static/documents/news.txt

   1 <!-- COUNT      4 -->
   2 <!-- THIS FILE IS DEPRECATED. DO ***NOT*** EDIT IT. EDIT THE FILE IN /data/prod/public/sgn-homepage/ -->
   3
   4 <div class="subheading">
   5 <a href="http://www.potatogenome.net">Potato Genome Sequence Released</a>
   6 </div>
   7 <div class="boxsubcontent">
   8 The Potato Genome Sequencing Consortium has released the first draft sequence of the potato genome, available at <a href="http://www.potatogenome.net">www.potatogenome.net</a>. [September 23, 2009]
   9 </div>
  10
  11 <div class="subheading">
  12 <a href="/search/phenotype_search.pl?wee9_population_id=9">Tomato Core Collection accessions phenotyped by EUSOL</a>
  13 </div>
  14 <div class="boxsubcontent">
  15 More than 400 accessions were phenotyped by EUSOL, using the Solanaceae Phenotype ontology, and are now <a href="/search/phenotype_search.pl?wee9_population_id=9">available</a> at SGN, with cross-links to the EUSOL website. This data was kindly contributed by <a href="http://www.plantbreeding.wur.nl/UK/contact_staffmember.php?ID=283">Dr. Richard Finkers</a>.
  16 [September 22, 2009]
  17 </div>
  18
  19 <div class="subheading">
  20 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter September 2009 available</a>
  21 </div>
  22 <div class="boxsubcontent">
  23 The SOL newsletter for September 2009 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
  24 [September 17, 2009]
  25 </div>
  26
  27 <div class="subheading">
  28 <a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/potato_genome">Potato Genome data on SGN</a>
  29 </div>
  30 <div class="boxsubcontent">
  31 BAC end and BAC sequence data from the <a href="http://www.potatogenome.net"  target="_blank">Potato Genome Sequencing Consortium</a> available on the SGN <a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/potato_genome/" >FTP</a> and SGN <a href="/tools/blast/">BLAST</a> servers [Sep 15, 2009].
  32 </div>
  33
  34 <div class="subheading">
  35 <a href="/tools/insilicopcr/">New in-silico PCR tool released</a>
  36 </div>
  37 <div class="boxsubcontent">
  38 SGN has released a new <a href="/tools/insilicopcr/">in-silico PCR tool</a> for Solanaceae sequence datasets [Aug 26, 2009]
  39 </div>
  40
  41 <div class="subheading">
  42 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter June 2009 available</a>
  43 </div>
  44 <div class="boxsubcontent">
  45 The SOL newsletter for June 2009 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
  46 [June 10, 2009]
  47 </div>
  48
  49 <div class="subheading">
  50 <a href="/content/sgn_data.pl">SGN Tomato Unigene Build Updated</a>
  51 </div>
  52 <div class="boxsubcontent">
  53 A new SGN unigene build for tomato species <a href="/about/release_notes/tomato_unigene_build2.pl">is available.</a> [May 1, 2009]
  54 </div>
  55
  56 <div class="subheading">
  57 <a href="/cview/">New map added to SGN</a>
  58 </div>
  59 <div class="boxsubcontent">
  60 A new <a href="cview/map.pl?map_version_id=68">tomato map</a>, kindly provided by Jos&eacute; M. Jim&eacute;nez-G&oacute;mez, is available on SGN.
  61 [March 17, 2009]
  62 </div>
  63
  64 <div class="subheading">
  65 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter March 2009 available</a>
  66 </div>
  67 <div class="boxsubcontent">
  68 The SOL newsletter for March 2009 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
  69 [March 6, 2009]
  70 </div>
  71
  72 <div class="subheading">
  73 <a href="http://phn.huji.ac.il/RTQ/">Phenom Networks released</a>
  74 </div>
  75 <div class="boxsubcontent">
  76 The <a href="http://phn.huji.ac.il/RTQ/">Phenom Network</a> engine by Dani Zamir and Yaniv Semel represents knowledge of complex traits and has tomato
