mason/help/microsats.mas

   1
   2 <& /page/page_title.mas, title=>"SSR Marker Help" &>
   3
   4     <p>While microsatellites or simple sequence repeats (SSRs)
   5     normally occur in non-coding regions of the genome, they can
   6     also occur in either 3' or 5' UTRs of ESTs or even in coding
   7     regions (usually triplet repeats). For this reason, the tomato
   8     and potato EST sequences contained in SGN were screened for
   9     microsatellite sequence motifs in May 2001 using analytical
  10     tools developed by Genomics Edge Technologies, Inc; St. Louis,
  11     Missouri. The purpose was to identify SSRs that might be useful
  12     a polymorphic molecular markers genetic and breeding studies in
  13     tomato. The search parameters were for all possible repeat
  14     motifs 2 bp to 6 bp with repeat blocks &gt; 20 bp. The search
  15     algorithms allowed for imperfect repeats as well as complex
  16     repeats.</p>
  17
  18     <p>For those wishing to test SSRs for mapping/polymorphism
  19     studies, it is recommended (based on empirical testing) to start
  20     with:<br /></p>
  21
  22     <ul>
  23       <li>dinucleotides &gt; 12 repeats</li>
  24
  25       <li>trinucleotide &gt; 8 repeats</li>
  26
  27       <li>tetra to hexonuclotides &gt; 6 repeats</li>
  28     </ul>
  29     <p>
  30     <a href="/search/markers/markersearch.pl?searchtype=startswith&amp;name=&amp;submit=search&amp;mapped=on&amp;confidence=0&amp;offsetstart=&amp;offsetend=&amp;chromosomes=all&amp;species=all&amp;maps=all&amp;types=SSR&amp;techniques=all">See all SSR markers in marker search results</a><br />
  31     <a href="/documents/markers/microsat_list.txt">Old text version SSR list</a>
  32     </p>
  33
  34   </center>