mason/sequence/sixframe_translate.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 sixframe_translate.mas - display the six-frame translation of a sequence
   6
   7 =head1 ARGS
   8
   9 =head2 seq
  10
  11 The L<Bio::SeqI>-compliant nucleotide sequence to translate and display.
  12
  13 =head2 blast_url
  14
  15 If passed, display 'Blast' forms for each translation that will post
  16 that translation to the given URL
  17
  18 =cut
  19
  20 </%doc>
  21
  22 <%args>
  23   $seq
  24   $blast_url => undef
  25 </%args>
  26
  27
  28 <%perl>
  29 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
  30
  31 my $forward;
  32 $m->comp( { store => \$forward }, '/sequence/threeframe_translate.mas', %ARGS );
  33 my $reverse;
  34 my $revcom = $seq->revcom;
  35 $revcom->id( $revcom->id.':rev' );
  36 $m->comp( { store => \$reverse }, '/sequence/threeframe_translate.mas', %ARGS, seq => $revcom );
  37
  38 print info_table_html(
  39     Forward => $forward, Reverse => $reverse,
  40 );
  41
  42 </%perl>