mason/locus/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /locus/index.mas - a page for displaying locus details
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item $locusref
  14
  15 a hashref with all the parameters needed for printing the locus page!
  16
  17  $locusref->{locus_id}
  18  $locusref->{locus}
  19  $locusref->{schema}
  20
  21  $locusref->{curator}  (boolean)
  22  $locusref->{submitter} (boolean)
  23  $locusref->{is_owner} (boolean)
  24
  25  locus_add_uri
  26  locus_autocomplete_uri => '/ajax/locus/autocomplete/'
  27  cvterm_add_uri
  28  cvterm_autocomplete_uri => '/ajax/cvterm/autocomplete/'
  29  trait_db_name   => 'SP'
  30 =back
  31
  32 =head1 AUTHOR
  33
  34 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  35
  36 =cut
  37
  38 </%doc>
  39
  40
  41 <%args>
  42   $locusref => undef
  43   $locus_add_uri => ''
  44   $locus_autocomplete_uri => undef
  45   $cvterm_add_uri => ''
  46   $cvterm_autocomplete_uri => undef
  47   $trait_db_name => 'SP'
  48 </%args>
  49
  50 <%once>
  51   use CXGN::Sunshine::Browser;
  52   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show info_table_html /;
  53 </%once>
  54
  55 <%perl>
  56
  57 my $locus     = $locusref->{locus};
  58 my $locus_id  = $locusref->{locus_id};
  59 my $action    = $locusref->{action} || 'view';
  60 my $person_id = $locusref->{person_id};
  61 my $curator   = $locusref->{curator};
  62 my $submitter = $locusref->{submitter};
  63 my $sequencer = $locusref->{sequencer};
  64 my $is_owner  = $locusref->{is_owner};
  65 my $owners     = $locusref->{owners};
  66 my $dbh       = $locusref->{dbh};
  67 my $xrefs     = $locusref->{xrefs};
  68 my $feature   =  $locusref->{feature};
  69 my $src_feature = $locusref->{src_feature};
  70
  71 ###check these params
  72 my $pubs      = $locusref->{pubs};
  73 # dbxrefs, unigenes , ontology
  74
  75 my $this_page = "/locus/$locus_id/view/";
  76
  77 my $locus_xml = $locus_id ? qq |<a href = "/phenome/generic_gene_page.pl?locus_id=$locus_id">Download GMOD XML</a>|
  78   : qq |<span class="ghosted">Download GMOD XML</span>|;
  79 my $editor_note =
  80   qq |<a href="/phenome/editors_note.pl">Note to Editors</a>|;
  81 my $guide_html =
  82   qq|<a href="http://docs.google.com/View?docid=ddhncntn_0cz2wj6">Annotation guidelines</a>|;
  83
  84 my $common_name = $locus->get_common_name();
  85 my @owners = $locus->get_owners();
  86 my $owner_objects= $locus->get_owners(1);
  87
  88 my $locus_name = $locus->get_locus_name();
  89
  90 my $registry = $locus->get_associated_registry();
  91 my $registry_subtitle =  $is_owner && $locus_id ?   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateRegistryForm\', \'locus_registry\')">[Associate a registry name with this locus]</a> '
  92   : qq|<span class = "ghosted"> [Associate registry name]</span>| ;
  93
  94 my @synonyms = $locus->get_locus_aliases('f','f');
  95 my @figures = $locus->get_figure_ids();
  96
  97 my $figure_subtitle =
  98   $curator || $submitter || $sequencer ?
  99   " <a href=\"/image/add?type_id=$locus_id&type=locus&action=new&refering_page=$this_page\">[ Add notes, figures or images]</a>" : "<span class= \"ghosted\">[Add notes, figures or images]</span> " ;
 100
 101 my $stock_subtitle =   $curator || $submitter || $sequencer ?
 102   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateStockForm\', \'locus_accessions\')">[Associate accession]</a> ' :   '<span class= "ghosted">[Associate accession]</span> ';
 103
 104 my $accessions = $locus->get_stock_ids;
 105
 106 my @alleles = $locus->get_alleles(); #array of allele objects
 107
 108 my $allele_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 109   "<a href=\"/phenome/allele.pl?locus_id=$locus_id&amp;action=new\">[Add new allele]</a>" :
 110   '<span class="ghosted">[Add new Allele]</span>' ;
 111
 112 my $al_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 113   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateLocusForm\', \'locus_network\');Tools.getOrganisms()">[Associate new locus]</a> ' :
 114   '<span class="ghosted">[Associate new locus]</span>' ;
 115
 116 my $collapsed = $locus->count_associated_loci() ? 1 : 0 ;
 117
 118 my $network_sub = $collapsed ?