  77 ILs, barley and rose traits with more organisms being added soon.
  78 [February 28, 2009]
  79 </div>
  80
  81 <div class="subheading">
  82 <a href="/search/direct_search.pl?search=cvterm_name">SGN QTL tool released</a>
  83 </div>
  84 <div class="boxsubcontent">
  85 SGN now allows QTL analyses to be run on <a href="/search/direct_search.pl?search=cvterm_name">populations and traits</a> in the database
  86 [February 12, 2009]
  87 </div>
  88
  89 <div class="subheading">
  90 <a href="http://bioinfo.bti.cornell.edu/tool/MetGenMAP">Plant MetGenMAP Released</a>
  91 </div>
  92 <div class="boxsubcontent">
  93 <a href="http://bioinfo.bti.cornell.edu/tool/MetGenMAP">Plant MetGenMAP</a> is a web-based analysis package for integrating omics-type datasets with various biological information. It was developed by Dr. Zhangjun Fei's group at BTI.
  94 [January 27, 2009]
  95 </div>
  96
  97 <div class="subheading">
  98 <a href="/cview/map.pl?map_version_id=58">New COSII-based pepper</a> and <a href="/cview/map.pl?map_version_id=63">eggplant maps available</a>
  99 </div>
 100 <div class="boxsubcontent">
 101 New COSII-based <a href="/cview/map.pl?map_version_id=58">pepper</a> and <a href="/cview/map.pl?map_version_id=63">eggplant</a> maps are available on SGN, kindly provided by Dr. Feinan Wu.
 102 [December 5, 2008]
 103 </div>
 104
 105 <div class="subheading">
 106 <a href="http://solcap.msu.edu/">SolCAP project started</a>
 107 </div>
 108 <div class="boxsubcontent">
 109 The USDA-funded SolCAP program has started (more information on <a href="http://solcap.msu.edu/">http://solcap.msu.edu</a>).
 110 [November 12, 2008]
 111 </div>
 112
 113 <div class="subheading">
 114 <a href="https://www.eu-sol.wur.nl/">EU-SOL Phenotype Database goes on-line</a>
 115 </div>
 116 <div class="boxsubcontent">
 117 The EU-SOL funded tomato core collection phenotype database is now available at <a href="https://www.eu-sol.wur.nl/">https://www.eu-sol.wur.nl/</a>.
 118 [November 12, 2008]
 119 </div>
 120
 121 <div class="subheading">
 122 <a href="/search/direct_search.pl?search=bacs">100,000 more tomato fosmid ends available</a>
 123 </div>
 124 <div class="boxsubcontent">
 125 Giorgio Valle's lab has sequenced 100,000 fosmid ends and made them available on SGN.
 126 [October 23, 2008]
 127 </div>
 128
 129 <div class="subheading">
 130 <a href="http://www.mitochondrialgenome.org/">Tomato mitochondrial genome sequence</a>
 131 </div>
 132 <div class="boxsubcontent">
 133 Fernando Carrari's lab <a href="http://www.mitochondrialgenome.org/">has released</a> a first draft of the mitochondrial genome sequence.
 134 [October 12, 2008]
 135 </div>
 136
 137 <div class="subheading">
 138 <a href="/search/phenotype_search.pl?wee9_population_id=20">New pepper mutant lines</a>
 139 </div>
 140 <div class="boxsubcontent">
 141 SGN has added 628 pepper EMS mutants to the phenotype database. This <a href = "/phenome/population.pl?population_id=20">population</a> was generated and phenotyped at the lab of Ilan Paran, Volcani ARO, Israel.
