Merge pull request #819 from solgenomics/topic/add_accession_fuzzysearch
[sgn.git] / js / Text / Markup.js
blob90dfb0cfb62915417aa14fa5add9d37a58cb5c46
1 if (typeof(JSAN) != 'undefined' ) {
2     JSAN.use("jquery", []);
6 var Text;
7 if(!Text) Text = {};
9 Text.Markup = function(styles) {
10   if(! (this.markup_styles = styles) ) {
11     console.error('must pass style to new Text.Markup()');
12   }
15 Text.Markup.prototype.inflate_regions = function( regions ) {
16   var mu = this;
17   var ordering = 0;
18   return jQuery.map( regions, function(a,i) {
19     var style = mu.markup_styles[a[0]];
20     ordering++;
22     if(! style ) {
23       console.error('markup style "' + a + '" not defined');
24       return;
25     }
27     if( typeof style == 'object' ) {
28       return [[[style[0],a[1]],999000-ordering],[[style[1],a[2]],-ordering]];
29     } else {
30       return [[[style,a[1]],999000-ordering]];
31     }
32   });
35 Text.Markup.prototype.markup = function( regions, target_string ) {
36   // expand the two-position markups into two one-position markups and decorate with ordering
37   var markup_defs = this.inflate_regions(regions);
39   // sort the markup definitions in reverse order by coordinate and
40   // sequence number
41   markup_defs.sort( function(a,b) {
42     return (b[0][1] - a[0][1]) || (b[1] - a[1]);
43   });
46   // do the string insertions and return a new string
47   for ( var i = 0; i < markup_defs.length; i++ ) {
48         var def = markup_defs[i][0];
49         target_string = target_string.slice( 0, def[1] ) + def[0] + target_string.slice( def[1] );
50   }
52   return target_string;