 119   "View <b>$locus_name</b> relationships in the stand-alone <a href=\"/tools/networkbrowser/?type=locus&name=$locus_id\">network browser</a>" : '';
 120
 121 my $new_unigene_link =  $curator || $submitter || $sequencer  ?
 122   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateUnigeneForm\', \'locus_unigenes\' )">[Associate new unigene]</a>' :
 123     '<span class= "ghosted">[Associate new unigene]</span> ';
 124 my $new_genbank_link = qq | <a href="/chado/add_feature.pl?type=locus;type_id=$locus_id;refering_page=$this_page;action=new">[Associate new genbank sequence]</a> | ;
 125 my %dbxrefs = $locus->get_all_dbxrefs();
 126
 127 my $tgrc;
 128 foreach ( @{ $dbxrefs{'tgrc'} } ) {
 129   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 130     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 131     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 132     $tgrc .=
 133       qq|<br>$locus_name is a <a href="$url$accession" target="blank">TGRC gene</a><br />|;
 134   }
 135 }
 136 my $tair;
 137 foreach ( @{ $dbxrefs{'TAIR locus'} } ) {
 138   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 139     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 140     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 141     $tair .=
 142       qq|<br>$locus_name is a <a href="$url$accession" target="blank">TAIR locus</a><br />|;
 143   }
 144 }
 145
 146 my @sorted_pubs =  $dbxrefs{PMID} ? sort { $a->[0]->get_accession() <=> $b->[0]->get_accession() } @{ $dbxrefs{PMID} } : () ;
 147
 148 my @sgn_ref =  $dbxrefs{SGN_ref} ? @{ $dbxrefs{SGN_ref} } : () ;
 149
 150 @sorted_pubs = ( @sorted_pubs, @sgn_ref );
 151 my $pub_count = scalar (@sorted_pubs) ;
 152
 153 my $pub_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 154   qq|<a href="/chado/add_publication.pl?type=locus&amp;type_id=$locus_id&amp;refering_page=$this_page&amp;action=new"> [Associate publication] </a>| :
 155   qq|<span class=\"ghosted\">[Associate publication]</span>|;
 156
 157 $pub_subtitle .=
 158   qq | <a href="javascript:void(0)"onclick="window.open('/phenome/locus_pub_rank.pl?locus_id=$locus_id','publication_list','width=600,height=400,status=1,location=1,scrollbars=1')">[Matching publications]</a> |;
 159
 160 my ($genbank, $gb_count);
 161 foreach  my $g  ( @{ $dbxrefs{'DB:GenBank_GI'} } )  {
 162   if ( $g->[1] eq '0' ) {
 163     my $url = $g->[0]->get_urlprefix() . $g->[0]->get_url();
 164     my $feature = CXGN::Chado::Feature->new_with_accession($dbh, $g->[0]->get_accession);
 165     my $gb_accession = $feature->get_name;
 166     my $description = $g->[0]->get_description();
 167     my $feature_seq = $feature->get_residues;
 168     my $blast_link = qq |
 169       <form style="display: inline" method="post" action="/tools/blast"><input type="hidden" name="seq" value=">$gb_accession ($description)\n$feature_seq" /><input style="padding: 1px; line-height: 0.8" type="submit" value="BLAST" /></form>
 170         |;
 171
 172     $genbank .=
 173       qq|<a href="$url$gb_accession" target="blank">$gb_accession</a> $description $blast_link<br />|;
 174     $gb_count++;
 175   }
 176 }
 177 my $ont_count = $locus->count_ontology_annotations();
 178
 179 my $ontology_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 180   qq|<a href="javascript:Tools.toggleContent('associate_cvterm_form', 'locus_ontology')">[Add ontology annotations]</a> | :
 181   qq |<span class = "ghosted"> [Add ontology annotations]</span> |;
 182
 183 </%perl>
 184
 185
 186 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery","jqueryui", "thickbox", "CXGN.Phenome.Locus", "CXGN.Phenome.Tools", "CXGN.Sunshine.NetworkBrowser"] &>
 187
 188
 189 <script language="javascript">
 190
 191    jQuery(document).ready(function() {
 192      jQuery("#genome_locus").autocomplete({
 193         source: '/ajax/locus/genome_autocomplete'
 194      });
 195   });
 196
 197 </script>
 198
 199
 200 <& /page/page_title.mas, title=> "$common_name locus ".$locus->get_locus_name &>
 201
 202
 203 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus details" , subtitle => "$locus_xml | $editor_note | $guide_html" &>