 142 [September 12, 2008]
 143 </div>
 144
 145 <div class="subheading">
 146 <a href="/search/locus_search.pl?w8e4_common_name=Tobacco">Tobacco genes are now available on SGN</a>
 147 </div>
 148 <div class="boxsubcontent">
 149 SGN has added 1528 tobacco locus identifiers to the locus database.
 150 [September, 2008]
 151 </div>
 152
 153 <div class="subheading">
 154 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter August 2008 available</a>
 155 </div>
 156 <div class="boxsubcontent">
 157 The SOL newsletter for August 2008 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
 158 [August 14, 2008]
 159 </div>
 160
 161 <div class="subheading">
 162 <a href="/tools/onto">New Ontology Browser</a>
 163 </div>
 164 <div class="boxsubcontent">
 165 SGN has released a new, AJAX-based <a href="/tools/onto/">ontology browser</a>.
 166 [Aug 10, 2008]
 167 </div>
 168
 169 <div class="subheading">
 170 <a href="http://ted.bti.cornell.edu">Release of the Tomato Functional Genomics Database</a>
 171 </div>
 172 <div class="boxsubcontent">
 173 The Tomato Functional Genomics Database integrates and expands several databases by Dr. Zhangjun Fei's group at BTI, including the Tomato Expression DB, the Tomato Metabolite DB, as well as the Tomato Small RNA DB. See <a href="http://ted.bti.cornell.edu">ted.bti.cornell.edu</a>
 174 [July 22, 2008]
 175 </div>
 176
 177 <div class="subheading">
 178 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter May 2008 available</a>
 179 </div>
 180 <div class="boxsubcontent">
 181 The SOL newsletter for March 2008 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
 182 [May 15, 2008]
 183 </div>
 184
 185 <div class="subheading">
 186 <a href="http://www.eu-sol.net">EU-SOL project website released</a>
 187 </div>
 188 <div class="boxsubcontent">
 189 The website of the EU-SOL, an integrated project funded by the European Commission Framework program, was launched.
 190 [March 29, 2008]<br /><br />
 191 <a href="http://www.eu-sol.net" class="footer" ><img src="/documents/img/eusol_logo_small.jpg" border="0" /></a>
 192 </div>
 193
 194 <div class="subheading">
 195 SGN is now hosted at the <a href="http://bti.cornell.edu/" >Boyce Thompson Institute (BTI)</a>
 196 </div>
 197 <div class="boxsubcontent">
 198 The SGN database group moved from Cornell to the Boyce Thompson Institute (BTI) in June, 2008.<br />
 199 [June 10, 2008]
 200 </div>
 201
 202 <div class="subheading">
 203 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL newsletter March 2008 available</a>
 204 </div>
 205 <div class="boxsubcontent">
 206 The SOL newsletter for March 2008 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> from SGN.
 207 [Mar 11, 2008]
 208 </div>
 209
 210 <div class="subheading">
 211 <a href="/search/direct_search.pl?search=bacs">100,000 tomato fosmid ends available</a>
 212 </div>
 213 <div class="boxsubcontent">
 214 100,000 fosmid ends were sequenced by the Sanger Centre, UK, and added to the SGN clone database (library SL_F).<br />
 215 [Mar 4, 2008]
 216 </div>
 217
 218 <div class="subheading">
 219 <a href="/search/direct_search.pl?search=phenotypes">Eight new populations available</a>
 220 </div>
 221 <div class="boxsubcontent">
 222 Eight new populations, comprising 1130 individuals, with descriptions, trait data, genotypes, and 1800 images, were kindly submitted by Esther van der Knaap.<br />[Mar 4, 2008]
 223 </div>
 224
 225 <div class="subheading">
 226 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Nov_07.pdf">November 2007 SOL newsletter is available</a>
 227 </div>
 228 <div class="boxsubcontent">
 229 The SOL newsletter for November 2007 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">is available</a>. [Nov 20, 2007]
 230 </div>
 231
 232 <div class="subheading">
 233 <a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/bacs/syngenta/">Syngenta releases updated tomato mapping information</a>
 234 </div>
 235 <div class="boxsubcontent">
 236 Syngenta released a new version of the BAC mapping file to the international tomato genome sequencing community (<a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/bacs/syngenta/">see FTP site</a>).
 237 [Nov 8, 2007]
 238 </div>
 239
 240 <div class="subheading">
 241 <a href="/about/news/">China to sequence tomato chromosome 11</a>
 242 </div>
 243 <div class="boxsubcontent">
 244 Prof Sanwen Huang announced at the 4th SOL conference in Jeju, Korea, that his group at the Chinese Academy of Agricultural Sciences will sequence chromosome 11 of tomato.
