man/man1/g_covar.1

   1 .TH g_covar 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_covar - calculates and diagonalizes the covariance matrix
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_covar\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " eigenval.xvg "
  12 .BI "-v" " eigenvec.trr "
  13 .BI "-av" " average.pdb "
  14 .BI "-l" " covar.log "
  15 .BI "-ascii" " covar.dat "
  16 .BI "-xpm" " covar.xpm "
  17 .BI "-xpma" " covara.xpm "
  18 .BI "-[no]h" ""
  19 .BI "-nice" " int "
  20 .BI "-b" " time "
  21 .BI "-e" " time "
  22 .BI "-dt" " time "
  23 .BI "-tu" " enum "
  24 .BI "-[no]xvgr" ""
  25 .BI "-[no]fit" ""
  26 .BI "-[no]ref" ""
  27 .BI "-[no]mwa" ""
  28 .BI "-last" " int "
  29 .BI "-[no]pbc" ""
  30 .SH DESCRIPTION
  31
  32 .B g_covar
  33 calculates and diagonalizes the (mass-weighted)
  34 covariance matrix.
  35 All structures are fitted to the structure in the structure file.
  36 When this is not a run input file periodicity will not be taken into
  37 account. When the fit and analysis groups are identical and the analysis
  38 is non mass-weighted, the fit will also be non mass-weighted.
  39
  40
  41
  42 The eigenvectors are written to a trajectory file (
  43 .B -v
  44 ).
  45 When the same atoms are used for the fit and the covariance analysis,
  46 the reference structure for the fit is written first with t=-1.
  47 The average (or reference when
  48 .B -ref
  49 is used) structure is
  50 written with t=0, the eigenvectors
  51 are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  52
  53
  54
  55 The eigenvectors can be analyzed with
  56 .B g_anaeig
  57 .
  58
  59
  60
  61 Option
  62 .B -ascii
  63 writes the whole covariance matrix to
  64 an ASCII file. The order of the elements is: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
  65
  66
  67
  68 Option
  69 .B -xpm
  70 writes the whole covariance matrix to an xpm file.
  71
  72
  73
  74 Option
  75 .B -xpma
  76 writes the atomic covariance matrix to an xpm file,
  77 i.e. for each atom pair the sum of the xx, yy and zz covariances is
  78 written.
  79 .SH FILES
  80 .BI "-f" " traj.xtc"
  81 .B Input
  82  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  83
  84 .BI "-s" " topol.tpr"
  85 .B Input
  86  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  87
  88 .BI "-n" " index.ndx"
  89 .B Input, Opt.
  90  Index file
  91
  92 .BI "-o" " eigenval.xvg"
  93 .B Output
  94  xvgr/xmgr file
  95
  96 .BI "-v" " eigenvec.trr"
  97 .B Output
  98  Full precision trajectory: trr trj cpt
  99
 100 .BI "-av" " average.pdb"
 101 .B Output
 102  Structure file: gro g96 pdb
 103
 104 .BI "-l" " covar.log"
 105 .B Output
 106  Log file
 107
 108 .BI "-ascii" " covar.dat"
 109 .B Output, Opt.
 110  Generic data file
 111
 112 .BI "-xpm" " covar.xpm"
 113 .B Output, Opt.
 114  X PixMap compatible matrix file
 115
 116 .BI "-xpma" " covara.xpm"
 117 .B Output, Opt.
 118  X PixMap compatible matrix file
 119
 120 .SH OTHER OPTIONS
 121 .BI "-[no]h"  "no    "
 122  Print help info and quit
 123
 124 .BI "-nice"  " int" " 19"
 125  Set the nicelevel
 126
 127 .BI "-b"  " time" " 0     "
 128  First frame (ps) to read from trajectory
 129
 130 .BI "-e"  " time" " 0     "
 131  Last frame (ps) to read from trajectory
 132
 133 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 134  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 135
 136 .BI "-tu"  " enum" " ps"
 137  Time unit:
 138 .B ps
 139 ,
 140 .B fs
 141 ,
 142 .B ns
 143 ,
 144 .B us
 145 ,
 146 .B ms
 147 or
 148 .B s
 149
 150
 151 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 152  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 153
 154 .BI "-[no]fit"  "yes   "
 155  Fit to a reference structure
 156
 157 .BI "-[no]ref"  "no    "
 158  Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average
 159
 160 .BI "-[no]mwa"  "no    "
 161  Mass-weighted covariance analysis
 162
 163 .BI "-last"  " int" " -1"
 164  Last eigenvector to write away (-1 is till the last)
 165
 166 .BI "-[no]pbc"  "yes   "
 167  Apply corrections for periodic boundary conditions
 168