mason/tools/blast/datasets_selectbox.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /tools/blast/datasets_selectbox.mas - returns html for the select box with all the current blast datasets
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 The name of the select box is "database".
  11
  12 Arguments:
  13
  14 =over 5
  15
  16 =item db_id
  17
  18 The id of the database to be preselected.
  19
  20 =back
  21
  22 =head1 AUTHOR
  23
  24 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu> - based on Perl code by Rob Buels and others.
  25
  26 =cut
  27
  28 </%doc>
  29
  30
  31 <%args>
  32
  33  $db_id
  34 </%args>
  35
  36
  37 <%perl>
  38
  39 use Memoize;
  40 use CXGN::BlastDB;
  41
  42 memoize '_cached_file_modtime';
  43 sub _cached_file_modtime {
  44   shift->file_modtime
  45 }
  46
  47 sub blast_db_prog_selects {
  48     my $db_id = shift;
  49     sub opt {
  50         my $db = shift;
  51         my $timestamp = _cached_file_modtime($db)
  52             or return '';
  53         $timestamp = strftime(' &nbsp;(%m-%d-%y)',gmtime _cached_file_modtime($db));
  54         #my $seq_count = $db->sequences_count;
  55
  56         [$db->blast_db_id, $db->title.$timestamp]
  57     }
  58
  59     my @db_choices = map {
  60         my @dbs = map [$_,opt($_)], grep _cached_file_modtime($_), $_->blast_dbs( web_interface_visible => 't');
  61         @dbs ? ('__'.$_->name, @dbs) : ()
  62     } CXGN::BlastDB::Group->search_like(name => '%',{order_by => 'ordinal, name'});
  63
  64     my @ungrouped_dbs = grep _cached_file_modtime($_),CXGN::BlastDB->search( blast_db_group_id => undef, web_interface_visible => 't', {order_by => 'title'} );
  65     if(@ungrouped_dbs) {
  66         push @db_choices, '__Other',  map [$_,opt($_)], @ungrouped_dbs;
  67     }
  68
  69     @db_choices or return '<span class="ghosted">The BLAST service is temporarily unavailable, we apologize for the inconvenience</span>';
  70
  71     # DB select box will either the db_id supplied, or what the user last selected, or the tomato combined blast db
  72     my $selected_db_id = $db_id || $prefs->get_pref('last_blast_db_id')
  73         || do {
  74             my $d = CXGN::BlastDB->retrieve( web_interface_visible => 't', file_base => 'bacs/all_tomato_seqs' );
  75             $d &&= $d->blast_db_id
  76     };
  77
  78   #warn "got pref last_blast_db_file_base '$selected_db_file_base'\n";
  79
  80   my %prog_descs = ( blastn  => 'BLASTN (nucleotide to nucleotide)',
  81                      blastx  => 'BLASTX (nucleotide to protein; query translated to protein)',
  82                      blastp  => 'BLASTP (protein to protein)',
  83                      tblastx => 'TBLASTX (protein to protein; both database and query are translated)',
  84                      tblastn => 'TBLASTN (protein to nucleotide; database translated to protein)',
  85                    );
  86
  87   my @program_choices = map {
  88     my ($db) = @$_;
  89     if($db->type eq 'protein') {
  90       [map [$_,$prog_descs{$_}], 'blastx','blastp']
  91     } else {
  92       [map [$_,$prog_descs{$_}], 'blastn','tblastx','tblastn']
  93     }
  94   } grep ref, @db_choices;
  95
  96   @db_choices = map {ref($_) ? $_->[1] : $_} @db_choices;
  97
  98   return hierarchical_selectboxes_html( parentsel => { name => 'database',
  99                                                        choices =>
 100                                                        \@db_choices,
 101                                                        $selected_db_id ? (selected => $selected_db_id) : (),
 102                                                      },
 103                                         childsel  => { name => 'program',
 104                                                      },
 105                                         childchoices => \@program_choices
 106                                       );
 107 }
 108
 109 my ($databases, $programs, $programs_js) = blast_db_prog_selects($db_id);
 110
 111 </%perl>
 112
 113 $databases
 114
 115
 116 $programs
 117
 118 $programs_js
 119
 120
 121