 245 [Sept 17, 2007]
 246 </div>
 247
 248 <div class="subheading">
 249 <a href="/cview/map.pl?map_id=agp">Tomato Sequencing: AGP map available</a>
 250 </div>
 251 <div class="boxsubcontent">
 252 The <a href="/cview/map.pl?map_id=agp">Accessioned Golden Path map</a>, showing the projected locations of BACs in the tiling path is available. [Sept 4, 2007]
 253 </div>
 254
 255 <div class="subheading">
 256 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Jul_07.pdf">July 2007 SOL newsletter is available</a>
 257 </div>
 258 <div class="boxsubcontent">
 259 The SOL newsletter for July 2007 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">is available</a>. [July 15, 2007]
 260 </div>
 261
 262 <div class="subheading">
 263 <a href="/forum/posts.pl?topic_id=2">SGN has open postdoc and programmer positions</a>
 264 </div>
 265 <div class="boxsubcontent">
 266 SGN has several <a href="/forum/posts.pl?topic_id=2">open positions</a> for postdocs, programmers and a system administrator. Contact <a href="mailto:lam87@cornell.edu">SGN</a> for more information. [June 13, 2007]
 267 </div>
 268
 269 <div class="subheading">
 270 <a href="/cview/">New maps added to SGN</a>
 271 </div>
 272 <div class="boxsubcontent">
 273 Several <a href="/cview/">new tomato maps</a>, such as the <a href="/cview/map.pl?map_id=il6">IL map</a>, a <a href="/cview/map.pl?map_id=c9">Contig map</a>, as well as an improved <a href="/cview/map.pl?map_id=p9">Physical map</a> were added to SGN. [June 13, 2007]
 274 </div>
 275
 276 <div class="subheading">
 277 <a href="http://www.jspcmb.jp/english/pbcontents/pb24_1.html">Special JSOL issue published</a>
 278 </div>
 279 <div class="boxsubcontent">
 280 The Japanese SOL project (JSOL) contributed <a href="http://www.jspcmb.jp/english/pbcontents/pb24_1.html">a special issue</a> related to progress on tomato and Solanaceae genomics in the official <a href="http://www.jspcmb.jp/english/index.html">journal of the Japanese Society of Plant Cell and Molecular Biology</a>. [May 14, 2007]
 281 </div>
 282
 283 <div class="subheading">
 284 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_May_07.pdf">May 2007 SOL newsletter is available</a>
 285 </div>
 286 <div class="boxsubcontent">
 287 The SOL newsletter for May 2007 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">is available</a>. [May 7, 2007]
 288 </div>
 289
 290 <div class="subheading">
 291 <a href="/tools/blast/?interface_type=1">Advanced BLAST web-interface available</a>
 292 </div>
 293 <div class="boxsubcontent">
 294 An new <a href="/tools/blast/?interface_type=1">advanced BLAST interface</a> is available on SGN with better control of BLAST parameters and submission of multi-fasta files. [May 2, 2007]
 295 </div>
 296
 297 <div class="subheading">
 298 <a href="/tools/tree_browser/">Improved SGN Alignment Analyzer and SGN Tree Browser</a>
 299 </div>
 300 <div class="boxsubcontent">
 301 Improved versions of the <a href="/tools/align_viewer/">SGN Alignment Analyzer</a> and the <a href="/tools/tree_browser/">SGN Tree Browser</a> released. [April 4, 2007]
 302 </div>
 303
 304 <div class="subheading">
 305 <a href="/solanaceae-project/index.pl#news">New and updated Tomato Genome Sequencing Docs</a>
 306 </div>
 307 <div class="boxsubcontent">
 308 New, detailed instructions for validation of BACs on ILs <a href="/documents/solanaceae-project/docs/BAC_mapping_validation_1.ppt">[ppt]</a> are available, and the Tomato Sequencing guidelines  <a href="http://docs.google.com/View?docid=dggs4r6k_1dd5p56">[google doc]</a> have been updated with new finishing guidelines. [March 29, 2007]
 309 </div>
 310
 311 <div class="subheading">
 312 <a href="/cview/map.pl?map_id=15">New Tobacco Map added to SGN</a>
 313 </div>
 314 <div class="boxsubcontent">