 204
 205
 206 <& /page/form.mas,
 207     object_type          => 'locus',
 208     object_id            => "$locus_id",
 209     form_name            => 'locus_form',
 210     server_side_script   => '/jsforms/locus_ajax_form.pl',
 211     form_div_name        => 'locus_details',
 212     js_object_name       => 'locusForm',
 213     page_url             => "/locus/$locus_id/view/",
 214     alternate_new_button => '<a href ="/locus/0/new">[New]</a>'
 215     &>
 216
 217 <table><tr><td>
 218       <table>
 219         <tr><td>
 220
 221 <& /locus/synonym.mas ,  locus_id=>"$locus_id" , synonyms=>\@synonyms &>
 222 </td></tr>
 223 <tr><td>
 224 <% $tgrc %>
 225 <% $tair %>
 226 </td></tr>
 227 <tr><td>
 228 <& /phenome/display_owners.mas,
 229          object_id => $locus_id,
 230          object_type => "locus"
 231 &>
 232 </td></tr>
 233 <tr><td>
 234 <& /phenome/assign_owner.mas,
 235    object_id     => $locus_id,
 236    object_type   => "locus",
 237    owner_add_uri => "/ajax/locus/assign_owner",
 238    show_form     => $curator
 239 &>
 240 </td></tr>
 241 <tr><td>
 242 % if ($locus_id) {
 243   <a href="/phenome/claim_locus_ownership.pl?locus_id=<% $locus_id %>&amp;action=confirm"> [Request editor privileges]</a><br /><br />
 244 % }
 245 <& /locus/edits_info.mas, locus=>$locus  &>
 246         </td></tr>
 247       </table>
 248     </td>
 249     <td><table><tr><td>
 250  <& /locus/map_location.mas, person_id=>"$person_id", locus=>$locus  &>
 251   </td></tr></table></td></tr>
 252 </table>
 253
 254 </&>
 255
 256
 257 % if($locus_id) {
 258
 259 <&| /page/info_section.mas,
 260     title       => "Registry name: $registry",
 261     subtitle    => $registry_subtitle,
 262     id          => "locus_registry",
 263     collapsible => 1,
 264     is_subsection => 1,
 265     &>
 266     <& /locus/registry.mas , person_id=>"$person_id", locus_id=>"$locus_id", registry => $registry , is_owner => $is_owner &>
 267 </&>
 268
 269 % if($is_owner) {
 270 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus history", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 271        <& /locus/history.mas, locus=>$locus  &>
 272 </&>
 273
 274 % }
 275 % if ( $locus_name && $curator ) {
 276   <&| /page/info_section.mas, title=>"Curator tools",  collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 277        <& /locus/merge_locus.mas , locus_id=>"$locus_id" , common_name=>"$common_name" &>
 278
 279   </&>
 280 % }
 281
 282  <&| /page/info_section.mas, title=>"Notes and figures (" .  scalar(@figures)  . ")", subtitle => "$figure_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 283    <& /image/print_images.mas , images=>\@figures , dbh=>$dbh &>
 284
 285 </&>
 286
 287 %#<&| /page/info_section.mas, title=>"eFP Browser links" &>
 288 %#
 289 %#   <& /locus/efp_browser_links.mas, locus => $locus &>
 290
 291 %#</&>
 292
 293  <&| /page/info_section.mas, title=>"Accessions and images (" .  scalar(@$accessions)  . ")", subtitle => "$stock_subtitle", id=>"locus_accessions", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 294     <& /phenome/associate_accession_form.mas , locus_id=>$locus_id, person_id=>$person_id &>
 295       <& /phenome/associated_accessions.mas , accessions=>$accessions, dbh=>$dbh &>
 296
 297  </&>
 298
 299 <&| /page/info_section.mas, title=>"Alleles (" .  scalar(@alleles)  . ")", subtitle => "$allele_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 300
 301    <& /phenome/allele.mas, alleles=>\@alleles, user_id=>$person_id, curator=>$curator &>
 302
 303 </&>
 304
 305
 306 <&| /page/info_section.mas,
 307   title       => "Associated loci (" .  $locus->count_associated_loci() . ")",
 308   subtitle    => "$al_subtitle",
 309   id          =>"locus_network",
 310   collapsible =>1,
 311   collapsed   =>1 &>
 312
 313     <& /locus/associate_locus.mas, locus_id=>$locus_id &>
 314      <& /locus/network.mas , locus_id => $locus_id  &>
 315
 316 </&>
 317
 318 <&| /page/info_section.mas,
 319    title       => "Associated loci - graphical view",
 320    subtitle    => $network_sub,
