1602     Ar     Ar       0.000     0
1605 ; Ethanol - CA is the carbon bound to the OH group
1606 [ EtOH ]
1607  [ atoms ]
1608     CB   opls_135    -0.180    1
1609    HB1   opls_140     0.060    1
1610    HB2   opls_140     0.060    1
1611    HB3   opls_140     0.060    1
1612     CA   opls_157     0.145    2
1613    HA1   opls_140     0.060    2
1614    HA2   opls_140     0.060    2
1615     OH   opls_154    -0.683    2
1616     HO   opls_155     0.418    2
1617  [ bonds ]
1618    CB    HB1
1619    CB    HB2
1620    CB    HB3
1621    CB    CA
1622    CA    HA1
1623    CA    HA2
1624    CA    OH
1625    OH    HO
1627 ; New All atom DMSO model, DvdS, 17/06/2006
1628 ; Use at your own risk!
1629 [ DMSO  ]
1630  [ atoms ]
1631 OD          opls_125    -0.459      1
1632 SD          opls_124     0.139      1
1633 CD1         opls_139    -0.020      1
1634 HD11        opls_140     0.060      1
1635 HD12        opls_140     0.060      1
1636 HD13        opls_140     0.060      1
1637 CD2         opls_139    -0.020      1
1638 HD21        opls_140     0.060      1
1639 HD22        opls_140     0.060      1
1640 HD23        opls_140     0.060      1
1642  [ bonds ]
1643     OD     SD  
1644     SD     CD1 
1645     SD     CD2 
1646     CD1    HD11
1647     CD1    HD12
1648     CD1    HD13
1649     CD2    HD21
1650     CD2    HD22
1651     CD2    HD23