 315 An SSR-based map of tobacco, developed and kindly provided by G. Bindler, P. Donini and co-workers has been added to SGN. [March 28, 2007]
 316 </div>
 317
 318 <div class="subheading">
 319 <a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/bacs/syngenta/">Syngenta to provide resources to Tomato Sequencing Project</a>
 320 </div>
 321 <div class="boxsubcontent">
 322 Syngenta mapped 17,000 BACs to ILs and is making the data <a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/bacs/syngenta/">available</a> to the Tomato Sequencing project on SGN. [Feb 28, 2007]
 323 </div>
 324
 325 <div class="subheading">
 326 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Mar_07.pdf">March 2007 SOL Newsletter available</a>
 327 </div>
 328 <div class="boxsubcontent">
 329 The SOL newsletter for March 2007 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a>. [March 15, 2007]
 330 </div>
 331
 332 <div class="subheading">
 333 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/JGI-Submitted.pdf"><i>S. pennellii</i> proposal submitted to JGI</a>
 334 </div>
 335 <div class="boxsubcontent">
 336 Many thanks to everybody for their support on
 337 the proposal <a href="/documents/solanaceae-project/docs/JGI-Submitted.pdf">[pdf]</a> to sequence Solanum pennellii. [Mar 11, 2007]
 338 </div>
 339
 340 <div class="subheading">
 341 <a href="/solanaceae-project/index.pl#news">Support <i>S. pennellii</i> sequencing at JGI</a>
 342 </div>
 343 <div class="boxsubcontent">
 344 A letter of intent has been approved by JGI for full proposal submission. Please support the project with a support letter <a href="/documents/solanaceae-project/docs/JGI_support_letter.doc">[Draft support letter]</a>. [Feb 7, 2007]
 345 </div>
 346
 347 <div class="subheading">
 348 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Jan_07.pdf">Jan 2007 SOL Newsletter available</a>
 349 </div>
 350 <div class="boxsubcontent">
 351 The SOL newsletter for January 2007 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a>. [Jan 10, 2007]
 352 </div>
 353
 354 <div class="subheading">
 355 <a href="/search/direct_search.pl?search=loci">Potato Loci added</a>
 356 </div>
 357 <div class="boxsubcontent">
 358 1000 potato loci, including Gene Ontology and Plant Ontology annotations, have been added, complementing the 1600 tomato loci already in the SGN database. [Jan 9, 2007]
 359 </div>
 360
 361 <div class="subheading">
 362 <a href="/search/direct_search.pl?search=phenotypes">SGN Phenotype Database</a>
 363 </div>
 364 <div class="boxsubcontent">
 365 A new database of populations, individuals, phenotypes and genotypes is available on SGN, including 8000 images. [Jan 9, 2007]
 366 </div>
 367
 368 <div class="subheading">
 369 <a href="http://sgn.cenicafe.org">SGN Mirror site available</a>
 370 </div>
 371 <div class="boxsubcontent">
 372 An SGN mirror site has been installed at the Colombian National Coffee Research Center in Chinchina, Colombia. [Dec 5, 2006]
 373 </div>
 374
 375 <div class="subheading">
 376 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Nov_06.pdf">Nov 2006 SOL Newsletter</a>
 377 </div>
 378 <div class="boxsubcontent">
 379 The SOL Newsletter for Nov 2006 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> [Nov 9, 2006].
 380 </div>
 381
 382 <div class="subheading">
 383 <a href="/content/sgn_data.pl#solanumlycopersicum">SGN Tomato Unigene Build Updated</a>
 384 </div>
 385 <div class="boxsubcontent">
 386 A new SGN unigene build for tomato, <i>Solanum lycopersicum</i> <a href="/about/release_notes/tomato_unigene_build1.pl">is available.</a> [Oct 1, 2006]
 387 </div>
 388
 389 <div class="subheading">
 390 <a href="http://www.eu-sol.net">EU-SOL website</a>
 391 </div>
 392 <div class="boxsubcontent">
 393 The website for the <a href="http://www.eu-sol.net">European SOL project (EU-SOL)</a> is now on-line [Sept 19, 2006].