 321    collapsible => 1,
 322    collapsed   => $collapsed,
 323    id          => "graphic_locus_network" &>
 324
 325 % print CXGN::Sunshine::Browser::include_on_page( 'locus', $locus_id ) if $network_sub ;
 326
 327 </&>
 328
 329
 330 <&| /page/info_section.mas,
 331   title       => "SolCyc links",
 332   id          => "solcyc_links",
 333   collapsible => 1,
 334   collapsed   => 1,
 335   &>
 336 % ## solcyc links are generated from the unigenes function in the ajax/locus controller ##
 337    <div id="solcyc" >[loading...]</div>
 338 </&>
 339
 340
 341 <&| /page/info_section.mas, title=>"Sequence annotations" , collapsible=>1, collapsed=>0 &>
 342
 343     <&| /page/info_section.mas, title => "Gene model matches",
 344         collapsible   => 1,
 345         collapsed     => 0,
 346         is_subsection => 1,
 347     &>
 348        <& /feature/jbrowse_exact_match.mas, feature=> $feature, src_feature=> $src_feature &>
 349    </&>
 350
 351    <&| /page/info_section.mas, title => "SGN Unigenes",
 352         id => 'locus_unigenes',
 353         subtitle => $new_unigene_link,
 354         collapsible => 1,
 355         collapsed =>  0 ,
 356         is_subsection => 1,
 357    &>
 358       <& /locus/associate_unigene.mas,
 359          locus_id    => $locus_id,
 360          common_name => $common_name,
 361          current     => 1
 362       &>
 363       <& /locus/locus_unigenes.mas, locus_id  => $locus_id  &>
 364   </&>
 365
 366   <&| /page/info_section.mas, title => "GenBank accessions",
 367               subtitle => $new_genbank_link,
 368               collapsible => 1,
 369               collapsed =>  0 ,
 370               is_subsection => 1,
 371   &>
 372          <% $genbank %>
 373  </&>
 374
 375    <&| /page/info_section.mas,
 376        title         => "Other genome matches",
 377        collapsible   => 1,
 378        collapsed     => 1,
 379        is_subsection => 1,
 380     &>
 381
 382         <& /locus/locus_genomic_annotations.mas, locus => $locus &>
 383
 384    </&>
 385
 386 </&>
 387
 388 <&| /page/info_section.mas, title=>"Literature annotations ($pub_count)" , subtitle=>$pub_subtitle, id=>"publications" , collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 389
 390 %  my $pub_count = 0;
 391 %  foreach my $d ( @sorted_pubs ) {
 392 %          if ( $d->[1] eq '0') { #if the dbxref is not obsolete
 393 %          my $pub = CXGN::Chado::Publication->new($dbh, $d->[0]->get_publication()->get_pub_id() );
 394 %          my $doi_dbxref_id = $pub->get_dbxref_id_by_db("DOI");
 395 %          my $doi;
 396 %          if ( $doi_dbxref_id) {
 397 %             my $dbxref = CXGN::Chado::Dbxref->new($dbh, $doi_dbxref_id);
 398 %             my $doi_accession =  $dbxref->get_accession;
 399 %             $doi = "<a href= \"http://doi.org/$doi_accession\">DOI:$doi_accession </a> ";
 400 %         }
 401   <& /chado/publication.mas, pub=>$pub, doi=>$doi, db=>$d->[0]->get_db_name(), accession=>$d->[0]->get_accession() &>
 402   <br >
 403 %           }
 404 % }
 405
 406 </&>
 407
 408
 409 <&| /page/info_section.mas,
 410   title       =>"Ontology annotations ($ont_count)",
 411   id          => "locus_ontology",
 412   collapsible => 1,
 413   collapsed   => 1,
 414   subtitle    => $ontology_subtitle &>
 415   <& /ontology/associate_ontology.mas,
 416     trait_db_name => $trait_db_name,
 417     object_id     => $locus_id ,
 418     object_name   => "locus",
 419     cvterm_add_uri=> $cvterm_add_uri,
 420     ontology_url  => "/locus/$locus_id/ontologies/",
 421     reference_uri => "/locus/$locus_id/references",
 422     evidence_with_uri => "/locus/$locus_id/evidences",
 423     show_form     => $is_owner  &>
 424 </&>
 425
 426 <&| /page/info_section.mas,
 427      title       => 'Related views',
 428      collapsible => 1,
 429 &>
 430
 431      <& /sitefeatures/mixed/xref_set/link.mas,
 432         xrefs => [ grep { $_->feature->feature_name ne 'gbrowse2' } @$xrefs ],
 433       &>
 434
 435 </&>
 436
 437 <& /page/comments.mas, object_type=>'locus', object_id=>$locus_id, referer=>$this_page &>
 438
 439 % }