 394 </div>
 395
 396 <div class="subheading">
 397 <a href="/documents/solanaceae-project/docs/SOL_newsletter_Sep_06.pdf">Sept 2006 SOL Newsletter</a>
 398 </div>
 399 <div class="boxsubcontent">
 400 The SOL Newsletter for Sept 2006 is <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">available</a> [Sept 13, 2006].
 401 </div>
 402
 403 <div class="subheading">
 404 <a href="http://tomato.cribi.unipd.it/files/bepindex.html">New BAC extension tool</a>
 405 </div>
 406 <div class="boxsubcontent">
 407 A <a href="http://tomato.cribi.unipd.it/files/bepindex.html">BAC extension tool</a> for the tomato sequencing project is available from the University of Padua [July 30, 2006].
 408 </div>
 409
 410 <div class="subheading">
 411 <a href="/search/direct_search.pl?search=Loci">New SGN loci database</a>
 412 </div>
 413 <div class="boxsubcontent">
 414 A <a href="/search/direct_search.pl?search=Loci">database of Solanaceae genetic loci</a> that can be updated by community members like you [July 19, 2006].
 415 </div>
 416
 417 <div class="subheading">
 418 <a href="/tools/solcyc/">New SolCyc biochemical pathways</a>
 419 </div>
 420 <div class="boxsubcontent">
 421 A preliminary version of the <a href="/tools/solcyc/">SolCyc biochemical pathway databases</a> is available [July 19, 2006]
 422 </div>
 423
 424 <div class="subheading">
 425 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">June 2006 SOL Newsletter</a>
 426 </div>
 427 <div class="boxsubcontent">
 428 The June 2006 edition of the <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL Newsletter is available</a> [June 2, 2006]
 429 </div>
 430
 431 <div class="subheading">
 432 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL Newsletter</a>
 433 </div>
 434 <div class="boxsubcontent">
 435 The April 2006 edition of the <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL Newsletter is available</a>.
 436 </div>
 437
 438 <div class="subheading">
 439 <a href="http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/sva/sva.pl?view=392523033">Tomato Plastid Sequence</a>
 440 </div>
 441 <div class="boxsubcontent">
 442 The tomato plastid sequence has been completed by the EU-funded <a href="https://genesilico.pl/Plastomics/">Plastomics Consortium</a> [Mar 9, 2006]
 443 </div>
 444
 445 <div class="subheading">
 446 <a href="http://cnia.inta.gov.ar/lat-sol">Lat-SOL launched</a>
 447 </div>
 448 <div class="boxsubcontent">
 449 A web portal for the Latin American SOL initiative (Lat-SOL) has been launched [Feb 21, 2006]
 450 </div>
 451
 452 <div class="subheading">
 453 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL Newsletter</a>
 454 </div>
 455 <div class="boxsubcontent">
 456 The SOL Newsletter for February 2006 is now available. [Feb 14, 2006]
 457 </div>
 458
 459 <div class="subheading">
 460 <a href="/about/us_tomato_sequencing.pl">SGN Summer Intern positions</a>
 461 </div>
 462 <div class="boxsubcontent">
 463 Summer intern positions are available at SGN. [Jan 05, 2006]
 464 </div>
 465
 466 <div class="subheading">
 467 <a href="/content/coffee.pl">Coffee EST data</a>
 468 </div>
 469 <div class="boxsubcontent">
 470 Coffee ESTs are now available on SGN [Nov 7, 2005]
 471 </div>
 472
 473 <div class="subheading">
 474 <a href="/solanaceae-project/index.pl#SOL_news">SOL Newsletter</a>
 475 </div>
 476 <div class="boxsubcontent">
 477 The SOL Newsletter for November is now available [Nov 7, 2005]
 478 </div>
 479
 480 <div class="subheading">
 481 <a href="/forum/topics.pl">New SOL Forum</a>
 482 </div>
 483 <div class="boxsubcontent">
 484 We've created a forum for public discussions, job listings, etc.
 485 It's brand new and still under development, so feel free to try it out and let us know if you have any problems.
 486 <a href="/solpeople/login.pl">Log in</a>
 487 to contribute.
 488 </div>
 489
 490 <div class="subheading">
 491 <a href="http://www.affymetrix.com">Affymetrix releases Tomato gene chip</a>
 492 </div>
 493 <div class="boxsubcontent">
 494 10,000 probes representing 9254 transcripts.
 495 </div>
 496
 497 <div class="subheading">
 498 New Toolbar Menu
 499 </div>
 500 <div class="boxsubcontent">
 501 We have updated and simplified the design of our
 502 site-wide menu bar that appears at the top of every
 503 page.  Links to some pages have been moved to the
 504 <b>Getting Started</b> area on the left side of the
 505 SGN front page.
 506 <p style="margin-top: 0.5em">
 507 We would love to hear any comments
 508 you may have about the new design!  Just
 509 <a href="mailto:sgn-feedback@sgn.cornell.edu">email us</a>.
 510 </p>
 511 </div>
 512
 513 <p><strong><a href="/search/direct_search.pl?search=BACs">New BAC Search</a></strong><br />
 514 New BAC search features are available, with a first
 515 set of search criteria, currently searching 249,880
 516 high-quality BAC end sequences from 173,184 BACs from
 517 three tomato genomic libraries (HindIII, MboI, and EcoRI).
 518 </p>
 519
 520 <p><strong><a href="/community/snp_consortium/index.pl">Public Tomato SNP Consortium</a></strong>
 521 The California Tomato Research Institute, Inc. (CTRI) would like to announce the formation of the Tomato Public SNP Consortium to facilitate more rapid development of single nucleotide polymorphisms (SNPs) predicted at USDA-ARS PGRU.
 522 </p>
 523
 524 <p><strong><a href="/search/markers/markersearch.pl">New
 525 Marker Search</a></strong> Nov, 2004<br />
 526 A powerful and user-friendly new marker search is now
 527 available. Markers can be searched by name, position,
 528         chromosome, map, species, marker type, and more.</p>
 529
 530         <p><strong><a href="/about/solanum_nomenclature.pl">Guide to
 531         revised Solanum nomenclature</a></strong> Oct, 2004<br />
 532         Lycopersicon has been (re-)integrated into Solanum. Short guide
 533         to the revised nomenclature, courtesy of Sandra Knapp, Natural
 534         History Museum, London, UK.</p>
 535
 536         <p><strong><a href="/cview/view_chromosome.pl">New
 537         Comparative Mapviewer</a></strong> Aug, 2004<br />
 538         A new comparative mapviewer is available on SGN that allows to
 539         compare all the maps that can be viewed with the traditional
 540         mapviewer, but in a comparative mode. The marker pages have
 541         also been updated and present all the information on one
 542         page.</p>
 543
 544         <p><strong><a href="/maps/pepper_korea/index.pl">New SNU2 pepper map</a></strong>
 545         Aug, 2004<br />
 546         A new pepper map, <a href="/maps/pepper_korea/index.pl">SNU2</a>, is
 547         available on SGN. The map was submitted by Prof Kim of the
 548         Seoul National Univeristy in Korea.</p>
 549
 550         <p><strong><a href="/cview/index.pl">Updated
 551         Physical Map</a></strong> Jun, 2004<br />
 552         A total of <a href="/maps/physical/overgo_stats.pl">11
 553         Overgo Plates</a> have now been loaded. Overall, <a href=
 554         "/maps/physical/list_bacs_by_plate.pl">4,908 BAC's</a>
 555         are now anchored to the F2.2000 genetic map. Additionally, we
 556         have added an <a href=
 557         "/maps/physical/list_overgo_plate_probes.pl">Overgo
 558         Plate browser</a> and an <a href=
 559         "/maps/physical/overgo_process_explained.pl">explanation
 560         page</a> describing the Overgo Plating process.</p>
 561
 562         <p><strong><a href=
 563         "http://rubisco.sgn.cornell.edu/mailman/listinfo/sol-forum">SOL
 564         Forum mailing list</a></strong> Apr, 2004<br />
 565         A new mailing list for the Solanaceae community where list
 566         members can post messages. <a href=
 567         "http://rubisco.sgn.cornell.edu/mailman/listinfo/sol-forum">Subscribe</a>.</p>
 568
 569         <p><strong><a href="/cview/index.pl">Updated
 570         Physical Map</a></strong> Apr, 2004<br />
 571         Four more <a href=
 572         "/maps/physical/overgo_stats.pl">Overgo Plates</a> have
 573         been added to our collection. There are now a total of <a href=
 574         "/maps/physical/list_bacs_by_plate.pl">3,999 BAC's</a>
 575         anchored to the F2.2000 genetic map.</p>
 576
 577         <p><strong><a href="/content/sgn_data.pl">New EST Data
 578         Available</a></strong> Feb, 2004<br />
 579         <strong>20,738</strong> <a href=
 580         "/content/sgn_data.pl#Capsicumannuum"><strong>Pepper</strong></a>
 581         ESTs, courtesy of Dr. Doil Choi - <a href=
 582         "http://www.kribb.re.kr/">KRIBB</a>; <strong>11,500</strong> <a href=
 583         "/content/sgn_data.pl#Petuniahybrida"><strong>Petunia</strong></a>
 584         ESTs, courtesy of Dr. David Clark <a href=
 585         "http://www.ufl.edu">Univ. of Florida</a> and SGN; <strong>3,000</strong>
 586         <a href=
 587         "/content/sgn_data.pl#Solanummelongena"><strong>Eggplant</strong></a>
 588         ESTs provided by SGN.</p>
 589
 590         <p><strong><a href=
 591         "/content/sgn_data.pl#Petuniahybrida">Petunia data
 592         added</a></strong> Feb, 2004<br />
 593         11,500 petunia ESTs kindly provided by Dave Clarke of the
 594         <a href="http://www.ufl.edu">University of Florida</a> were
 595         added and a unigene set built.</p>
 596
 597         <p><strong><a href=
 598         "/content/sgn_data.pl#Solanummelongena">Eggplant data
 599         added</a></strong> Feb, 2004<br />
 600         Over 3000 eggplant ESTs were added. The sequences were kindly
 601         provided by <a href="http://www.cornell.edu">Cornell
 602         University</a>.</p>
 603
 604         <p><strong>New SGN features</strong> Feb, 2004<br />
 605         New features added recently include an improved user-interface
 606         with pull-down menus, a quick search, a library search, and an
 607         FTP site.</p>
 608
 609         <p><strong><a href="http://zamir.sgn.cornell.edu/mutants/">Mutants
 610         Database Updated</a></strong> Nov, 2003<br />
 611         Now includes 3500 tomato monogenic mutants collected in Summer
 612         2003</p>
 613
 614         <p><strong><a href=
 615         "/search/direct_search.pl?search=annotations">Full Text
 616         Search</a></strong> Oct, 2003<br />
 617         Keyword search of all unigene annotations, both manual and
 618         automated</p>
 619
 620         <p><strong><a href="/cview/index.pl">BAC
 621         Physical Mapping</a></strong> Sept, 2003<br />
 622         Overgo based BAC anchoring to the F2-2000 tomato genetic
 623         map</p>
 624
 625         <p><strong><a href=
 626         "http://zamir.sgn.cornell.edu/Qtl/Html/home.htm">Real Time
 627         QTL</a></strong> Aug, 2003<br />
 628         A tool for the analysis of complex phenotypes</p>
 629
 630         <p><strong><a href=
 631         "/content/unigene_builds/Lycopersicon_Combined.pl">Lycopersicon Combined Unigene Build Series</a></strong><br />
 632         Incorporation of ESTs derived from Lycopersicon hirsutum, Lycopersion pennellii, and Lycopersion esculentum cDNA libraries constructed at Cornell University.